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- PDB-4xep: Crystal Structure of F222 form of E112A/H234A Mutant of Stationar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xep
タイトルCrystal Structure of F222 form of E112A/H234A Mutant of Stationary Phase Survival Protein (SurE) from Salmonella typhimurium
要素5'/3'-nucleotidase SurE
キーワードHYDROLASE / Stationary phase survival protein / Domain swapping / Rossmann fold like / Phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-nucleotidase / 3'-nucleotidase activity / exopolyphosphatase / exopolyphosphatase activity / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Stationary-phase Survival Protein Sure Homolog; Chain: A, / Survival protein SurE-like phosphatase/nucleotidase / Survival protein SurE / Survival protein SurE-like phosphatase/nucleotidase / SurE-like phosphatase/nucleotidase superfamily / Survival protein SurE / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / 5'/3'-nucleotidase SurE
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium LT2 (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Mathiharan, Y.K. / Murthy, M.R.N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Insights into stabilizing interactions in the distorted domain-swapped dimer of Salmonella typhimurium survival protein.
著者: Mathiharan, Y.K. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.
履歴
登録2014年12月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'/3'-nucleotidase SurE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8587
ポリマ－28,4901
非ポリマー3686
水6,359353
1
A: 5'/3'-nucleotidase SurE
ヘテロ分子

A: 5'/3'-nucleotidase SurE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,71514
ポリマ－56,9802
非ポリマー73512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation14_445-x-1/2,-y-1/2,z1
Buried area9780 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area20370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.455, 121.653, 143.401
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

HOH

21A-420-

HOH

31A-486-

HOH

41A-513-

HOH

51A-527-

HOH

61A-529-

HOH

71A-558-

HOH

81A-568-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 5'/3'-nucleotidase SurE / Exopolyphosphatase / Nucleoside monophosphate phosphohydrolase


分子量: 28490.008 Da / 分子数: 1 / 変異: E112A, H234A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium LT2 (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: surE / プラスミド: pRSETC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-pLysS
参照: UniProt: P66881, 5'-nucleotidase, 3'-nucleotidase, exopolyphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.02 M MgCl2 hexahydrate, 22% (w/v) Polyacrylic acid 5100 sodium salt

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月22日 / 詳細: bent collimating mirror and toroid
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 49090 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 24.1 Å2 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 68.1
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 75.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V4N

2v4n


解像度: 1.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 3.08 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22859 2494 5.1 %RANDOM
Rwork0.18712 46518 --
obs0.18918 46518 95.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.593 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9 Å20 Å20 Å2
2---0.59 Å20 Å2
3----0.31 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1875 0 22 353 2250
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.022227
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8871.9643083
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9245319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.43424.46894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.04715320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7041514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2358
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211766
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.499→1.538 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 139 -
Rwork0.327 2644 -
obs--75.96 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -16.608 Å / Origin y: -20.1 Å / Origin z: 15.605 Å
111213212223313233
T0.1046 Å2-0.024 Å20.0416 Å2-0.0076 Å2-0.0092 Å2--0.0694 Å2
L0.5693 °20.2047 °2-0.2457 °2-1.1433 °2-0.3734 °2--0.6396 °2
S0.1136 Å °-0.0524 Å °0.1137 Å °0.1792 Å °-0.0377 Å °0.0621 Å °-0.2074 Å °0.0542 Å °-0.076 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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