PDB-4xgi: Crystal structure of Glutamate dehydrogenase from Burkholderia th...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xgi

タイトル

Crystal structure of Glutamate dehydrogenase from Burkholderia thailandensis

要素

Glutamate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Glutamate dehydrogenase / Burkholderia thailandensis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / L-glutamate catabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia thailandensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Glutamate dehydrogenase from Burkholderia thailandensis
著者: Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2014年12月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list ...entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / software Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xgi.cif.gz	976.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xgi.ent.gz	811.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xgi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/4xgi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/4xgi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3aoeS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5a02-d 5ijz-2 4ndz-2 3hnp-d 2vhx-d 3vjc-d 5xw0-1 5a03-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-ButhA.17991.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate dehydrogenase

B: Glutamate dehydrogenase

C: Glutamate dehydrogenase

D: Glutamate dehydrogenase

E: Glutamate dehydrogenase

F: Glutamate dehydrogenase

ヘテロ分子

288 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.490, 93.520, 158.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.230, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

biological unit is a hexamer, same as the asymmetric unit

#1: タンパク質	Glutamate dehydrogenase 分子量: 47061.262 Da / 分子数: 6 / 断片: ButhA.17991.a.A1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (strain E264 / ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301) (バクテリア) 株: E264 / ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / 遺伝子: BTH_I1224, DR63_1118 / プラスミド: ButhA.17991.a.A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2SZ78
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1641 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.51 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Microlytics MCSG1 screen F1: 20% PEG 5000MME, 100mM BisTris pH 6.5; ButhA.17991.a.A1.PW33475 at 20mg/ml with 2.5mM NAD and 2.5mM Glu; cryo: 20% EG; tray 257704f1, puck smx9-3

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月18日

放射

モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 174736 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 22.28 Å² / R_merge F obs: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.083 / R_rim(I) all: 0.09 / Χ²: 0.968 / Net I/σ(I): 14.91 / Num. measured all: 1153986

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2-2.05	4.6	0.895	0.392	3.3	56757	13267	12288	0.443	92.6
2.05-2.11		0.924	0.328	4.21	61880	12998	12364	0.367	95.1
2.11-2.17		0.944	0.289	5.11	66282	12653	12218	0.321	96.6
2.17-2.24		0.946	0.337	5.12	65171	12241	11512	0.372	94
2.24-2.31		0.97	0.211	9.2	62220	11866	10937	0.233	92.2
2.31-2.39		0.976	0.213	8.28	75778	11565	11202	0.231	96.9
2.39-2.48		0.985	0.171	10.82	80468	11020	10752	0.183	97.6
2.48-2.58		0.987	0.148	12.19	78014	10715	10452	0.16	97.5
2.58-2.7		0.99	0.128	13.94	74851	10214	10009	0.138	98
2.7-2.83		0.992	0.11	16.12	71707	9838	9649	0.118	98.1
2.83-2.98		0.994	0.096	17.88	68221	9338	9196	0.103	98.5
2.98-3.16		0.995	0.084	20.05	64193	8812	8673	0.09	98.4
3.16-3.38		0.996	0.073	23.07	60197	8306	8200	0.079	98.7
3.38-3.65		0.996	0.066	25.74	55051	7729	7619	0.072	98.6
3.65-4		0.996	0.062	28.72	49355	7140	7032	0.067	98.5
4-4.47		0.997	0.053	31.25	45662	6488	6401	0.057	98.7
4.47-5.16		0.997	0.05	32.64	40615	5724	5643	0.054	98.6
5.16-6.32		0.997	0.049	30.99	35177	4834	4785	0.053	99
6.32-8.94		0.999	0.041	33.55	27629	3789	3743	0.044	98.8
8.94-50		0.995	0.038	36.44	14758	2132	2061	0.041	96.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2 Å	45.84 Å
Translation	2 Å	45.84 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング
PHASER	位相決定
ARP	モデル構築
Coot	モデル構築
PHENIX	精密化
PDB_EXTRACT	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3aoe, search with two domains

3aoe

解像度: 2→45.842 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2222	1995	1.14 %	Random selection
R_work	0.1761	172728	-	-
obs	0.1766	174723	96.75 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.69 Å² / B_iso mean: 30.5192 Å² / B_iso min: 9.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→45.842 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18661	0	348	1643	20652
B_iso mean	-	-	26.41	35.04	-
残基数	-	-	-	-	2492

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	19523
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.033	26605
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	3026
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3463
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.899	7034

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.05	0.2402	130	0.1864	11711	11841	93
2.05-2.1055	0.2598	150	0.199	12090	12240	95
2.1055-2.1674	0.2658	137	0.2091	12281	12418	97
2.1674-2.2374	0.3204	132	0.2585	11953	12085	94
2.2374-2.3173	0.4281	138	0.322	11703	11841	92
2.3173-2.4101	0.2409	147	0.2077	12356	12503	97
2.4101-2.5198	0.2541	139	0.186	12457	12596	98
2.5198-2.6526	0.2609	141	0.1826	12423	12564	98
2.6526-2.8188	0.2238	151	0.1715	12473	12624	98
2.8188-3.0364	0.2447	143	0.1774	12570	12713	98
3.0364-3.3419	0.2112	142	0.1694	12592	12734	99
3.3419-3.8252	0.2062	149	0.1555	12610	12759	99
3.8252-4.8186	0.1616	147	0.1305	12654	12801	99
4.8186-45.8545	0.1597	149	0.147	12855	13004	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7392	0.8084	-1.1982	1.2342	-1.4458	3.5727	-0.098	0.17	0.2554	-0.1749	-0.0087	-0.0216	-0.108	0.0516	0.1108	0.2258	-0.0006	-0.0168	0.1105	0.0316	0.2463	42.8288	33.9995	108.7133
2	0.9535	0.404	-0.2044	0.5917	-0.3319	1.6097	-0.0397	-0.0232	0.1637	0.0888	0.0365	-0.1727	-0.1324	0.0607	-0.0107	0.1527	0.0042	-0.0093	0.0846	-0.0101	0.2143	45.6665	28.1683	121.5791
3	1.6921	0.1445	-0.5697	1.388	-0.6977	1.7154	-0.0404	-0.0653	0.0484	0.017	0.0372	-0.1537	-0.017	0.0655	0.0244	0.1219	0.0185	-0.0031	0.086	-0.0243	0.1712	44.462	20.1562	127.261
4	1.4879	0.8286	-0.7381	1.2318	-0.9537	1.2571	-0.0326	-0.0785	-0.0217	0.0674	-0.1075	-0.6143	0.0635	0.2596	0.1793	0.1178	0.0109	-0.0143	0.1478	0.0189	0.3827	57.8022	20.2045	125.5271
5	1.4692	0.735	0.0899	1.3966	0.5832	0.9719	-0.053	-0.1032	0.198	0.2791	-0.1091	-0.7106	-0.3102	0.1173	0.0356	0.2748	-0.1007	-0.1901	0.1353	0.0656	0.6536	63.6777	43.8557	126.8834
6	1.0278	-0.3387	0.2618	0.2041	0.0569	1.993	0.1811	-0.1186	-0.1084	0.1226	-0.2792	-0.3926	0.2859	0.252	0.0303	0.1972	-0.0214	-0.0364	0.2365	0.0778	0.4363	62.2154	27.6189	116.1298
7	0.8697	0.6472	0.5835	1.2826	0.6566	1.565	-0.0377	0.2433	0.014	-0.1843	0.0812	-0.5903	-0.0223	0.4426	-0.0498	0.1649	-0.0151	0.0672	0.2674	0.0522	0.4761	61.3637	28.5649	105.5443
8	4.0751	-0.4547	0.5843	0.1167	0.2114	1.5094	-0.1916	-0.571	-0.3485	0.0346	-0.0075	-0.0279	-0.1171	-0.0949	0.1888	0.1971	0.0305	-0.0151	0.246	0.0536	0.1589	54.8977	-7.4664	148.6244
9	1.4901	1.4923	1.0345	7.6313	3.2235	2.6331	-0.1767	-0.1041	0.2463	-0.0377	-0.0659	0.2993	-0.1288	0.0879	0.1752	0.098	0.0027	0.0109	0.1466	0.0339	0.0838	48.5542	-4.4253	138.2767
10	1.5941	0.4731	0.5867	1.5106	0.836	0.8864	0.0001	-0.0695	0.0328	-0.1114	-0.0857	-0.0371	0.1393	0.0566	0.0767	0.1658	0.0152	0.0024	0.1271	0.0492	0.1132	53.6812	-13.4016	131.8662
11	1.8475	0.1848	0.754	0.9332	0.3011	1.8569	0.0185	0.0896	-0.0001	-0.0858	-0.1318	-0.0706	0.0535	0.161	0.1082	0.183	0.0059	0.018	0.1256	0.0453	0.1192	51.176	-14.8506	120.2943
12	1.7606	0.2391	0.7645	0.5179	0.1905	1.2821	-0.0758	0.5435	0.4176	-0.1308	-0.1939	-0.1805	-0.0081	0.6749	0.0698	0.1907	-0.0237	0.0333	0.328	0.1082	0.2454	69.1085	-8.9586	123.4187
13	1.7959	-0.3976	0.1477	1.8866	0.2112	1.4725	-0.0196	-0.0801	-0.2289	0.003	-0.0828	-0.3056	0.1533	0.4092	0.0605	0.1351	0.0486	0.0289	0.3006	0.1205	0.2553	76.0903	-21.5361	137.8827
14	0.5332	0.5432	0.7551	1.248	-0.0316	6.6364	0.0332	0.2599	-0.1119	-0.188	0.1093	0.0896	-0.5044	0.3221	-0.0199	0.1743	-0.0119	-0.0003	0.2628	0.0364	0.2773	68.5818	-5.1331	130.2985
15	2.5146	0.2922	2.1238	3.2811	2.1772	4.0782	-0.1472	0.2872	0.4371	-0.8647	-0.1293	-0.5038	-1.0255	1.0782	0.1456	0.3755	-0.0823	0.0455	0.3424	0.1745	0.4315	76.0587	0.5144	131.999
16	1.8311	-1.6103	0.172	1.8909	-0.4951	0.9702	-0.148	-0.1834	0.5073	0.2174	-0.0614	-0.457	-0.1336	0.0628	0.171	0.152	-0.0489	-0.0474	0.1609	0.017	0.224	59.5452	6.2039	141.1663
17	7.4509	3.0244	-0.3056	2.4384	-0.0432	0.0241	-0.0255	-0.5348	-0.3854	0.0095	-0.037	-0.1867	0.3059	-0.0535	0.0175	0.2485	-0.0508	0.0321	0.242	0.0956	0.1984	32.8385	-24.5055	142.1121
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精密化 TLSグループ

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46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resid 136 through 183 )	F
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'F' and (resid 184 through 223 )	F
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'F' and (resid 224 through 310 )	F
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'F' and (resid 311 through 381 )	F
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'F' and (resid 382 through 407 )	F
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'F' and (resid 408 through 434 )	F

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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