PDB-4xc8: Isobutyryl-CoA mutase fused with bound butyryl-CoA, GDP, and Mg a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xc8

タイトル

Isobutyryl-CoA mutase fused with bound butyryl-CoA, GDP, and Mg and without cobalamin (apo-IcmF/GDP)

要素

Isobutyryl-CoA mutase fused

キーワード

ISOMERASE / Radical enzyme / complex / G-protein chaperone

機能・相同性

機能・相同性情報

isobutyryl-CoA mutase / pivalyl-CoA mutase activity / isobutyryl-CoA mutase activity / methylmalonyl-CoA mutase activity / acyl-CoA metabolic process / cobalamin binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / GTPase activity / GTP binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ralstonia metallidurans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.25 Å

データ登録者

Jost, M. / Drennan, C.L.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Visualization of a radical B12 enzyme with its G-protein chaperone.
著者: Jost, M. / Cracan, V. / Hubbard, P.A. / Banerjee, R. / Drennan, C.L.

履歴

登録	2014年12月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月4日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月27日	Group: Non-polymer description
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xc8.cif.gz	841.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xc8.ent.gz	696.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xc8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/4xc8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/4xc8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xc6C 4xc7SC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5cju-d 5cjt-d 5cjv-d 4xc6-d 5cjw-d 4xc7-d 6wdq-d 1j5o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Isobutyryl-CoA mutase fused

B: Isobutyryl-CoA mutase fused

ヘテロ分子

249 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	316.510, 316.510, 342.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2
1	3
2	3
1	4
2	4
1	5
2	5

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 24:36 or resseq 54:66 or resseq 68:107 or resseq 109:112 or resseq 120:207)
2	1	1	chain B and (resseq 24:36 or resseq 54:66 or resseq 68:107 or resseq 109:112 or resseq 120:207)
1	1	2	(chain A and (resseq 209:216 or resseq 221:230 or resseq...
2	1	2	(chain B and (resseq 209:216 or resseq 221:230 or resseq...
1	1	3	chain A and (resseq 442:447 or resseq 449:477 or resseq...
2	1	3	chain B and (resseq 442:447 or resseq 449:477 or resseq...
1	1	4	chain A and (resseq 603:608 or resseq 620:621 or resseq...
2	1	4	chain B and (resseq 603:608 or resseq 620:621 or resseq...
1	1	5	chain A and (resseq 781:782 or resseq 784:808 or resseq...
2	1	5	chain B and (resseq 781:782 or resseq 784:808 or resseq...

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

#1: タンパク質	Isobutyryl-CoA mutase fused 分子量: 122927.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: IcmF is misannotated as sbm in the genome of Cupriavidus metallidurans. 由来: (組換発現) Ralstonia metallidurans (strain CH34 / ATCC 43123 / DSM 2839) (バクテリア) 株: CH34 / ATCC 43123 / DSM 2839 / 遺伝子: IcmF, Rmet_0210 / プラスミド: pET28a 詳細 (発現宿主): gene inserted at NdeI and BamHI sites, N-terminal hexahistidine tag 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1LRY0, isobutyryl-CoA mutase
#2: 化合物	ChemComp-BCO / Butyryl Coenzyme A / S-{(3S,5S,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} butanethioate (non-preferred name) / S-ブチリル補酵素A 分子量: 837.624 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₄₂N₇O₁₇P₃S
#3: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 82 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: precipitant: 700 - 750 mM sodium potassium tartrate, 100 mM tris pH 8.5 protein in 50 mM NaCl, 20 mM HEPES pH 8, 10 mM butyryl-CoA, mixed with precipitant 1 uL + 1uL crystal soaked with 1 mM ...詳細: precipitant: 700 - 750 mM sodium potassium tartrate, 100 mM tris pH 8.5 protein in 50 mM NaCl, 20 mM HEPES pH 8, 10 mM butyryl-CoA, mixed with precipitant 1 uL + 1uL crystal soaked with 1 mM GDP and 1.5 mM MgCl2 for 6 hours

結晶

マシュー密度: 6.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 82 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: precipitant: 700 - 750 mM sodium potassium tartrate, 100 mM tris pH 8.5 protein in 50 mM NaCl, 20 mM HEPES pH 8, 10 mM butyryl-CoA, mixed with precipitant 1 uL + 1uL crystal soaked with 1 mM ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月17日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.25→100 Å / Num. obs: 102338 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.1 % / R_sym value: 0.146 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 3.25→3.33 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: dev_1760)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XC7

4xc7

解像度: 3.25→99.159 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2218	5143	5.03 %	retained from related apo-IcmF set
R_work	0.2054	-	-	-
obs	0.2063	102263	99.26 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.25→99.159 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16093	0	152	0	16245

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	16532
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.582	22435
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.235	6005
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.021	2511
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2960

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1168	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1168	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009
2	1	A	1251	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	B	1251	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.013
3	1	A	978	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	B	978	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.041
4	1	A	1458	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	B	1458	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.012
5	1	A	1463	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
5	2	B	1463	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.25-3.2869	0.4284	165	0.4007	3221	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2869-3.3256	0.3445	174	0.3612	3234	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3256-3.3661	0.3521	178	0.3264	3197	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3661-3.4088	0.276	180	0.3024	3178	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4088-3.4536	0.2871	150	0.2857	3183	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4536-3.5009	0.3327	155	0.282	3200	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5009-3.5509	0.2805	169	0.2726	3206	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5509-3.6039	0.2695	166	0.2605	3267	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6039-3.6603	0.2653	166	0.2549	3256	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6603-3.7203	0.2726	183	0.2459	3224	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7203-3.7844	0.2346	164	0.2463	3253	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7844-3.8532	0.2572	170	0.2278	3253	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8532-3.9274	0.2387	178	0.2276	3211	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9274-4.0075	0.2244	161	0.2167	3275	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0075-4.0947	0.2226	166	0.2107	3226	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0947-4.1899	0.1873	174	0.1983	3216	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1899-4.2947	0.2256	207	0.1825	3214	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2947-4.4108	0.1957	161	0.1815	3227	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4108-4.5406	0.1877	167	0.1673	3171	X-RAY DIFFRACTION	98
4.5406-4.6872	0.1829	180	0.1705	3234	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6872-4.8547	0.2051	168	0.172	3251	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8547-5.0491	0.1832	172	0.178	3260	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0491-5.2788	0.2002	172	0.186	3262	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2788-5.5571	0.2676	159	0.2001	3275	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5571-5.9053	0.2312	185	0.2102	3245	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9053-6.3611	0.2285	172	0.2191	3271	X-RAY DIFFRACTION	99
6.3611-7.0011	0.1973	187	0.1825	3159	X-RAY DIFFRACTION	97
7.0011-8.0138	0.2003	169	0.1722	3298	X-RAY DIFFRACTION	100
8.0138-10.095	0.1634	184	0.1418	3315	X-RAY DIFFRACTION	100
10.095-99.2053	0.1911	161	0.1833	3338	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0712	1.297	-0.6592	0.375	-0.3491	1.1725	0.1597	-0.3351	0.3375	0.3323	-0.1026	0.0832	-0.1589	-0.0429	-0.0513	0.8717	-0.0369	0.0786	0.9938	-0.0595	0.9486	-189.8844	-83.1038	13.9383
2	1.2174	0.2107	0.4458	1.8733	-0.5871	2.6179	0.0676	-0.2878	-0.1238	0.0203	-0.091	0.0941	0.3307	-0.4488	0.0187	0.7623	-0.2044	-0.0678	0.9675	0.059	0.4277	-281.1163	-108.883	-39.2958
3	0.7358	-1.6717	1.5551	0.0828	-0.1782	1.1449	-0.1902	0.5445	0.1019	-0.1973	-0.0097	-0.2517	0.0785	0.4687	-0.0597	0.4984	-0.2735	-0.1447	0.9587	0.3035	0.9335	-208.4315	-94.5244	-21.3805
4	1.5553	0.1562	0.0873	0.8462	-0.2287	1.1729	0.0575	-0.2411	0.0976	0.2267	-0.2174	-0.133	-0.3354	-0.0666	0.1407	0.8269	-0.1359	-0.1597	0.7824	0.0693	0.47	-252.1789	-80.836	-29.7982

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 22:435 OR RESID 1102:1102 ) )	A	22 - 435
2	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 22:435 OR RESID 1102:1102 ) )	A	1102
3	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND ( RESID 22:435 OR RESID 1102:1102 ) )	B	22 - 435
4	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND ( RESID 22:435 OR RESID 1102:1102 ) )	B	1102
5	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND ( RESID 436:1093 OR RESID 1101:1101 ) )	A	436 - 1093
6	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND ( RESID 436:1093 OR RESID 1101:1101 ) )	A	1101
7	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND ( RESID 436:1093 OR RESID 1101:1101 ) )	B	436 - 1093
8	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND ( RESID 436:1093 OR RESID 1101:1101 ) )	B	1101

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)