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万見
- PDB-4xar: mGluR2 ECD and mGluR3 ECD complex with ligands -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xar
タイトルmGluR2 ECD and mGluR3 ECD complex with ligands
要素Metabotropic glutamate receptor 3
キーワードSIGNALING PROTEIN / mGluR2 mGluR3 ECD
機能・相同性
機能・相同性情報


group II metabotropic glutamate receptor activity / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / negative regulation of adenylate cyclase activity / astrocyte projection / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / cellular response to stress / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / calcium channel regulator activity ...group II metabotropic glutamate receptor activity / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / negative regulation of adenylate cyclase activity / astrocyte projection / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / cellular response to stress / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / calcium channel regulator activity / G protein-coupled receptor activity / presynaptic membrane / scaffold protein binding / G alpha (i) signalling events / gene expression / chemical synaptic transmission / dendritic spine / postsynaptic membrane / postsynaptic density / axon / glutamatergic synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 3 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site ...GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 3 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Response regulator / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-40F / IODIDE ION / Metabotropic glutamate receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Clawson, D.K.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Synthesis and Pharmacological Characterization of C4-Disubstituted Analogs of 1S,2S,5R,6S-2-Aminobicyclo[3.1.0]hexane-2,6-dicarboxylate: Identification of a Potent, Selective ...タイトル: Synthesis and Pharmacological Characterization of C4-Disubstituted Analogs of 1S,2S,5R,6S-2-Aminobicyclo[3.1.0]hexane-2,6-dicarboxylate: Identification of a Potent, Selective Metabotropic Glutamate Receptor Agonist and Determination of Agonist-Bound Human mGlu2 and mGlu3 Amino Terminal Domain Structures.
著者: Monn, J.A. / Prieto, L. / Taboada, L. / Pedregal, C. / Hao, J. / Reinhard, M.R. / Henry, S.S. / Goldsmith, P.J. / Beadle, C.D. / Walton, L. / Man, T. / Rudyk, H. / Clark, B. / Tupper, D. / ...著者: Monn, J.A. / Prieto, L. / Taboada, L. / Pedregal, C. / Hao, J. / Reinhard, M.R. / Henry, S.S. / Goldsmith, P.J. / Beadle, C.D. / Walton, L. / Man, T. / Rudyk, H. / Clark, B. / Tupper, D. / Baker, S.R. / Lamas, C. / Montero, C. / Marcos, A. / Blanco, J. / Bures, M. / Clawson, D.K. / Atwell, S. / Lu, F. / Wang, J. / Russell, M. / Heinz, B.A. / Wang, X. / Carter, J.H. / Xiang, C. / Catlow, J.T. / Swanson, S. / Sanger, H. / Broad, L.M. / Johnson, M.P. / Knopp, K.L. / Simmons, R.M. / Johnson, B.G. / Shaw, D.B. / McKinzie, D.L.
履歴
登録2014年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月11日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metabotropic glutamate receptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,97710
ポリマ－58,7771
非ポリマー1,2009
水2,000111
1
A: Metabotropic glutamate receptor 3
ヘテロ分子

A: Metabotropic glutamate receptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,95420
ポリマ－117,5532
非ポリマー2,40118
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area4110 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area38350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.338, 80.338, 155.688
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Metabotropic glutamate receptor 3 / mGluR3


分子量: 58776.562 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 2-508 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRM3, GPRC1C, MGLUR3 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q14832
#2: 化合物 ChemComp-40F / (1S,2S,5R,6S)-2-aminobicyclo[3.1.0]hexane-2,6-dicarboxylic acid / LY-354740


分子量: 185.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H11NO4
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.15 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 20% PEG 3350, 200mM Ammonium Iodide

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→37.68 Å / Num. obs: 27749 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 10.8 % / Net I/σ(I): 8.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.5精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.26→37.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9341 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9253 / SU R Cruickshank DPI: 0.235 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.237 / SU Rfree Blow DPI: 0.183 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.184
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2241 1135 4.09 %RANDOM
Rwork0.1967 ---
obs0.1979 27749 99.25 %-
原子変位パラメータBiso max: 119.13 Å2 / Biso mean: 46.56 Å2 / Biso min: 19.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7205 Å20 Å20 Å2
2--1.7205 Å20 Å2
3----3.441 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.275 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.26→37.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3526 0 21 111 3658
Biso mean--37.19 47.31 -
残基数----445
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1265SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes92HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes526HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3614HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion469SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4163SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3614HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4890HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.23
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.8
LS精密化 シェル解像度: 2.26→2.35 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2255 110 3.9 %
Rwork0.2152 2711 -
all0.2156 2821 -
obs--99.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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