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万見
- PDB-4x9q: MnSOD-3 Room Temperature Structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x9q
タイトルMnSOD-3 Room Temperature Structure
要素Superoxide dismutase [Mn] 2, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / Superoxide / Manganese / Dismutase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / removal of superoxide radicals / manganese ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
: / Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain ...: / Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / : / Superoxide dismutase [Mn] 2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Hunter, G.J. / Trinh, C.H. / Hunter, T. / Bonetta, R. / Stewart, E.E.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2015
タイトル: The structure of the Caenorhabditis elegans manganese superoxide dismutase MnSOD-3-azide complex.
著者: Hunter, G.J. / Trinh, C.H. / Bonetta, R. / Stewart, E.E. / Cabelli, D.E. / Hunter, T.
履歴
登録2014年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Mn] 2, mitochondrial
C: Superoxide dismutase [Mn] 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7656
ポリマ－44,4572
非ポリマー3084
水5,332296
1
A: Superoxide dismutase [Mn] 2, mitochondrial
C: Superoxide dismutase [Mn] 2, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Superoxide dismutase [Mn] 2, mitochondrial
C: Superoxide dismutase [Mn] 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,52912
ポリマ－88,9134
非ポリマー6168
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area8630 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area32540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.465, 81.465, 137.959
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-327-

HOH

21C-320-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Superoxide dismutase [Mn] 2, mitochondrial


分子量: 22228.283 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-218 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: sod-3, C08A9.1 / 詳細 (発現宿主): pTrc-99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): OX326A / 参照: UniProt: P41977, superoxide dismutase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium Sulphate, Bicine

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.541 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→70.19 Å / Num. obs: 45989 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.77→1.87 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.338 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N0J

1n0j


解像度: 1.77→70.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.12 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21431 2320 5.1 %RANDOM
Rwork0.18088 ---
obs0.18256 43599 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.829 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å2-0 Å20 Å2
2---0.27 Å2-0 Å2
3---0.55 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.77→70.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3122 0 14 296 3432
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0193213
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023022
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4931.9294358
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80436947
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6535386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.95124.937158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.27115541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9151510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2459
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213664
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02774
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0451.5441550
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0431.5431549
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5642.3061934
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5642.3071935
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.781.7591663
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7621.7421657
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7892.5212418
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.9813.4774004
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.84412.9473865
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.77→1.816 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 165 -
Rwork0.276 3171 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.10570.1370.00081.4619-0.81141.12080.0145-0.0564-0.1092-0.2037-0.1588-0.25460.26480.12050.14430.07360.02440.04020.02260.02780.067226.7485.65-0.82
20.894-0.15270.23470.779-0.34380.93840.0151-0.1923-0.05870.1170.06210.1545-0.0529-0.1772-0.07730.0286-0.00220.02960.09090.03850.058-8.578-2.36514.215
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 194
2X-RAY DIFFRACTION2C1 - 194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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