+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xfn | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of an Amyloid forming peptide AEVVFT from Human Transthyretin | ||||||
要素 | Amyloid forming peptide AEVVFT | ||||||
キーワード | PROTEIN FIBRIL / amyloid / transthyretin / fibril | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Saelices, L. / Sawaya, M. / Cascio, D. / Eisenberg, D.S. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015 タイトル: Uncovering the Mechanism of Aggregation of Human Transthyretin. 著者: Saelices, L. / Johnson, L.M. / Liang, W.Y. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Ruchala, P. / Whitelegge, J. / Jiang, L. / Riek, R. / Eisenberg, D.S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4xfn.cif.gz | 10.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4xfn.ent.gz | 5.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4xfn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4xfn_validation.pdf.gz | 374.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 4xfn_full_validation.pdf.gz | 374.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4xfn_validation.xml.gz | 2.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4xfn_validation.cif.gz | 2.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/4xfn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/4xfn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | The biological assembly is a pair of indefinitely long beta sheets. The first sheet is composed of the following symmetry mates of Chain A: x,y,z; -x,1/2+y,1/2-z; x,y+1,z; -x,3/2+y,1/2-z; x,y+2,z; etc. The complementary sheet is composed of the following symmetry mates of Chain B: x,y,z; -x,1/2+y,-1/2-z; x,y+1,z; -x,3/2+y,-1/2-z; x,y+2,z; etc |
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 664.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence corresponds to a segment of human transthyretin 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 14.6 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.4M Ammonium dihydrogen phosphate, 25% Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月9日 |
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→14.117 Å / Num. obs: 740 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 23.1 % / Net I/σ(I): 4.71 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→14.117 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 15.64 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→14.117 Å
| ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|