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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xd4 | ||||||
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タイトル | Phosphotriesterase variant E2b | ||||||
![]() | Phosphotriesterase variant PTE-R3 | ||||||
![]() | HYDROLASE / dynamics / evolution / phosphotriesterase | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jackson, C.J. / Campbell, E. / Kaltenbach, M. / Tokuriki, N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The role of protein dynamics in the evolution of new enzyme function. 著者: Campbell, E. / Kaltenbach, M. / Correy, G.J. / Carr, P.D. / Porebski, B.T. / Livingstone, E.K. / Afriat-Jurnou, L. / Buckle, A.M. / Weik, M. / Hollfelder, F. / Tokuriki, N. / Jackson, C.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 157.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 121.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4pbeC ![]() 4pbfC ![]() 4pcnC ![]() 4pcpC ![]() 4xafC ![]() 4xagC ![]() 4xayC ![]() 4xazC ![]() 4xd3C ![]() 4xd5C ![]() 4xd6C ![]() 4gy0S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36127.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.24 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM Na Cacodylate 30% 2-methane-2,4-pentanediol / PH範囲: 6-7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年6月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→39.31 Å / Num. obs: 47027 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.1183 / Net I/σ(I): 10.48 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.8233 / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / % possible all: 92.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4GY0 解像度: 1.9→39.306 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.81 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.306 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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