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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xdq
タイトルCrystal structure of a Glycoside hydrolase family protein (Rv0315 ortholog) from Mycobacterium thermorestibile
要素Glycoside hydrolase family protein
キーワードHYDROLASE / structural genomics / National Institute for Allergy and Infectious Diseases / NIAID / tuberculosis / ortholog / calcium-binding / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Glycosyl hydrolases family 16 / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / : / Glycoside hydrolase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium thermoresistibile ATCC 19527 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a Glycoside hydrolase family protein (Rv0315 ortholog) from Mycobacterium thermorestibile
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
履歴
登録2014年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,44310
ポリマ-29,8871
非ポリマー5569
6,125340
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area10350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.550, 74.550, 95.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase family protein


分子量: 29887.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium thermoresistibile ATCC 19527 (バクテリア)
遺伝子: KEK_10413 / プラスミド: BG1861 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G7CI90

-
非ポリマー , 7種, 349分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Ca
#3: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Cd
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#6: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C7H6O2
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.61 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: MythA.18623.a.B2.PS02026 at 20.8 mg/mL against JCSG+ screen condition G5, 5 mM CoCl2, 5 mM CdCl2, 5 mM MgCl2, 5 mM NiCl2, 0.1 M Hepes pH 7.5, 15% PEG 3350 supplemented with 20 % EG as cryo

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 59755 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 18.076 Å2 / Rmerge F obs: 1 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 28.25 / Num. measured all: 860877
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.35-1.3914.30.9580.5325.462454436543660.552100
1.39-1.420.9710.446.5260758423042300.456100
1.42-1.460.980.3627.8759553414341430.375100
1.46-1.510.9860.2959.6357571398739870.305100
1.51-1.560.990.23911.7756233389338930.248100
1.56-1.610.9940.18814.6954691376937690.195100
1.61-1.670.9950.15917.2652834364236420.164100
1.67-1.740.9960.13220.6550829349834980.137100
1.74-1.820.9980.10225.4749366339133910.106100
1.82-1.910.9990.08131.2947076322732270.083100
1.91-2.010.9990.06736.9145105309030900.069100
2.01-2.130.9990.05842.1742692293129310.06100
2.13-2.280.9990.05246.6240031274927490.054100
2.28-2.460.9990.04850.4637407257425740.05100
2.46-2.70.9990.04454.6134468238323830.046100
2.7-3.020.9990.04159.0631290217621760.042100
3.02-3.490.9990.03566.3827563192919290.036100
3.49-4.270.9990.03370.1823436165916590.034100
4.27-6.040.9990.03369.5718044132413240.034100
6.04-500.9990.03464.5594768037940.03698.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3rq0
解像度: 1.35→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / WRfactor Rfree: 0.1484 / WRfactor Rwork: 0.1254 / FOM work R set: 0.9184 / SU B: 1.072 / SU ML: 0.024 / SU R Cruickshank DPI: 0.0423 / SU Rfree: 0.0408 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.042 / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1479 2968 5 %RANDOM
Rwork0.1253 56708 --
obs0.1264 56708 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 53.65 Å2 / Biso mean: 14.451 Å2 / Biso min: 7.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å2-0 Å20 Å2
2---0.56 Å20 Å2
3---1.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.35→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1895 0 26 340 2261
Biso mean--19.68 28.68 -
残基数----237
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.022025
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021804
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3611.9252775
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.73934151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2725248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.35523.26598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.76515279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.3911513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02512
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9611.165962
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9679.733961
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2271.7611205
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.70332007
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.88351927
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.178 220 -
Rwork0.148 4131 -
all-4351 -
obs--99.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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