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万見
- PDB-4xae: Structure of Feruloyl-CoA 6-hydroxylase (F6H) from Arabidopsis th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xae
タイトルStructure of Feruloyl-CoA 6-hydroxylase (F6H) from Arabidopsis thaliana
要素Feruloyl CoA ortho-hydroxylase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / PROTEIN ENGINEERING / COUMARINS / 2-oxoglutarate dependent dioxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


feruloyl-CoA 6-hydroxylase / hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / response to iron ion starvation / coumarin biosynthetic process / phenylpropanoid biosynthetic process / dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain / Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Feruloyl CoA ortho-hydroxylase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.769 Å
データ登録者Zhou, D. / Kandavelu, P. / Zhang, H. / Wang, B.C. / Rose, J. / Yan, Y.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Structural Insights into Substrate Specificity of Feruloyl-CoA 6'-Hydroxylase from Arabidopsis thaliana.
著者: Sun, X. / Zhou, D. / Kandavelu, P. / Zhang, H. / Yuan, Q. / Wang, B.C. / Rose, J. / Yan, Y.
履歴
登録2014年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Feruloyl CoA ortho-hydroxylase 1
B: Feruloyl CoA ortho-hydroxylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,6604
ポリマ－84,6142
非ポリマー462
水50428
1
A: Feruloyl CoA ortho-hydroxylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3302
ポリマ－42,3071
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Feruloyl CoA ortho-hydroxylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3302
ポリマ－42,3071
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)193.219, 54.554, 78.815
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.54, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Feruloyl CoA ortho-hydroxylase 1


分子量: 42306.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: F6'H1, At3g13610, K20M4.5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9LHN8, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9LHN8, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Sitting drop vapor diffusion at 291K using 2 microliter drops containing equal volumes of protein concentrate and a precipitant cocktail containing 20% (w/v) PEG-8000, 0.1 M MES, 0.3 M Ca(OAc)2, pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月30日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→44.93 Å / Num. all: 19697 / Num. obs: 19697 / % possible obs: 92.21 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.795 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.366 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / % possible all: 59.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GP4

1gp4


解像度: 2.769→44.93 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.38 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2999 1869 9.99 %
Rwork0.2428 --
obs0.2484 18707 94.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.769→44.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5141 0 2 28 5171
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065255
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1947138
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4641936
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05802
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007927
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.769-2.84350.4283960.3245872X-RAY DIFFRACTION64
2.8435-2.92710.3811270.32871100X-RAY DIFFRACTION81
2.9271-3.02160.37731290.31771215X-RAY DIFFRACTION89
3.0216-3.12960.29821460.28861309X-RAY DIFFRACTION96
3.1296-3.25480.34951390.27641333X-RAY DIFFRACTION99
3.2548-3.40290.33361540.28041374X-RAY DIFFRACTION100
3.4029-3.58230.30681520.26831366X-RAY DIFFRACTION100
3.5823-3.80660.27451490.24271332X-RAY DIFFRACTION100
3.8066-4.10030.30581490.23841375X-RAY DIFFRACTION100
4.1003-4.51260.24881550.20891381X-RAY DIFFRACTION100
4.5126-5.16480.25891560.19431359X-RAY DIFFRACTION100
5.1648-6.50390.2781570.2431384X-RAY DIFFRACTION100
6.5039-44.93590.31831600.21651438X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1199-0.6666-0.71530.44270.2580.96940.09010.4032-0.277-0.0251-0.00550.12650.0332-0.06770.00010.3950.0642-0.04870.42430.01320.431661.621214.9831-22.4278
20.79890.0136-0.0671.014-0.06490.54620.02240.2472-0.0234-0.17380.0280.02360.0141-0.1608-0.00010.31670.02820.00160.32860.01650.383656.174719.1966-14.2415
30.568-0.0964-0.26440.37050.53750.7769-0.0342-0.00620.04760.04620.0797-0.07170.15270.29070.00020.36950.0091-0.01570.39620.05040.282389.4313-1.509120.1032
41.3968-0.826-0.32670.54360.38290.8557-0.03980.19530.0856-0.0659-0.00840.05670.06520.0358-0.00010.3174-0.031-0.00760.30590.03930.247380.87682.87216.4642
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 15 through 112 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 113 through 343 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 15 through 136 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 137 through 344 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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