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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xb7 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Dscam1 isoform 4.4, N-terminal four Ig domains | |||||||||
![]() | Down syndrome cell adhesion molecule, isoform 4.4 | |||||||||
![]() | CELL ADHESION / Ig fold | |||||||||
機能・相同性 | ![]() detection of molecule of bacterial origin / mushroom body development / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / central nervous system morphogenesis / ventral cord development / axon extension involved in axon guidance / axon guidance receptor activity / dendrite self-avoidance / cell-cell adhesion mediator activity / peripheral nervous system development ...detection of molecule of bacterial origin / mushroom body development / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / central nervous system morphogenesis / ventral cord development / axon extension involved in axon guidance / axon guidance receptor activity / dendrite self-avoidance / cell-cell adhesion mediator activity / peripheral nervous system development / axonal fasciculation / regulation of dendrite morphogenesis / regulation of axonogenesis / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / neuron development / phagocytosis / antigen binding / axon guidance / neuron projection / axon / neuronal cell body / dendrite / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Chen, Q. / Yu, Y. / Li, S.A. / Cheng, L. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of Dscam1 homodimerization: Insights into context constraint for protein recognition 著者: Li, S.A. / Cheng, L. / Yu, Y. / Chen, Q. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 170.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 134.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4wvrC ![]() 4x5lC ![]() 4x83C ![]() 4x8xC ![]() 4x9bC ![]() 4x9fC ![]() 4x9gC ![]() 4x9hC ![]() 4x9iC ![]() 4xb8C ![]() 4xhqC ![]() 2v5mS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43863.414 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal four Ig domains / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() #2: 多糖 | #3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.56 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH7.5, 0.5M Magnesium Chloride, 20% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4→50.106 Å / Num. obs: 15793 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.6 % / Net I/σ(I): 7.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2V5M 解像度: 4.004→50.106 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.99 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.004→50.106 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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