PDB-4xgu: Structure of C. elegans PCH-2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xgu

タイトル

Structure of C. elegans PCH-2

要素

Putative pachytene checkpoint protein 2

キーワード

ATP-binding protein / meiotic recombination / AAA+ ATPase / protein remodeler

機能・相同性

機能・相同性情報

meiotic recombination checkpoint signaling / reciprocal meiotic recombination / kinetochore / chromosome / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.301 Å

データ登録者

Ye, Q. / Corbett, K.D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: TRIP13 is a protein-remodeling AAA+ ATPase that catalyzes MAD2 conformation switching.
著者: Ye, Q. / Rosenberg, S.C. / Moeller, A. / Speir, J.A. / Su, T.Y. / Corbett, K.D.

履歴

登録	2015年1月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月13日	Group: Database references
改定 1.2	2015年6月3日	Group: Database references
改定 1.3	2016年6月1日	Group: Data collection
改定 1.4	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.5	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xgu.cif.gz	904.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xgu.ent.gz	762.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xgu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/4xgu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/4xgu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	21108 6r2e-d 3izg-d 3j7v-d 5uw6-d 5bof-1 6v8p-d 4ewj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (2) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (2) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Putative pachytene checkpoint protein 2

B: Putative pachytene checkpoint protein 2

C: Putative pachytene checkpoint protein 2

D: Putative pachytene checkpoint protein 2

E: Putative pachytene checkpoint protein 2

F: Putative pachytene checkpoint protein 2

ヘテロ分子

290 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Putative pachytene checkpoint protein 2

B: Putative pachytene checkpoint protein 2

C: Putative pachytene checkpoint protein 2

D: Putative pachytene checkpoint protein 2

E: Putative pachytene checkpoint protein 2

F: Putative pachytene checkpoint protein 2

ヘテロ分子

A: Putative pachytene checkpoint protein 2

B: Putative pachytene checkpoint protein 2

C: Putative pachytene checkpoint protein 2

D: Putative pachytene checkpoint protein 2

E: Putative pachytene checkpoint protein 2

F: Putative pachytene checkpoint protein 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
580 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.710, 240.970, 197.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Putative pachytene checkpoint protein 2 分子量: 48081.863 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: pch-2, F10B5.5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09535
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 100 mM sodium citrate pH 5.6, 200 mM ammonium sulfate, 15% PEG 3350 PH範囲: 5.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 98 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月3日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.29→40 Å / Num. all: 134133 / Num. obs: 134133 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.5 % / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 17.9
反射シェル	解像度: 2.29→2.33 Å / 冗長度: 10.6 % / R_merge(I) obs: 3.143 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 90.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHELX		位相決定
RESOLVE		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.301→39.36 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.87 / 位相誤差: 36.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	4884	5.08 %
R_work	0.2284	-	-
obs	0.2302	96084	71.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.301→39.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17851	0	89	55	17995

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	18202
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.728	24601
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.094	6852
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.027	2878
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3130

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3006-2.3268	0.7872	14	0.6596	266	X-RAY DIFFRACTION	6
2.3268-2.3541	0.5386	33	0.4585	815	X-RAY DIFFRACTION	19
2.3541-2.3828	0.5137	54	0.3996	1056	X-RAY DIFFRACTION	25
2.3828-2.413	0.4701	61	0.3692	1247	X-RAY DIFFRACTION	30
2.413-2.4448	0.3893	68	0.3852	1491	X-RAY DIFFRACTION	35
2.4448-2.4782	0.3673	89	0.3451	1678	X-RAY DIFFRACTION	40
2.4782-2.5136	0.3137	87	0.3216	1822	X-RAY DIFFRACTION	44
2.5136-2.5512	0.3597	119	0.3222	1986	X-RAY DIFFRACTION	47
2.5512-2.591	0.3522	130	0.3171	2161	X-RAY DIFFRACTION	52
2.591-2.6335	0.3378	126	0.3079	2336	X-RAY DIFFRACTION	56
2.6335-2.6789	0.3805	175	0.3166	2479	X-RAY DIFFRACTION	60
2.6789-2.7276	0.3181	152	0.3225	2650	X-RAY DIFFRACTION	63
2.7276-2.78	0.3361	153	0.3193	2882	X-RAY DIFFRACTION	68
2.78-2.8368	0.3092	153	0.3176	3030	X-RAY DIFFRACTION	72
2.8368-2.8984	0.3143	164	0.3133	3235	X-RAY DIFFRACTION	76
2.8984-2.9658	0.339	177	0.312	3448	X-RAY DIFFRACTION	82
2.9658-3.04	0.3225	180	0.2982	3644	X-RAY DIFFRACTION	86
3.04-3.1221	0.3146	223	0.2903	3848	X-RAY DIFFRACTION	92
3.1221-3.214	0.3047	238	0.2812	4099	X-RAY DIFFRACTION	97
3.214-3.3176	0.3176	215	0.266	4240	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3176-3.4362	0.2867	237	0.2592	4193	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4362-3.5736	0.2995	213	0.2451	4248	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5736-3.7362	0.2749	230	0.2283	4218	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7362-3.933	0.2551	240	0.2171	4231	X-RAY DIFFRACTION	100
3.933-4.1791	0.2549	204	0.1934	4265	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1791-4.5014	0.2226	231	0.1806	4269	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5014-4.9536	0.2263	241	0.1704	4257	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9536-5.6686	0.2355	237	0.1987	4292	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6686-7.1349	0.2505	208	0.2273	4355	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1349-39.3655	0.2048	232	0.1915	4459	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7621	-2.1388	0.7342	4.0829	-1.2334	1.9308	-0.3083	-0.2773	0.7913	0.5272	-0.0455	-0.7246	-0.3521	0.2243	0.3201	0.514	-0.0758	-0.2607	0.5858	-0.1123	0.9521	-4.4862	249.0241	228.8014
2	2.4997	1.4969	0.1307	3.5469	0.2215	2.0478	0.1751	0.2077	-0.348	-0.0731	-0.1759	0.3644	-0.1847	0.0729	0.0546	0.5268	-0.0405	-0.105	0.5049	0.0537	0.8412	-17.7487	271.5417	212.4758
3	1.5238	-0.7249	0.0147	3.8024	-0.0485	1.3049	0.0895	-0.2981	-0.4037	0.3561	-0.0335	-0.2203	0.2171	0.1403	-0.0454	0.4565	-0.0719	-0.1021	0.4701	0.1135	0.5675	0.2218	292.071	223.0973
4	3.0489	0.7623	-0.3036	2.7032	0.5376	2.9192	-0.2636	0.7761	0.5197	-0.4654	0.2201	0.625	-0.4541	-0.0305	0.0226	0.666	-0.1061	-0.1488	0.7289	0.1912	0.8756	15.0429	307.4043	200.9586
5	4.0393	0.8814	0.2097	3.159	0.2434	1.4171	-0.0289	-0.4123	0.6679	0.1208	-0.0691	0.1286	-0.1243	-0.1014	0.0812	0.3988	-0.0664	-0.0641	0.5167	-0.0759	0.6553	32.769	314.4948	223.3438
6	5.4949	-0.7785	0.9038	4.3553	-0.9347	3.3947	-0.231	0.5612	0.9737	-0.1011	-0.1104	-0.4924	-0.0124	0.3823	0.2839	0.3446	-0.0714	0.0219	0.4112	0.1226	0.4628	62.0761	299.8385	223.3646
7	2.6421	-1.266	-0.2948	2.1822	0.7636	2.689	-0.0445	-0.208	-0.1085	0.3856	0.132	-0.0573	0.1128	0.2363	-0.06	0.4917	-0.0418	0.0115	0.3956	-0.0291	0.1862	63.2151	271.3756	227.9741
8	2.086	0.4609	0.0379	3.5134	-0.7497	3.8156	0.1816	0.0852	-0.4698	0.1143	-0.2681	-0.6676	0.2166	-0.0091	0.0768	0.3766	-0.0342	-0.0631	0.3583	-0.1047	0.5427	77.5629	249.4774	212.969
9	3.4908	1.5459	0.1295	5.464	-0.4141	1.9868	-0.0306	-0.3736	-0.3761	0.6239	-0.1953	-0.3558	-0.0061	0.1685	0.162	0.4498	-0.0574	-0.0224	0.4669	-0.0146	0.2935	58.9487	230.5222	224.4577
10	3.0768	0.2622	1.0523	3.8124	-1.5655	4.2157	0.0672	0.1614	-0.166	-0.5401	-0.0146	-0.1879	0.2969	-0.0117	-0.0166	0.3638	-0.0621	0.0488	0.2431	-0.0757	0.18	45.9428	211.8211	203.8683
11	5.3029	1.303	-0.0885	3.1417	-0.8857	0.8273	0.0844	-0.8608	-0.2627	0.438	0.0246	0.5506	-0.1205	-0.1957	-0.0836	0.4319	-0.0641	0.1567	0.5271	0.0688	0.3281	26.4769	206.802	224.9081
12	3.1258	-0.6653	0.4471	2.698	1.1718	2.4232	-0.2183	0.0296	-0.5615	-0.0118	-0.086	0.4425	-0.0083	0.0601	0.2229	0.4437	-0.0064	0.0283	0.4706	0.0558	0.9676	-2.4417	221.2125	222.2287

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 4:322 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resid 323:424 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain B and (resid 8:322 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and (resid 323:421 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain C and (resid 9:322 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain C and (resid 323:422 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain D and (resid 7:322 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain D and (resid 323:422 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain E and (resid 8:322 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain E and (resid 323:422 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain F and (resid 10:322 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain F and (resid 323:422 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)