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- PDB-4xbj: Y274F alanine racemase from E. coli inhibited by l-ala-p -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xbj
タイトルY274F alanine racemase from E. coli inhibited by l-ala-p
要素Alanine racemase, biosynthetic
キーワードISOMERASE/ISOMERASE INHIBITOR / ISOMERASE / ISOMERASE-ISOMERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine racemase / D-alanine biosynthetic process / alanine racemase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / pyridoxal phosphate binding / regulation of cell shape / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alanine racemase, pyridoxal-phosphate attachment site / Alanine racemase pyridoxal-phosphate attachment site. / Alanine racemase / Alanine racemase, C-terminal / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 ...Alanine racemase, pyridoxal-phosphate attachment site / Alanine racemase pyridoxal-phosphate attachment site. / Alanine racemase / Alanine racemase, C-terminal / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IN5 / Alanine racemase, biosynthetic
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Squire, C.J. / Yosaatmadja, Y. / Patrick, W.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Mechanistic and Evolutionary Insights from the Reciprocal Promiscuity of Two Pyridoxal Phosphate-dependent Enzymes.
著者: Soo, V.W. / Yosaatmadja, Y. / Squire, C.J. / Patrick, W.M.
履歴
登録2014年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月22日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alanine racemase, biosynthetic
B: Alanine racemase, biosynthetic
C: Alanine racemase, biosynthetic
D: Alanine racemase, biosynthetic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,58115
ポリマ－156,7444
非ポリマー1,83711
水4,252236
1
A: Alanine racemase, biosynthetic
B: Alanine racemase, biosynthetic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4688
ポリマ－78,3722
非ポリマー1,0976
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area26670 Å2
手法PISA
2
C: Alanine racemase, biosynthetic
D: Alanine racemase, biosynthetic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,1127
ポリマ－78,3722
非ポリマー7405
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5220 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area26340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.978, 147.978, 163.578
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6

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要素

#1: タンパク質
Alanine racemase, biosynthetic


分子量: 39185.879 Da / 分子数: 4 / 変異: Y274F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: alr / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6B4, alanine racemase
#2: 化合物 ChemComp-IN5 / {1-[(3-HYDROXY-METHYL-5-PHOSPHONOOXY-METHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL)-AMINO]-ETHYL}-PHOSPHONIC ACID


分子量: 356.206 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18N2O8P2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.71 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 1.6 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年11月28日
放射モノクロメーター: osmic mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.487
11K, H, -L20.513
反射解像度: 2.25→19.91 Å / Num. obs: 95615 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.4 % / CC1/2: 0.992 / Rpim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 10.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC1/2: 0.617 / Rpim(I) all: 0.432 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WR3

4wr3


解像度: 2.25→19.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 2.051 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.034 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20217 4924 5.1 %RANDOM
Rwork0.16731 ---
obs0.16914 90731 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.717 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.27 Å2-0 Å2
3---0.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10758 0 106 236 11100
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01911165
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0210736
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1421.96315189
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.645324586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.39451424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.10422.723470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.011151773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.29315105
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21713
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02112643
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022535
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8942.1245699
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8942.1245698
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5053.1747116
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5043.1757117
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0892.2665466
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0712.2585432
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.8033.3248023
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.8716.74912408
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.84316.77112353
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.251→2.31 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.174 328 -
Rwork0.119 6619 -
obs--98.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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