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- PDB-4xbk: 2-deoxyribose-5-phosphate aldolase from Lactobacillus brevis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xbk
タイトル2-deoxyribose-5-phosphate aldolase from Lactobacillus brevis
要素Deoxyribose-phosphate aldolase
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribose-phosphate aldolase / deoxyribose-phosphate aldolase activity / 2-deoxyribose 1-phosphate catabolic process / deoxyribonucleotide catabolic process / carbohydrate catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Deoxyribose-phosphate aldolase type I / Deoxyribose-phosphate aldolase / DeoC/LacD family aldolase / DeoC/FbaB/LacD aldolase / DeoC/LacD family aldolase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Deoxyribose-phosphate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus brevis ATCC 14869 = DSM 20054 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.951 Å
データ登録者Jiao, X.-C. / Pan, J. / Xu, G.-C. / Kong, X.-D. / Chen, Q. / Zhang, Z.-J. / Xu, J.-H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and TechnologyNo. 21276082 中国
引用ジャーナル: Catalysis Science And Technology / 年: 2015
タイトル: Efficient synthesis of a statin precursor in high space-time yield by a new aldehyde-tolerant aldolase identified from Lactobacillus brevis
著者: Jiao, X.-C. / Pan, J. / Xu, G.-C. / Kong, X.-D. / Chen, Q. / Zhang, Z.-J. / Xu, J.-H.
履歴
登録2014年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyribose-phosphate aldolase
B: Deoxyribose-phosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2795
ポリマ－56,0992
非ポリマー1803
水7,746430
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area15640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.882, 96.882, 119.593
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-324-

HOH

21A-379-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Deoxyribose-phosphate aldolase / 2-deoxyribose-5-phosphate aldolase / DERA / 2-deoxy-D-ribose 5-phosphate aldolase / Phosphodeoxyriboaldolase


分子量: 28049.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus brevis ATCC 14869 = DSM 20054 (バクテリア)
株: ATCC 14869 = DSM 20054 / 遺伝子: deoC, HMPREF0495_01319 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U2PI02, deoxyribose-phosphate aldolase
#2: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.82 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: ammonium acetate, sodium acetate / PH範囲: 4.3-5.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 42101 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 27.5 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 1.018 / Net I/av σ(I): 28.663 / Net I/σ(I): 15.1 / Num. measured all: 1158340
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.95-2.0227.20.68441350.9550.1330.6971.01100
2.02-2.127.20.54341240.9650.1060.5531.057100
2.1-2.227.60.35241440.9870.0680.3580.99100
2.2-2.3127.40.30841630.9860.060.3141.092100
2.31-2.4627.90.21941540.9940.0420.2231100
2.46-2.6527.90.17241860.9960.0330.1751100
2.65-2.9128.10.13341900.9970.0250.1351.022100
2.91-3.3328.10.10242360.9980.0190.1040.983100
3.33-4.227.60.07942720.9990.0150.0810.99399.9
4.2-5026.30.05544970.9990.0110.0561.03999.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000data processing
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.951→44.898 Å / FOM work R set: 0.8825 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1784 2120 5.05 %
Rwork0.162 39873 -
obs0.1629 41993 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 78.55 Å2 / Biso mean: 29.89 Å2 / Biso min: 15.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.951→44.898 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3212 0 12 430 3654
Biso mean--41.53 38.5 -
残基数----434
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083284
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0614440
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072540
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004577
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2061195
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9506-1.99590.23721430.19032575271899
1.9959-2.04580.2331440.18726112755100
2.0458-2.10120.25851470.193526062753100
2.1012-2.1630.21361220.16826392761100
2.163-2.23280.23181300.170326272757100
2.2328-2.31260.20451370.178426372774100
2.3126-2.40520.24111360.1726442780100
2.4052-2.51460.18621320.165926252757100
2.5146-2.64720.18571540.171826482802100
2.6472-2.8130.17891360.163426652801100
2.813-3.03020.20671500.17526512801100
3.0302-3.3350.18161540.168826632817100
3.335-3.81740.1711350.14826882823100
3.8174-4.80860.12531460.13752724287099
4.8086-44.90960.15671540.16272870302499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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