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- PDB-4xcu: Crystal Structure of FGFR4 with an Irreversible Inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xcu
タイトルCrystal Structure of FGFR4 with an Irreversible Inhibitor
要素Fibroblast growth factor receptor 4
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / Receptor Tyrosine Kinase / Hepatocellular carcinoma / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


FGFR4 mutant receptor activation / betaKlotho-mediated ligand binding / regulation of extracellular matrix disassembly / fibroblast growth factor receptor activity / phosphate ion homeostasis / regulation of bile acid biosynthetic process / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / positive regulation of catalytic activity / positive regulation of DNA biosynthetic process ...FGFR4 mutant receptor activation / betaKlotho-mediated ligand binding / regulation of extracellular matrix disassembly / fibroblast growth factor receptor activity / phosphate ion homeostasis / regulation of bile acid biosynthetic process / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / positive regulation of catalytic activity / positive regulation of DNA biosynthetic process / fibroblast growth factor binding / PI-3K cascade:FGFR4 / positive regulation of proteolysis / regulation of lipid metabolic process / PI3K Cascade / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / FRS-mediated FGFR4 signaling / transport vesicle / cholesterol homeostasis / Negative regulation of FGFR4 signaling / receptor protein-tyrosine kinase / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / glucose homeostasis / heparin binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / protein autophosphorylation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor complex / endosome / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular region / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. ...Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-40M / Fibroblast growth factor receptor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Kim, J.L. / Miduturu, C. / Hodous, B. / Brooijmans, N. / Bifulco, N. / Guzi, T.
引用ジャーナル: Cancer Discov / 年: 2015
タイトル: First Selective Small Molecule Inhibitor of FGFR4 for the Treatment of Hepatocellular Carcinomas with an Activated FGFR4 Signaling Pathway.
著者: Hagel, M. / Miduturu, C. / Sheets, M. / Rubin, N. / Weng, W. / Stransky, N. / Bifulco, N. / Kim, J.L. / Hodous, B. / Brooijmans, N. / Shutes, A. / Winter, C. / Lengauer, C. / Kohl, N.E. / Guzi, T.
履歴
登録2014年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 2.02018年12月12日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor receptor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4753
ポリマ－33,8671
非ポリマー6072
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area14290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.100, 58.110, 58.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.420, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor receptor 4 / FGFR-4


分子量: 33867.207 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 449-751 / 変異: L449M, delta 570-578 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR4, JTK2, TKF
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P22455, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-40M / N-(2-{[6-(2,6-dichloro-3,5-dimethoxyphenyl)quinazolin-2-yl]amino}-3-methylphenyl)propanamide / BLU9931 bound form


分子量: 511.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H24Cl2N4O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 16% PEG 3350, 0.2M lithium sulfate, 0.1M bis-tris pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9394 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月30日
放射モノクロメーター: channel cut ESRF monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9394 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→20 Å / Num. obs: 28521 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.7 % / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 1.71→1.8 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化解像度: 1.71→19.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 3.898 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2427 1400 4.9 %RANDOM
Rwork0.1931 27089 --
obs0.1956 27089 99.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.29 Å2 / Biso mean: 28.705 Å2 / Biso min: 10.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.76 Å20 Å2-2.21 Å2
2---1.1 Å2-0 Å2
3----0.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.71→19.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2277 0 40 172 2489
Biso mean--26.71 36.4 -
残基数----288
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192406
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022328
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6721.9963270
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.72535355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1125293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.81422.736106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.02115405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2551522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2351
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212669
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02546
LS精密化 シェル解像度: 1.705→1.749 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 116 -
Rwork0.37 1968 -
all-2084 -
obs--98.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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