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- PDB-4xfk: Crystal structure of Leucine-, Isoleucine-, Valine-, Threonine-, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xfk
タイトルCrystal structure of Leucine-, Isoleucine-, Valine-, Threonine-, and Alanine-binding protein from Brucella ovis
要素Putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid transport
類似検索 - 分子機能
Leu/Ile/Val-binding protein / : / Leucine-binding protein domain / Periplasmic binding protein / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein / Putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella ovis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Leucine-, Isoleucine-, Valine-, Threonine-, and Alanine-binding protein from Brucella ovis
著者: Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2014年12月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list ...entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2745
ポリマ－43,1101
非ポリマー1644
水9,422523
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.120, 46.390, 62.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.620, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細biological unit is a monomer

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要素

#1: タンパク質 Putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein


分子量: 43109.500 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 81-471 / 変異: H213R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella ovis (バクテリア) / 株: ATCC 25840 / 63/290 / NCTC 10512 / 遺伝子: BOV_A0021 / プラスミド: BrovA.17370.a.B2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5VTF2, UniProt: A0A0J9X260*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 523 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.0540
22.2445
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2901蒸気拡散法, シッティングドロップ法9.5Microlytics MCSG1 screen, a2: 100mM CHES/NaOH, pH 9.5, 30% PEG 3000; BrovA.17370.a.B2.PS02137 at 25mg/ml; cryo: Al's oil; tray 257610a2, puck wln2-3; crystal #2 was used for phasing
2902蒸気拡散法, シッティングドロップ法7.5Microlytics MCSG1 screen, c10: 1M LiCl, 100mM Na-acetate, 30% PEG 6000; the crystal was incubated in two cryo/phasing solution for 30sec each: 4.5ul reservoir + 0.5ul of 2.5M NaI in ethylene glycol, and 4ul reservoir + 1ul of 2.5M NaI in ethylene glycol, final 500mM NaI and 20% ethylene glycol; this is a different crystal form: P212121 with a=60.7AA, b=67.26AA, c=94.5AA; this crystal was used for phasing; tray 257610c10, puck ilg3-2

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-F10.97872
回転陽極RIGAKU MICROMAX-007 HF21.5418
検出器
タイプID検出器日付
RAYONIX MX-2251CCD2010年11月12日
RIGAKU SATURN 944+2CCD2010年11月14日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Diamond [111]SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2RIGAKU VARIMAXSINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978721
21.54181
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. all: 85749 / Num. obs: 83917 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 10.36 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rrim(I) all: 0.054 / Χ2: 0.973 / Net I/σ(I): 17.96 / Num. measured all: 314986
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.3-1.333.70.7820.5172.4922402631460700.60596.1
1.33-1.370.8380.4363.0322235611259040.50896.6
1.37-1.410.890.3553.6621990603958320.41396.6
1.41-1.450.9170.2984.4621224580556360.34797.1
1.45-1.50.9490.2265.8120510558854440.26397.4
1.5-1.550.9650.1837.1720162549353500.21397.4
1.55-1.610.9780.1458.9319282522851190.1797.9
1.61-1.680.9850.1210.7418782508449820.1498
1.68-1.750.990.09313.4817949485247610.10998.1
1.75-1.840.9930.07716.1717273466245810.0998.3
1.84-1.940.9960.05721.2316464444943650.06698.1
1.94-2.060.9970.04526.4615515416141160.05398.9
2.06-2.20.9980.03731.7714633394038950.04398.9
2.2-2.370.9980.03235.1113726368336530.03899.2
2.37-2.60.9980.02938.7512642341633770.03498.9
2.6-2.910.9990.02842.2211376305230400.03299.6
2.91-3.360.9990.02248.9210127272327090.02699.5
3.36-4.110.9990.0253.828632232123070.02399.4
4.11-5.810.9990.01854.746620180317880.02199.2
5.810.9990.01853.65344210249880.02196.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
ARPモデル構築
WARPモデル構築
Cootモデル構築
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: structure initially solved via Iodide SAD in oP crystal form, this model was used for Molecular Replacement into mP crystal form

解像度: 1.3→30.424 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1611 2009 2.39 %Random selection
Rwork0.1373 81905 --
obs0.1379 83914 97.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 45.21 Å2 / Biso mean: 14.3044 Å2 / Biso min: 5.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→30.424 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2921 0 10 540 3471
Biso mean--18.05 26 -
残基数----391
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063058
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0984161
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075462
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005553
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.791118
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3-1.33250.24761390.19395704584396
1.3325-1.36860.22041410.18025734587596
1.3686-1.40880.20431450.16265772591797
1.4088-1.45430.21591380.14975751588997
1.4543-1.50630.18791450.13325790593597
1.5063-1.56660.18951420.12435792593498
1.5666-1.63790.1531430.12035858600198
1.6379-1.72420.15461420.12115830597298
1.7242-1.83220.17171440.12255867601199
1.8322-1.97370.14691410.1245852599398
1.9737-2.17230.15941460.12735909605599
2.1723-2.48650.16061430.1375982612599
2.4865-3.13220.14641500.14795976612699
3.1322-30.43210.13961500.13746088623899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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