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- PDB-4xdp: Crystal structure of human KDM4C catalytic domain bound to tris -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xdp
タイトルCrystal structure of human KDM4C catalytic domain bound to tris
要素Lysine-specific demethylase 4C
キーワードOXIDOREDUCTASE / LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 4C
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H3K36 demethylase activity / regulation of stem cell differentiation / blastocyst formation / histone H3K9 demethylase activity / regulation of androgen receptor signaling pathway / histone demethylase activity / nuclear androgen receptor binding / stem cell population maintenance ...[histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H3K36 demethylase activity / regulation of stem cell differentiation / blastocyst formation / histone H3K9 demethylase activity / regulation of androgen receptor signaling pathway / histone demethylase activity / nuclear androgen receptor binding / stem cell population maintenance / androgen receptor signaling pathway / pericentric heterochromatin / HDMs demethylate histones / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / regulation of gene expression / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / JmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / Tudor domain / Tudor domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / PHD-finger / JmjC domain ...Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / JmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / Tudor domain / Tudor domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / PHD-finger / JmjC domain / JmjC domain profile. / PHD-zinc-finger like domain / jmjN domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / TRIETHYLENE GLYCOL / Lysine-specific demethylase 4C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Swinger, K.K. / Boriack-Sjodin, P.A.
引用ジャーナル: J Biomol Screen / 年: 2015
タイトル: A High-Throughput Mass Spectrometry Assay Coupled with Redox Activity Testing Reduces Artifacts and False Positives in Lysine Demethylase Screening.
著者: Wigle, T.J. / Swinger, K.K. / Campbell, J.E. / Scholle, M.D. / Sherrill, J. / Admirand, E.A. / Boriack-Sjodin, P.A. / Kuntz, K.W. / Chesworth, R. / Moyer, M.P. / Scott, M.P. / Copeland, R.A.
履歴
登録2014年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月1日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase 4C
B: Lysine-specific demethylase 4C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,06818
ポリマ－78,8122
非ポリマー1,25616
水5,711317
1
A: Lysine-specific demethylase 4C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,15411
ポリマ－39,4061
非ポリマー74810
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lysine-specific demethylase 4C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9157
ポリマ－39,4061
非ポリマー5096
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.870, 89.750, 98.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.310, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lysine-specific demethylase 4C / Gene amplified in squamous cell carcinoma 1 protein / GASC-1 protein / JmjC domain-containing ...Gene amplified in squamous cell carcinoma 1 protein / GASC-1 protein / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3C / Jumonji domain-containing protein 2C


分子量: 39406.035 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain (UNP residues 10-347) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4C, GASC1, JHDM3C, JMJD2C, KIAA0780 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9H3R0, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9H3R0, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

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非ポリマー , 8種, 333分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.88 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.8 M Lithium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 28 % w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→31.42 Å / Num. obs: 48744 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 209621
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.07-2.124.30.6692.31540335580.7330.36697.8
9.26-31.423.90.02735.821605600.9990.01697.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.29データスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.07→31.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 11.105 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 2463 5.1 %RANDOM
Rwork0.2066 46275 --
obs0.2084 48738 98.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 83.94 Å2 / Biso mean: 27.402 Å2 / Biso min: 9.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.86 Å20 Å20.3 Å2
2---0.36 Å20 Å2
3----0.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.07→31.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5548 0 73 317 5938
Biso mean--32.44 26.27 -
残基数----676
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0195898
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025492
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3671.9527951
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7673.00112666
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2125696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.8323.484287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.93151006
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7781535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2802
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216585
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021442
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5231.0032741
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5221.0012738
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9361.4973432
LS精密化 シェル解像度: 2.07→2.124 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 159 -
Rwork0.282 3374 -
all-3533 -
obs--97.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6411-0.22940.2142.0773-1.02681.3832-0.0216-0.0834-0.01110.03560.02460.0105-0.0039-0.0985-0.0030.129-0.01510.05060.057-0.01210.0211-27.3212.2646.124
20.8434-0.5181-0.9281.81811.18332.45640.0186-0.35780.02070.11010.0567-0.0044-0.0570.501-0.07530.1624-0.05070.01430.2682-0.01990.0038-35.331-7.17494.653
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 347
2X-RAY DIFFRACTION2B10 - 347

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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