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Yorodumi- PDB-4xgm: Structure of the nuclease subunit of human mitochondrial RNase P ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xgm | ||||||
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Title | Structure of the nuclease subunit of human mitochondrial RNase P (MRPP3) at 1.98A | ||||||
Components | Mitochondrial ribonuclease P protein 3 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / PPR domain / zinc binding domain / metallonuclease / RNase P / mitochondria | ||||||
Function / homology | Function and homology information rRNA processing in the mitochondrion / tRNA processing in the mitochondrion / mitochondrial ribonuclease P complex / mitochondrial tRNA 5'-end processing / tRNA modification in the mitochondrion / ribonuclease P / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / mitochondrial nucleoid / mitochondrial matrix ...rRNA processing in the mitochondrion / tRNA processing in the mitochondrion / mitochondrial ribonuclease P complex / mitochondrial tRNA 5'-end processing / tRNA modification in the mitochondrion / ribonuclease P / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / mitochondrial nucleoid / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleoplasm / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.98 Å | ||||||
Authors | Reinhard, L. / Sridhara, S. / Hallberg, B.M. | ||||||
Funding support | Sweden, 1items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2015 Title: Structure of the nuclease subunit of human mitochondrial RNase P. Authors: Reinhard, L. / Sridhara, S. / Hallberg, B.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xgm.cif.gz | 159.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xgm.ent.gz | 125.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xgm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4xgm_validation.pdf.gz | 440.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4xgm_full_validation.pdf.gz | 444.2 KB | Display | |
Data in XML | 4xgm_validation.xml.gz | 15.8 KB | Display | |
Data in CIF | 4xgm_validation.cif.gz | 22.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/4xgm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/4xgm | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4xglSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 44120.523 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 207-583 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: KIAA0391, MRPP3 / Production host: Escherichia coli KRX (bacteria) / References: UniProt: O15091, ribonuclease P | ||
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#2: Chemical | ChemComp-ZN / | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.81 Å3/Da / Density % sol: 56.27 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: HEPES, PEG 6000, magnesium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.91841 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 1, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.98→45.067 Å / Num. obs: 34479 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 32.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 0.974 / Net I/σ(I): 16.54 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4xgl Resolution: 1.98→45.067 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.59 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 185.57 Å2 / Biso mean: 63.5861 Å2 / Biso min: 18.32 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.98→45.067 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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