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- PDB-4xao: Crystal structure of the hPXR-LBD obtained in presence of the pes... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xao
タイトルCrystal structure of the hPXR-LBD obtained in presence of the pesticide trans-nonachlor
要素Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2
キーワードGENE REGULATION / HORMONE RECEPTOR / PESTICIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


intermediate filament cytoskeleton / xenobiotic transport / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / xenobiotic metabolic process / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity ...intermediate filament cytoskeleton / xenobiotic transport / steroid metabolic process / xenobiotic catabolic process / xenobiotic metabolic process / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / cell differentiation / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain ...: / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Delfosse, V. / Huet, T. / Bourguet, W.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
ANR CESA フランス
Plan Cancer Inserm フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Synergistic activation of human pregnane X receptor by binary cocktails of pharmaceutical and environmental compounds.
著者: Delfosse, V. / Dendele, B. / Huet, T. / Grimaldi, M. / Boulahtouf, A. / Gerbal-Chaloin, S. / Beucher, B. / Roecklin, D. / Muller, C. / Rahmani, R. / Cavailles, V. / Daujat-Chavanieu, M. / ...著者: Delfosse, V. / Dendele, B. / Huet, T. / Grimaldi, M. / Boulahtouf, A. / Gerbal-Chaloin, S. / Beucher, B. / Roecklin, D. / Muller, C. / Rahmani, R. / Cavailles, V. / Daujat-Chavanieu, M. / Vivat, V. / Pascussi, J.M. / Balaguer, P. / Bourguet, W.
履歴
登録2014年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月16日Group: Database references
改定 1.22018年7月4日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4593
ポリマ－36,2811
非ポリマー1782
水1,20767
1
A: Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2
ヘテロ分子

A: Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9186
ポリマ－72,5622
非ポリマー3574
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_664-y+1,-x+1,-z-1/21
Buried area2390 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area26870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.300, 92.300, 86.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 1 group I member 2 / Orphan nuclear receptor PAR1 / Orphan nuclear receptor PXR / Pregnane X receptor / Steroid and ...Orphan nuclear receptor PAR1 / Orphan nuclear receptor PXR / Pregnane X receptor / Steroid and xenobiotic receptor / SXR


分子量: 36280.867 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 130-434 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Synthetic gene / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1I2, PXR / プラスミド: pRSETA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O75469
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 / 詳細: 100 mM Imidazole, 10% Isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月16日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→41.28 Å / Num. obs: 12258 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 35.9 Å2 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 14.66
反射 シェル解像度: 2.58→2.69 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.472 / Mean I/σ(I) obs: 4.08 / % possible all: 78.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ILG

1ilg


解像度: 2.58→41.28 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.56 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The protein PXR has been crystallized in presence of the pesticide trans-nonachlor. The ligand seems present in the ligand binding pocket but the density is not enough defined to model it. ...詳細: The protein PXR has been crystallized in presence of the pesticide trans-nonachlor. The ligand seems present in the ligand binding pocket but the density is not enough defined to model it. Other data from native mass spectrometry indicate that the ligand could bind PXR.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2391 981 8 %Random selection
Rwork0.1892 ---
obs0.1931 12258 99.64 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→41.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2155 0 12 67 2234
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022233
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5693025
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.387812
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.022337
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003388
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.58-2.71130.29051330.21111536X-RAY DIFFRACTION98
2.7113-2.88110.281380.21171586X-RAY DIFFRACTION100
2.8811-3.10350.23911380.21481583X-RAY DIFFRACTION100
3.1035-3.41570.30351390.21511598X-RAY DIFFRACTION100
3.4157-3.90960.23711400.18231605X-RAY DIFFRACTION100
3.9096-4.92440.18361410.15991629X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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