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- PDB-4xat: Crystal structure of the olfactomedin domain from noelin/pancorti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xat
タイトルCrystal structure of the olfactomedin domain from noelin/pancortin/olfactomedin-1
要素Noelin
キーワードCELL ADHESION / beta propeller / 5 bladed propeller / olfactomedin
機能・相同性
機能・相同性情報


atrioventricular valve formation / neuronal signal transduction / cardiac epithelial to mesenchymal transition / regulation of axon extension / axonal growth cone / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / nervous system development / perikaryon / positive regulation of apoptotic process / axon ...atrioventricular valve formation / neuronal signal transduction / cardiac epithelial to mesenchymal transition / regulation of axon extension / axonal growth cone / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / nervous system development / perikaryon / positive regulation of apoptotic process / axon / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / synapse / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum / signal transduction / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Noelin domain / Neurogenesis glycoprotein / Olfactomedin-like domain / Olfactomedin-like domain / Olfactomedin-like domain profile. / Olfactomedin-like domains / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like / Endoplasmic reticulum targeting sequence.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.113 Å
データ登録者Hill, S.E. / Nguyen, E. / Lieberman, R.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI) 米国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Molecular Details of Olfactomedin Domains Provide Pathway to Structure-Function Studies.
著者: Hill, S.E. / Donegan, R.K. / Nguyen, E. / Desai, T.M. / Lieberman, R.L.
履歴
登録2014年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.32022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Noelin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9445
ポリマ－30,6961
非ポリマー2474
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area650 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area10670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.681, 68.016, 95.659
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Noelin / Neuronal olfactomedin-related ER localized protein / Olfactomedin-1


分子量: 30696.309 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 200-467 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OLFM1, NOE1, NOEL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99784
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.5 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Hepes pH 7.5 PEG 400 PEG 3000 Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HS / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→32.27 Å / Num. obs: 15126 / % possible obs: 97.87 % / 冗長度: 3.1 % / Net I/σ(I): 9.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4 1496)精密化
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
HKL-3000位相決定
精密化解像度: 2.113→32.266 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2043 1478 10.06 %
Rwork0.1571 --
obs0.162 14693 95.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.113→32.266 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2069 0 14 139 2222
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012143
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1962914
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.441752
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051304
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006370
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1125-2.18070.23791130.1661014X-RAY DIFFRACTION81
2.1807-2.25860.25411260.16941128X-RAY DIFFRACTION91
2.2586-2.3490.21811320.15991181X-RAY DIFFRACTION95
2.349-2.45590.22771330.15711185X-RAY DIFFRACTION96
2.4559-2.58530.23861340.16191197X-RAY DIFFRACTION97
2.5853-2.74720.2041370.16461215X-RAY DIFFRACTION97
2.7472-2.95920.20361390.16711243X-RAY DIFFRACTION99
2.9592-3.25680.20491400.17631245X-RAY DIFFRACTION99
3.2568-3.72740.19431380.16161238X-RAY DIFFRACTION98
3.7274-4.69380.16611370.13741235X-RAY DIFFRACTION96
4.6938-32.26970.20881490.14691334X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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