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万見
- PDB-4xgb: Crystal Structure of E112A/H234A Mutant of Stationary Phase Survi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xgb
タイトルCrystal Structure of E112A/H234A Mutant of Stationary Phase Survival Protein (SurE) from Salmonella typhimurium co-crystallized with AMP
要素5'/3'-nucleotidase SurE
キーワードHYDROLASE / Stationary phase survival protein / Domain swapping / Rossmann fold like / Phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-nucleotidase / exopolyphosphatase / 3'-nucleotidase activity / exopolyphosphatase activity / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Stationary-phase Survival Protein Sure Homolog; Chain: A, / Survival protein SurE-like phosphatase/nucleotidase / Survival protein SurE / Survival protein SurE-like phosphatase/nucleotidase / SurE-like phosphatase/nucleotidase superfamily / Survival protein SurE / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / 5'/3'-nucleotidase SurE
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium LT2 (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Mathiharan, Y.K. / Murthy, M.R.N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Insights into stabilizing interactions in the distorted domain-swapped dimer of Salmonella typhimurium survival protein.
著者: Mathiharan, Y.K. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.
履歴
登録2014年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'/3'-nucleotidase SurE
B: 5'/3'-nucleotidase SurE
C: 5'/3'-nucleotidase SurE
D: 5'/3'-nucleotidase SurE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,46012
ポリマ－113,9604
非ポリマー5008
水14,790821
1
A: 5'/3'-nucleotidase SurE
B: 5'/3'-nucleotidase SurE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3377
ポリマ－56,9802
非ポリマー3575
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8450 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area21860 Å2
手法PISA
2
C: 5'/3'-nucleotidase SurE
D: 5'/3'-nucleotidase SurE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1245
ポリマ－56,9802
非ポリマー1443
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7860 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area20700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.420, 96.520, 94.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.34, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
5'/3'-nucleotidase SurE / Exopolyphosphatase / Nucleoside monophosphate phosphohydrolase


分子量: 28490.008 Da / 分子数: 4 / 変異: E112A, H234A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium LT2 (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: surE, STM2927 / プラスミド: pRSETC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-pLysS
参照: UniProt: P66881, 5'-nucleotidase, 3'-nucleotidase, exopolyphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 821 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.6
詳細: 0.02M Calcium chloride, 0.1 M sodium acetate (pH 4.6) and 30 % 2 methyl 2,4 pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年11月7日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→59.38 Å / Num. obs: 67404 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rsym value: 0.133 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.21→2.33 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 75.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XER

4xer


解像度: 2.23→59.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 7.565 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26248 3409 5.1 %RANDOM
Rwork0.20819 63993 --
obs0.21097 63993 96.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.35 Å20 Å20.37 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3----0.91 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.23→59.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7629 0 27 821 8477
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0197920
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1961.96110873
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.81251059
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.45723.787338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.29151147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7961560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.21257
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216179
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.288 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 217 -
Rwork0.353 4090 -
obs--84.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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