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- PDB-4xdn: Crystal structure of Scc4 in complex with Scc2n -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xdn
タイトルCrystal structure of Scc4 in complex with Scc2n
要素
  • MAU2 chromatid cohesion factor homolog
  • Sister chromatid cohesion protein 2
キーワードCELL CYCLE / cohesion / centromere / cohesin loading
機能・相同性
機能・相同性情報


SMC loading complex / Scc2-Scc4 cohesin loading complex / mitotic cohesin loading / 2-micrometer circle DNA / tRNA gene clustering / rDNA chromatin condensation / establishment of protein localization to chromatin / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / kinetochore binding / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange ...SMC loading complex / Scc2-Scc4 cohesin loading complex / mitotic cohesin loading / 2-micrometer circle DNA / tRNA gene clustering / rDNA chromatin condensation / establishment of protein localization to chromatin / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / kinetochore binding / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / mitotic chromosome condensation / mitotic sister chromatid cohesion / chromosome, centromeric region / protein localization to chromatin / double-strand break repair / regulation of gene expression / sequence-specific DNA binding / cell division / chromatin binding / chromatin / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chromatid cohesion factor MAU2 / Cohesin loading factor / Sister chromatid cohesion C-terminal domain / HEAT repeat associated with sister chromatid cohesion protein / Scc2/Nipped-B family / Sister chromatid cohesion C-terminus / HEAT repeat associated with sister chromatid cohesion / Putative AMP-binding domain signature. / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MAU2 chromatid cohesion factor homolog / Sister chromatid cohesion protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Hinshaw, S.M. / Harrison, S.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Structural evidence for Scc4-dependent localization of cohesin loading.
著者: Hinshaw, S.M. / Makrantoni, V. / Kerr, A. / Marston, A.L. / Harrison, S.C.
履歴
登録2014年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月26日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAU2 chromatid cohesion factor homolog
B: Sister chromatid cohesion protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,9067
ポリマ－96,4262
非ポリマー4805
水5,423301
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13060 Å2
ΔGint-163 kcal/mol
Surface area32060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.579, 177.279, 51.343
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MAU2 chromatid cohesion factor homolog / Sister chromatid cohesion protein 4


分子量: 74557.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SCC4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40090
#2: タンパク質 Sister chromatid cohesion protein 2


分子量: 21868.424 Da / 分子数: 1 / Fragment: N-terminal region (UNP residues 1-181) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SCC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04002
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.84 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: overnight growth in .2M ammonium sulfate, 16% (w:v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.079→30 Å / Num. obs: 50794 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.079→2.14 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.762 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
SHELXDE位相決定
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.08→28.72 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 1866 3.95 %Random selection
Rwork0.185 ---
obs0.186 47188 91.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→28.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5863 0 25 301 6189

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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