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- PDB-4xdk: Crystal structure of human two pore domain potassium ion channel ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xdk
タイトルCrystal structure of human two pore domain potassium ion channel TREK2 (K2P10.1) in complex with norfluoxetine
要素Potassium channel subfamily K member 10
キーワードTRANSPORT PROTEIN / OUTWARD RECTIFICATION / MEMBRANE PROTEIN / K2P / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


TWIK related potassium channel (TREK) / Phase 4 - resting membrane potential / stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity / outward rectifier potassium channel activity / monoatomic ion channel complex / potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / memory / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Two pore domain potassium channel, TREK / Two pore domain potassium channel / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-405 / Chem-408 / : / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Potassium channel subfamily K member 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Pike, A.C.W. / Dong, Y.Y. / Mackenzie, A. / Mukhopadhyay, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Burgess-Brown, N.A. / Carpenter, E.P. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust092809/Z/10/Z 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: K2P channel gating mechanisms revealed by structures of TREK-2 and a complex with Prozac.
著者: Dong, Y.Y. / Pike, A.C. / Mackenzie, A. / McClenaghan, C. / Aryal, P. / Dong, L. / Quigley, A. / Grieben, M. / Goubin, S. / Mukhopadhyay, S. / Ruda, G.F. / Clausen, M.V. / Cao, L. / Brennan, ...著者: Dong, Y.Y. / Pike, A.C. / Mackenzie, A. / McClenaghan, C. / Aryal, P. / Dong, L. / Quigley, A. / Grieben, M. / Goubin, S. / Mukhopadhyay, S. / Ruda, G.F. / Clausen, M.V. / Cao, L. / Brennan, P.E. / Burgess-Brown, N.A. / Sansom, M.S. / Tucker, S.J. / Carpenter, E.P.
履歴
登録2014年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月1日Group: Database references
改定 1.22018年1月10日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium channel subfamily K member 10
B: Potassium channel subfamily K member 10
C: Potassium channel subfamily K member 10
D: Potassium channel subfamily K member 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,99822
ポリマ－124,2404
非ポリマー5,75818
水00
1
A: Potassium channel subfamily K member 10
B: Potassium channel subfamily K member 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,57913
ポリマ－62,1202
非ポリマー4,45911
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11690 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area23770 Å2
手法PISA
2
C: Potassium channel subfamily K member 10
D: Potassium channel subfamily K member 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4199
ポリマ－62,1202
非ポリマー1,2987
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8980 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area23220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.190, 113.030, 112.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.41, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Potassium channel subfamily K member 10 / Outward rectifying potassium channel protein TREK-2 / TREK-2 K(+) channel subunit


分子量: 31060.111 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 67-340 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNK10, TREK2 / プラスミド: PFB-CT10HF-LIC / Cell (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P57789
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物
ChemComp-408 / (3R)-3-phenyl-3-[4-(trifluoromethyl)phenoxy]propan-1-amine / (R)-Norfluoxetine / R-ノルフルオキセチン


分子量: 295.300 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H16F3NO
#5: 化合物
ChemComp-405 / (3S)-3-phenyl-3-[4-(trifluoromethyl)phenoxy]propan-1-amine / (S)-Norfluoxetine / S-ノルフルオキセチン


分子量: 295.300 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H16F3NO
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M KCl, 0.2M ammonium formate, 0.1M Tris pH 7, 31% pentaerythritol ethoxylate 15/04

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→39.87 Å / Num. obs: 21872 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 135.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 3.6→3.69 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.808 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4xdj

4xdj


解像度: 3.6→39.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8857 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8886 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.498
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2541 1127 5.17 %RANDOM
Rwork0.2476 ---
obs0.2479 21816 99.44 %-
原子変位パラメータBiso mean: 181.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--54.5487 Å20 Å2-7.6376 Å2
2--24.8251 Å20 Å2
3---29.7236 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.109 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.6→39.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6921 0 214 0 7135
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0097299HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.919991HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3015SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes80HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1114HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7299HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd8SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.93
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.42
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1017SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8917SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.78 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2708 145 5.07 %
Rwork0.229 2716 -
all0.231 2861 -
obs--99.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8289-0.8058-1.20424.60872.65775.32430.31040.17710.1542-0.2473-0.52480.4062-0.0414-0.98870.2144-0.4638-0.1109-0.0078-0.2771-0.0526-0.3267Chain A9.225522.878858.6617
22.07850.48810.16245.04482.00876.22350.28160.13460.1951-0.1002-0.1705-0.52270.16870.4279-0.1111-0.4270.03990.1241-0.38590.0227-0.3197Chain B21.758323.715754.5983
30.75812.9726-1.984617.0232-8.71029.5417-0.03970.0767-0.42910.30760.33040.41561.0548-0.2279-0.2908-0.54820.12910.0934-0.37250.3855-0.2744Chain C54.283512.586-4.6315
41.1921.5422-2.21088.668-5.75168.9291-0.0482-0.1003-0.23281.4075-0.27540.471-0.25970.22850.3236-0.41940.12990.162-0.3760.4246-0.2041Chain D50.185520.8352.0362
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{D|73 - 901}
2X-RAY DIFFRACTION2{B|73 - 901}
3X-RAY DIFFRACTION3{C|73 - 901}
4X-RAY DIFFRACTION4{D|73 - 901}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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