PDB-4xd3: Phosphotriesterase variant E3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xd3

タイトル

Phosphotriesterase variant E3

要素

Phosphotriesterase variant PTE-E1

キーワード

HYDROLASE / dynamics / evolution / phosphotriesterase

機能・相同性

機能・相同性情報

catabolic process / hydrolase activity, acting on ester bonds / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Brevundimonas diminuta (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Jackson, C.J. / Campbell, E. / Kaltenbach, M. / Tokuriki, N.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: The role of protein dynamics in the evolution of new enzyme function.
著者: Campbell, E. / Kaltenbach, M. / Correy, G.J. / Carr, P.D. / Porebski, B.T. / Livingstone, E.K. / Afriat-Jurnou, L. / Buckle, A.M. / Weik, M. / Hollfelder, F. / Tokuriki, N. / Jackson, C.J.

履歴

登録	2014年12月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月11日	Group: Structure summary
改定 1.2	2016年9月7日	Group: Database references
改定 1.3	2016年9月28日	Group: Database references
改定 1.4	2016年10月26日	Group: Database references
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.6	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xd3.cif.gz	159.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xd3.ent.gz	122 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xd3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xd3_validation.pdf.gz	464.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xd3_full_validation.pdf.gz	470.9 KB	表示
XML形式データ	4xd3_validation.xml.gz	32.6 KB	表示
CIF形式データ	4xd3_validation.cif.gz	49.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/4xd3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/4xd3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pbeC 4pbfC 4pcnC 4pcpC 4xafC 4xagC 4xayC 4xazC 4xd4C 4xd5C 4xd6C 4gy0S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6g23-1 3wml-1 1i0b-d 6gbl-d 3ura-d 4xay-d 2d2j-1 4xd6-d 6fs3-d 6for-1 4e3t-d 6g3m-1 3urq-d 3c86-2 4xag-d 3ojg-1 6fvp-1 6g1j-1 6g0m-1 4j35-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (1)
#158 - 2013年2月
プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphotriesterase variant PTE-E1

G: Phosphotriesterase variant PTE-E1

ヘテロ分子

73.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.830, 85.882, 88.721
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	G-581- HOH

#1: タンパク質	Phosphotriesterase variant PTE-E1 分子量: 36141.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brevundimonas diminuta (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A060GPQ5
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆AsO₂
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 672 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.62 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM NaCacodylate 30% 2-methane-2,4-pentanediol / PH範囲: 6-7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→39.41 Å / Num. obs: 91982 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.0828 / Net I/σ(I): 16.45
反射シェル	解像度: 1.57→1.626 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.9643 / Mean I/σ(I) obs: 2.31 / % possible all: 99.94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4GY0

4gy0

解像度: 1.57→39.408 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2017	4486	4.88 %
R_work	0.1738	-	-
obs	0.1751	91957	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→39.408 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5010	0	46	672	5728

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5269
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.143	7176
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.852	1921
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	834
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	930

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.57-1.5878	0.3172	152	0.2553	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5878-1.6065	0.2716	164	0.2497	2861	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6065-1.6261	0.3049	177	0.2428	2849	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6261-1.6467	0.2599	154	0.2432	2877	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6467-1.6684	0.2589	154	0.2335	2902	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6684-1.6912	0.2599	140	0.2272	2891	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6912-1.7154	0.2648	164	0.2265	2858	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7154-1.741	0.218	126	0.2236	2898	X-RAY DIFFRACTION	100
1.741-1.7682	0.2613	151	0.2113	2878	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7682-1.7972	0.2339	140	0.215	2885	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7972-1.8282	0.2587	138	0.2078	2916	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8282-1.8614	0.2481	169	0.2026	2864	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8614-1.8972	0.2379	153	0.1966	2902	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8972-1.9359	0.2235	136	0.1931	2882	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9359-1.978	0.217	130	0.1881	2930	X-RAY DIFFRACTION	100
1.978-2.024	0.2414	128	0.1858	2911	X-RAY DIFFRACTION	100
2.024-2.0747	0.2009	164	0.1783	2879	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0747-2.1308	0.22	146	0.1832	2928	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1308-2.1934	0.1978	122	0.1747	2908	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1934-2.2642	0.2045	117	0.1691	2948	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2642-2.3452	0.217	171	0.1714	2887	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3452-2.439	0.1829	124	0.1661	2950	X-RAY DIFFRACTION	100
2.439-2.55	0.1951	170	0.1729	2894	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.6844	0.2254	157	0.1693	2969	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6844-2.8526	0.1994	124	0.1622	2921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8526-3.0728	0.1984	153	0.1679	2967	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0728-3.3818	0.1828	181	0.1587	2896	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3818-3.8708	0.1685	197	0.146	2956	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8708-4.8754	0.1517	152	0.1322	3013	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8754-39.4206	0.1672	132	0.1649	3175	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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