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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xdq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a Glycoside hydrolase family protein (Rv0315 ortholog) from Mycobacterium thermorestibile | ||||||
要素 | Glycoside hydrolase family protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE / structural genomics / National Institute for Allergy and Infectious Diseases / NIAID / tuberculosis / ortholog / calcium-binding / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium thermoresistibile ATCC 19527 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of a Glycoside hydrolase family protein (Rv0315 ortholog) from Mycobacterium thermorestibile 著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4xdq.cif.gz | 120.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4xdq.ent.gz | 88.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4xdq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4xdq_validation.pdf.gz | 432.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4xdq_full_validation.pdf.gz | 432.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4xdq_validation.xml.gz | 14.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4xdq_validation.cif.gz | 22.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/4xdq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/4xdq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3rq0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 29887.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium thermoresistibile ATCC 19527 (バクテリア) 遺伝子: KEK_10413 / プラスミド: BG1861 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G7CI90 |
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-非ポリマー , 7種, 349分子
#2: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-CD / | ||||||
#4: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||||
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-BEZ / | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.61 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: MythA.18623.a.B2.PS02026 at 20.8 mg/mL against JCSG+ screen condition G5, 5 mM CoCl2, 5 mM CdCl2, 5 mM MgCl2, 5 mM NiCl2, 0.1 M Hepes pH 7.5, 15% PEG 3350 supplemented with 20 % EG as cryo |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月4日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 59755 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 18.076 Å2 / Rmerge F obs: 1 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 28.25 / Num. measured all: 860877 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3rq0 解像度: 1.35→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / WRfactor Rfree: 0.1484 / WRfactor Rwork: 0.1254 / FOM work R set: 0.9184 / SU B: 1.072 / SU ML: 0.024 / SU R Cruickshank DPI: 0.0423 / SU Rfree: 0.0408 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 53.65 Å2 / Biso mean: 14.451 Å2 / Biso min: 7.34 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.35→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
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