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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xdy | ||||||
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タイトル | Structure of NADH-preferring ketol-acid reductoisomerase from an uncultured archean | ||||||
要素 | Ketol-acid reductoisomerase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Rossmann fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ketol-acid reductoisomerase (NAD+) / ketol-acid reductoisomerase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / NADP binding / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | uncultured archaeon GZfos26G2 (環境試料) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.535 Å | ||||||
データ登録者 | Cahn, J.K.B. / Brinkmann-Chen, S. / Arnold, F.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2015 タイトル: Cofactor specificity motifs and the induced fit mechanism in class I ketol-acid reductoisomerases. 著者: Cahn, J.K. / Brinkmann-Chen, S. / Spatzal, T. / Wiig, J.A. / Buller, A.R. / Einsle, O. / Hu, Y. / Ribbe, M.W. / Arnold, F.H. #1: ジャーナル: Metab. Eng. / 年: 2014 タイトル: Uncovering rare NADH-preferring ketol-acid reductoisomerases. 著者: Brinkmann-Chen, S. / Cahn, J.K. / Arnold, F.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4xdy.cif.gz | 158.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4xdy.ent.gz | 122.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4xdy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4xdy_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4xdy_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4xdy_validation.xml.gz | 29.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4xdy_validation.cif.gz | 42.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/4xdy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/4xdy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 37730.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) uncultured archaeon GZfos26G2 (環境試料) 遺伝子: ilvC, GZ26G2_30 / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 (DE3) 参照: UniProt: Q64BR7, ketol-acid reductoisomerase (NADP+) |
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-非ポリマー , 5種, 371分子
#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.98 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M bis-tris pH 5, 20% w/v polyethylene glycol 1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月30日 |
放射 | モノクロメーター: LIQUID NITROGEN-COOLED DOUBLE CRYSTAL K-B FOCUSING MIRRORS プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.535→102.57 Å / Num. obs: 157419 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 7.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.535→1.7 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.963 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4KQX 解像度: 1.535→102.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.989 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.89 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.535→102.57 Å
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拘束条件 |
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