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- PDB-4xgh: X-ray Crystal Structure of Citrate Synthase from Burkholderia tha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xgh
タイトルX-ray Crystal Structure of Citrate Synthase from Burkholderia thailandensis
要素Citrate synthase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / citrate synthase / Burkholderia thailandensis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


citrate (Si)-synthase activity / tricarboxylic acid cycle / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rubrerythrin, domain 2 - #60 / Citrate synthase, type I / Citrate synthase, bacterial-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain ...Rubrerythrin, domain 2 - #60 / Citrate synthase, type I / Citrate synthase, bacterial-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily / Citrate synthase, C-terminal domain / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Burkholderia thailandensis E264 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: X-ray Crystal Structure of Citrate Synthase from Burkholderia thailandensis
著者: Fairman, J.W. / Lukacs, C.M. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2014年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,58310
ポリマ－50,8201
非ポリマー7639
水3,639202
1
A: Citrate synthase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)309,49660
ポリマ－304,9216
非ポリマー4,57554
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation16_545y+1/3,x-1/3,-z+2/31
crystal symmetry operation17_555x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/31
crystal symmetry operation18_655-x+4/3,-x+y+2/3,-z+2/31
Buried area50720 Å2
ΔGint-646 kcal/mol
Surface area85740 Å2
手法PISA
2
A: Citrate synthase
ヘテロ分子

A: Citrate synthase
ヘテロ分子

A: Citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,74830
ポリマ－152,4603
非ポリマー2,28827
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area7760 Å2
ΔGint-240 kcal/mol
Surface area60470 Å2
手法PISA
3
A: Citrate synthase
ヘテロ分子

A: Citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,16520
ポリマ－101,6402
非ポリマー1,52518
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation17_555x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/31
Buried area14120 Å2
ΔGint-183 kcal/mol
Surface area31360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.250, 120.250, 219.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-504-

SO4

21A-504-

SO4

31A-619-

HOH

41A-621-

HOH

51A-632-

HOH

61A-634-

HOH

71A-666-

HOH

詳細biological unit is a monomer

-
要素

#1: タンパク質 Citrate synthase


分子量: 50820.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis E264 (バクテリア)
遺伝子: gltA, BTH_II0665 / プラスミド: ButhA.00896.a.A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2T7I5
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.94 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: JCSG screen H2: 1.0 M ammonium sulfate, 1% PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.50
PH範囲: 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月20日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 35644 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 34.65 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 0.982 / Net I/σ(I): 18.65 / Num. measured all: 110577
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.1-2.150.8360.562.448152262026180.68199.9
2.15-2.210.8760.452.917978256425550.54699.6
2.21-2.280.8970.3563.697711248324690.43399.4
2.28-2.350.9460.2714.637597243624280.32999.7
2.35-2.420.9550.2325.477223231923130.28299.7
2.42-2.510.9690.186.567135228722820.21899.8
2.51-2.60.9750.1468.196874220521990.17799.7
2.6-2.710.9850.11310.126619212121150.13799.7
2.71-2.830.9910.08812.416278202120160.10799.8
2.83-2.970.9930.0715.796059195319460.08599.6
2.97-3.130.9970.0520.425786185918550.06199.8
3.13-3.320.9980.03725.815421174917440.04599.7
3.32-3.550.9990.0332.025070166016470.03699.2
3.55-3.830.9990.02538.194704154515310.0399.1
3.83-4.20.9990.02145.714316144314230.02598.6
4.2-4.70.9990.01951.133801127812640.02398.9
4.7-5.420.9990.01852.373385116311340.02297.5
5.42-6.640.9990.01752.5829259839530.0296.9
6.64-9.3910.01361.3523177787470.01696
9.3910.0117112264574050.01388.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3L96

3l96
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.1→48.573 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2301 1744 4.9 %RANDOM
Rwork0.2081 33862 --
obs0.2092 35606 99.12 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 154.96 Å2 / Biso mean: 51.8795 Å2 / Biso min: 19.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→48.573 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2884 0 42 202 3128
Biso mean--92.43 47.98 -
残基数----390
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022984
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5844059
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.021453
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003530
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.1611040
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.16180.33511490.28232775292499
2.1618-2.23160.30721460.26982783292999
2.2316-2.31140.29811520.2482796294899
2.3114-2.40390.26131400.228628272967100
2.4039-2.51330.26811300.223228192949100
2.5133-2.64580.22521370.215228302967100
2.6458-2.81160.27591400.221728352975100
2.8116-3.02860.24051570.214128052962100
3.0286-3.33330.23471430.21228462989100
3.3333-3.81550.20261540.18942821297599
3.8155-4.80650.20061430.17312878302199
4.8065-48.58640.20681530.20892847300096
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.48220.1751-0.76130.734-0.26761.9811-0.130.1311-0.241-0.00360.02380.10990.2019-0.44370.01660.2417-0.01150.02310.3937-0.0940.261725.814131.46485.3551
22.97890.8491-0.50741.67880.83763.0228-0.0341-0.13230.31080.08120.0030.0875-0.2543-0.07840.05160.26960.04930.02180.30370.00020.270136.312239.743489.9839
31.9525-1.45320.0226.8778-0.3821.77660.2579-0.52031.17190.21240.0960.6234-0.9922-0.3968-0.23510.73670.2130.12490.5873-0.18440.939127.611855.8905100.2092
40.33690.22990.6582-0.00770.11063.2979-0.1146-0.16970.1556-0.1222-0.10950.0979-0.325-0.64110.2620.3230.0814-0.01160.4671-0.10090.384325.942942.189679.6889
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 185 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 186 through 282 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 283 through 333 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 334 through 433 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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