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- PDB-4x97: Crystal structure of Lysosomal Phospholipase A2 in complex with m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x97
タイトルCrystal structure of Lysosomal Phospholipase A2 in complex with methyl arachidonyl fluorophosphonate (MAFP)
要素Group XV phospholipase A2
キーワードTRANSFERASE / hydrolase / phospholipase / MAFP / acyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


acylglycerol O-acyltransferase activity / phosphatidylethanolamine catabolic process / phosphatidylserine metabolic process / Hydrolysis of LPC / lysophospholipase / glycerophospholipid metabolic process / O-acyltransferase activity / phospholipase A1 / phosphatidylserine 1-acylhydrolase activity / : ...acylglycerol O-acyltransferase activity / phosphatidylethanolamine catabolic process / phosphatidylserine metabolic process / Hydrolysis of LPC / lysophospholipase / glycerophospholipid metabolic process / O-acyltransferase activity / phospholipase A1 / phosphatidylserine 1-acylhydrolase activity / : / phospholipase A1 activity / calcium-independent phospholipase A2 activity / diacylglycerol biosynthetic process / phosphatidylglycerol metabolic process / ceramide metabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / phosphatidylcholine metabolic process / fatty acid catabolic process / lysophospholipase activity / phospholipase A2 / phospholipid metabolic process / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / phospholipid binding / lysosome / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / nucleoplasm / membrane
類似検索 - 分子機能
Lecithin:cholesterol/phospholipid:diacylglycerol acyltransferase / Lecithin:cholesterol acyltransferase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHYL ARACHIDONYL FLUOROPHOSPHONATE / PHOSPHATE ION / Lysosomal phospholipase A and acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Glukhova, A. / Tesmer, J.J.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL086865 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structure and function of lysosomal phospholipase A2 and lecithin:cholesterol acyltransferase.
著者: Glukhova, A. / Hinkovska-Galcheva, V. / Kelly, R. / Abe, A. / Shayman, J.A. / Tesmer, J.J.
履歴
登録2014年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.id
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.72024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Group XV phospholipase A2
B: Group XV phospholipase A2
C: Group XV phospholipase A2
D: Group XV phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,87433
ポリマ－172,4844
非ポリマー6,39029
水4,179232
1
A: Group XV phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7108
ポリマ－43,1211
非ポリマー1,5897
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Group XV phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7459
ポリマ－43,1211
非ポリマー1,6248
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Group XV phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7108
ポリマ－43,1211
非ポリマー1,5897
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Group XV phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7108
ポリマ－43,1211
非ポリマー1,5897
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.147, 85.495, 88.852
Angle α, β, γ (deg.)88.850, 70.870, 79.740
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGPROPROAA3 - 3794 - 380
21ARGARGPROPROBB3 - 3794 - 380
12HISHISGLYGLYAA4 - 3785 - 379
22HISHISGLYGLYCC4 - 3785 - 379
13HISHISGLYGLYAA4 - 3785 - 379
23HISHISGLYGLYDD4 - 3785 - 379
14HISHISGLYGLYBB4 - 3785 - 379
24HISHISGLYGLYCC4 - 3785 - 379
15HISHISGLYGLYBB4 - 3785 - 379
25HISHISGLYGLYDD4 - 3785 - 379
16HISHISPROPROCC4 - 3795 - 380
26HISHISPROPRODD4 - 3795 - 380

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 20分子 ABCD

#1: タンパク質
Group XV phospholipase A2 / 1-O-acylceramide synthase / ACS / LCAT-like lysophospholipase / LLPL / Lysophospholipase 3 / ...1-O-acylceramide synthase / ACS / LCAT-like lysophospholipase / LLPL / Lysophospholipase 3 / Lysosomal phospholipase A2 / LPLA2


分子量: 43121.027 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 34-412 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LPLA2 is covalently linked to MAFP via S165 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLA2G15, LYPLA3, UNQ341/PRO540 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q8NCC3, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 245分子

#3: 化合物
ChemComp-MAY / METHYL ARACHIDONYL FLUOROPHOSPHONATE / MAFP


分子量: 370.482 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36FO2P / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 3.5% PEG 8000, 28% MPD, 300 mM (NH4)2HPO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→30 Å / Num. obs: 52162 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.089 / Rrim(I) all: 0.125 / Χ2: 0.844 / Net I/av σ(I): 8.514 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 101664
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.65-2.71.20.5731110.2220.5730.811.2294
2.7-2.741.80.425050.6860.40.5660.60289.1
2.74-2.81.90.40627280.6480.4060.5740.65797.6
2.8-2.851.90.33627740.7660.3360.4760.62998.1
2.85-2.9220.30327420.7860.3030.4280.64198.1
2.92-2.9820.26227310.8280.2620.370.64598.3
2.98-3.0620.23127520.8510.2310.3270.71798.3
3.06-3.1420.19527990.8950.1950.2760.75898.4
3.14-3.2320.16327110.9280.1630.230.7898.5
3.23-3.3420.13527680.9490.1350.1910.78998.5
3.34-3.4620.11227620.960.1120.1590.90198.6
3.46-3.620.09627350.9710.0960.1360.92898.6
3.6-3.7620.08327580.9770.0830.1180.98298.4
3.76-3.9620.07327620.980.0730.1031.01598.6
3.96-4.220.05527420.9890.0550.0780.97598.7
4.2-4.5320.04327750.9930.0430.0610.95798.6
4.53-4.9820.04127910.9930.0410.0580.93998.9
4.98-5.720.04627540.9910.0460.0650.9499
5.7-7.1620.04827660.9910.0480.0680.95698.9
7.16-301.90.03626960.9930.0360.0511.18496.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4X90

4x90


解像度: 2.65→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 21.048 / SU ML: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.305 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2191 2558 4.9 %RANDOM
Rwork0.1794 49603 --
obs0.1813 49603 94.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 155.69 Å2 / Biso mean: 39.398 Å2 / Biso min: 3.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3 Å21.46 Å2-0.29 Å2
2---1 Å2-0.7 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12098 0 372 232 12702
Biso mean--54.04 24.9 -
残基数----1506
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.01912917
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.0212020
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7881.98917610
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.262327623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1651524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.42723.494581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.054152018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9941582
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21901
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02114344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.023008
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0182.2386051
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0142.2376050
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2823.3527566
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A243680.06
12B243680.06
21A241810.06
22C241810.06
31A241330.07
32D241330.07
41B243200.06
42C243200.06
51B244240.05
52D244240.05
61C242220.06
62D242220.06
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.716 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 109 -
Rwork0.259 1905 -
all-2014 -
obs--49.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5954-0.3895-0.19011.80020.521.02490.0992-0.0019-0.07450.0409-0.0741-0.00840.1808-0.0187-0.02510.1050.0283-0.07080.0888-0.01560.07257.4835-18.0773-16.5478
21.0194-0.32580.46441.0593-0.14870.95410.07470.0321-0.0015-0.1371-0.09130.024-0.06640.02770.01660.04710.0459-0.01540.0951-0.02650.008-20.873621.5879-20.8039
30.5529-0.2188-0.02071.30340.78911.8902-0.0853-0.02560.03810.34780.0639-0.08640.17920.030.02140.1840.0406-0.06090.0878-0.02070.0247-4.070517.006918.537
40.9455-1.06090.95552.3347-1.9263.4184-0.0985-0.1003-0.1550.37880.39920.2629-0.1391-0.4497-0.30070.15780.0226-0.00490.13260.05110.068323.4482-24.107423.5394
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 405
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 405
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 405
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 405

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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