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- PDB-4xem: Crystal Structure of wild type human AlaRS catalytic domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xem
タイトルCrystal Structure of wild type human AlaRS catalytic domain
要素Alanine--tRNA ligase, cytoplasmic
キーワードLIGASE / tRNA synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cytoplasmic translational fidelity / Ser-tRNA(Ala) hydrolase activity / 合成酵素 / alanine-tRNA ligase / alanine-tRNA ligase activity / alanyl-tRNA aminoacylation / cerebellar Purkinje cell layer development / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / aminoacyl-tRNA editing activity ...regulation of cytoplasmic translational fidelity / Ser-tRNA(Ala) hydrolase activity / 合成酵素 / alanine-tRNA ligase / alanine-tRNA ligase activity / alanyl-tRNA aminoacylation / cerebellar Purkinje cell layer development / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / aminoacyl-tRNA editing activity / tRNA modification / tRNA processing / amino acid binding / neuromuscular process controlling balance / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / tRNA binding / mitochondrion / extracellular exosome / zinc ion binding / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alanine-tRNA ligase, eukaryota/bacteria / Alanine-tRNA ligase, class IIc / Alanine-tRNA ligase, class IIc, anti-codon-binding domain superfamily / : / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, N-terminal / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, core domain / tRNA synthetases class II (A) / Alanyl-transfer RNA synthetases family profile. / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD ...Alanine-tRNA ligase, eukaryota/bacteria / Alanine-tRNA ligase, class IIc / Alanine-tRNA ligase, class IIc, anti-codon-binding domain superfamily / : / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, N-terminal / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, core domain / tRNA synthetases class II (A) / Alanyl-transfer RNA synthetases family profile. / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / DHHA1 domain / DHHA1 domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
'5'-O-(N-(L-ALANYL)-SULFAMOYL)ADENOSINE / Alanine--tRNA ligase, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.278 Å
データ登録者Zhou, H. / He, W. / Yang, X.L.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of wild type human AlaRS catalytic domain
著者: Zhou, H. / Yang, X.L.
履歴
登録2014年12月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alanine--tRNA ligase, cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0427
ポリマ－53,3141
非ポリマー7286
水8,827490
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.121, 67.131, 75.107
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 127.420, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Alanine--tRNA ligase, cytoplasmic / Alanyl-tRNA synthetase / AlaRS / Renal carcinoma antigen NY-REN-42


分子量: 53314.195 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AARS / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P49588, alanine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-A5A / '5'-O-(N-(L-ALANYL)-SULFAMOYL)ADENOSINE / 5′-O-(アラニルスルファモイル)アデノシン


分子量: 417.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H19N7O7S
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 490 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.278→50 Å / Num. obs: 109596 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 35.5
反射 シェル解像度: 1.278→1.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 5498 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HXU

3hxu


解像度: 1.278→37.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.043 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1787 5511 5 %RANDOM
Rwork0.161 104085 --
obs0.1619 104085 99.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.8 Å2 / Biso mean: 18.117 Å2 / Biso min: 8.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å2-0 Å2-0.08 Å2
2---0.02 Å2-0 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.278→37.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2962 0 48 490 3500
Biso mean--16.14 33.99 -
残基数----377
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0193181
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0831.9684323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0335402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.924.444162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.82215528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8531522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2467
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212476
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.59433181
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free32.7385116
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.39153481
LS精密化 シェル解像度: 1.278→1.311 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 378 -
Rwork0.251 7428 -
all-7806 -
obs--96.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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