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- PDB-4x84: Crystal structure of Ribose-5-phosphate isomerase A from Pseudomo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x84
タイトルCrystal structure of Ribose-5-phosphate isomerase A from Pseudomonas aeruginosa
要素Ribose-5-phosphate isomerase A
キーワードISOMERASE / SSGCID / Pseudomonas aeruginosa / Ribose-5-phosphate isomerase A / Phosphoriboisomerase A / PRI / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


D-ribose metabolic process / ribose-5-phosphate isomerase / ribose-5-phosphate isomerase activity / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribose-5-phosphate isomerase, type A, subgroup / Ribose 5-phosphate isomerase, type A / Ribose 5-phosphate isomerase A (phosphoriboisomerase A) / Rossmann fold - #1360 / ACT domain / NagB/RpiA transferase-like / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Ribose-5-phosphate isomerase A
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Ribose-5-phosphate isomerase A from Pseudomonas aeruginosa
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2014年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribose-5-phosphate isomerase A
B: Ribose-5-phosphate isomerase A
C: Ribose-5-phosphate isomerase A
D: Ribose-5-phosphate isomerase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,8788
ポリマ－99,1214
非ポリマー7564
水27,9051549
1
A: Ribose-5-phosphate isomerase A
D: Ribose-5-phosphate isomerase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9394
ポリマ－49,5612
非ポリマー3782
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area17900 Å2
手法PISA
2
B: Ribose-5-phosphate isomerase A
C: Ribose-5-phosphate isomerase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9394
ポリマ－49,5612
非ポリマー3782
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area18680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.070, 142.790, 161.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is a tetramer, there are two biological unics in the asu: chains AD and BC

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要素

#1: タンパク質
Ribose-5-phosphate isomerase A / Phosphoriboisomerase A / PRI


分子量: 24780.355 Da / 分子数: 4 / 断片: PsaeA.00944.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: rpiA, PA0330 / プラスミド: PsaeA.01152.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I6G1, ribose-5-phosphate isomerase
#2: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1549 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.6 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Moledular Dimensions, Morpheus screen G4: 20mM each Na-Formate; NH4-Acetate; Na3-Citrate; NaKTartrate (racemic); Na-Oxamate; 12.5% each MPD (racemic); PEG 1K; PEG 3350; 100mM Imidazole; MES ...詳細: Moledular Dimensions, Morpheus screen G4: 20mM each Na-Formate; NH4-Acetate; Na3-Citrate; NaKTartrate (racemic); Na-Oxamate; 12.5% each MPD (racemic); PEG 1K; PEG 3350; 100mM Imidazole; MES (acid) pH 6.5; PsaeA.00944.a.B1.PS02170 at 29.9mg/ml; direct cryo; tray 258189, puck frv7-1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月29日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→50 Å / Num. all: 262311 / Num. obs: 261250 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 8.68 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 14 / Num. measured all: 1258596
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.25-1.284.80.870.4953.229169319247192310.55599.9
1.28-1.320.8840.443.628904418677186590.49499.9
1.32-1.360.9090.3864.078728818210181950.43399.9
1.36-1.40.930.3314.768526317713176930.37199.9
1.4-1.440.9490.2765.648294117175171550.30999.9
1.44-1.490.9630.2246.918053216615166020.25199.9
1.49-1.550.9770.1798.57810816074160660.2100
1.55-1.610.9840.14910.067562115486154710.16699.9
1.61-1.690.9870.12511.657260414852148300.13999.9
1.69-1.770.9910.10513.716989214243142270.11799.9
1.77-1.860.9940.08416.496663013554135380.09499.9
1.86-1.980.9960.06919.836234712807127660.07799.7
1.98-2.110.9970.05723.675857812094120210.06399.4
2.11-2.280.9970.0526.485437011301112470.05699.5
2.28-2.50.9970.04628.294949510374103020.05199.3
2.5-2.80.9980.04130.9644452945693720.04699.1
2.8-3.230.9980.03733.639040840083060.04298.9
3.23-3.950.9980.03436.932564713369940.03898.1
3.95-5.590.9980.03437.8924992562454790.03897.4
5.590.9970.03536.7113142327630960.0494.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.02 Å42.18 Å
Translation6.02 Å42.18 Å

-
解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
PHASER位相決定
ARPモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3enq

3enq


解像度: 1.25→45.649 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1574 2000 0.77 %Random selection
Rwork0.1383 259196 --
obs0.1385 261196 99.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 55.09 Å2 / Biso mean: 14.3851 Å2 / Biso min: 4.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.25→45.649 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6719 0 52 1578 8349
Biso mean--9.31 25.4 -
残基数----899
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057151
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1089771
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721172
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051286
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0232696
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.25-1.28130.21321420.16681839118533100
1.2813-1.31590.20641420.1591832618468100
1.3159-1.35460.17311410.15011840918550100
1.3546-1.39840.16961420.14231838118523100
1.3984-1.44830.16231420.13391841918561100
1.4483-1.50630.16341430.12471846518608100
1.5063-1.57490.16261430.11711849218635100
1.5749-1.65790.15231420.11781846618608100
1.6579-1.76180.14321430.1221850518648100
1.7618-1.89780.15651430.13081854918692100
1.8978-2.08880.1381430.13081854518688100
2.0888-2.39110.16011430.13561862318766100
2.3911-3.01240.15751440.1483186511879599
3.0124-45.67910.14931470.1468189741912197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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