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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xfo | ||||||
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タイトル | Structure of an amyloid-forming segment TAVVTN from human Transthyretin | ||||||
要素 | Amyloid-forming peptide TAVVTN | ||||||
キーワード | PROTEIN FIBRIL / amyloid / transthyretin / fibril | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.35 Å | ||||||
データ登録者 | Saelices, L. / Sawaya, M. / Cascio, D. / Eisenberg, D.S. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015 タイトル: Uncovering the Mechanism of Aggregation of Human Transthyretin. 著者: Saelices, L. / Johnson, L.M. / Liang, W.Y. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Ruchala, P. / Whitelegge, J. / Jiang, L. / Riek, R. / Eisenberg, D.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4xfo.cif.gz | 8.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4xfo.ent.gz | 4.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4xfo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4xfo_validation.pdf.gz | 371.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4xfo_full_validation.pdf.gz | 371.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4xfo_validation.xml.gz | 2.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4xfo_validation.cif.gz | 2.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/4xfo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/4xfo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a pair of indefinitely long beta sheets constructed from chain A and unit cell translations along the "a" direction (that is, the "a" direction corresponds to the fiber axis) (i.e. X,Y,Z; X+1,Y,Z; X+2,Y,Z; etc.) together with a complementary sheet formed from X,Y+1,Z and its unit cell translations along the "a" direction (i.e. X+1,Y+1,Z; X+2,Y+1,Z; X+3,Y+1,Z;, etc.) |
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 603.665 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence corresponds to a segment from human Transthyretin 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 6.22 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350, 25% Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月9日 |
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→16.01 Å / Num. obs: 629 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 21.8 % / Net I/σ(I): 6.93 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.35→16.01 Å / SU ML: 0.06 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.12 / 位相誤差: 13.92 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→16.01 Å
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拘束条件 |
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