PDB-4x7y: MycF mycinamicin III 3'-O-methyltransferase (E35Q, M56A, E139A va...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4x7y

タイトル

MycF mycinamicin III 3'-O-methyltransferase (E35Q, M56A, E139A variant) in complex with Mg and SAH

要素

Mycinamicin III 3''-O-methyltransferase

キーワード

Transferase/Antibiotic / macrolide / methyltransferase / antibiotic / natural product / Transferase-Antibiotic complex

機能・相同性

機能・相同性情報

mycinamicin III 3''-O-methyltransferase / O-methyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process / small molecule binding / methylation / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Micromonospora griseorubida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Bernard, S.M. / Smith, J.L.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis of Substrate Specificity and Regiochemistry in the MycF/TylF Family of Sugar O-Methyltransferases.
著者: Bernard, S.M. / Akey, D.L. / Tripathi, A. / Park, S.R. / Konwerski, J.R. / Anzai, Y. / Li, S. / Kato, F. / Sherman, D.H. / Smith, J.L.

履歴

登録	2014年12月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月27日	Group: Database references
改定 1.2	2016年7月20日	Group: Data collection
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4x7y.cif.gz	218.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4x7y.ent.gz	174.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4x7y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4x7y_validation.pdf.gz	908 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4x7y_full_validation.pdf.gz	908.2 KB	表示
XML形式データ	4x7y_validation.xml.gz	24.7 KB	表示
CIF形式データ	4x7y_validation.cif.gz	36.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/4x7y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/4x7y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4x7uC 4x7vC 4x7wC 4x7xC 4x7zC 4x81C 4xvyC 4xvzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xvy-d 3oqh-d 4isq-2 4isr-2 4x7u-d 3b26-d 4x7w-d 3b24-d 6b9a-d 5k3a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Mycinamicin III 3''-O-methyltransferase

A: Mycinamicin III 3''-O-methyltransferase

ヘテロ分子

62.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.386, 89.926, 128.669
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Mycinamicin III 3''-O-methyltransferase / Mycinamicin biosynthesis protein F 分子量: 30697.424 Da / 分子数: 2 / 変異: E35Q, M56A, E139A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Micromonospora griseorubida (バクテリア) 遺伝子: mycF / プラスミド: pET28b-mycF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q49492, mycinamicin III 3''-O-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.19 %
結晶化	温度: 293.1 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20-30% PEG 5000 MME, 100 mM ammonium acetate, 100 mM BisTrisPropane pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月16日
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 99384 / % possible obs: 85.5 % / 冗長度: 6.5 % / Net I/σ(I): 12.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.4→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 2.263 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1814	4926	5 %	RANDOM
R_work	0.1623	-	-	-
obs	0.16325	94452	85.48 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.271 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.99 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.65 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.4→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3958	0	54	496	4508

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	4149
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3795
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.24	1.956	5651
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.794	3	8700
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.754	5	508
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.767	23.048	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.549	15	641
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.347	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	611
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4772
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1008
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.631	1.334	2029
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.631	1.334	2028
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.051	1.998	2538
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.051	1.998	2539
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.073	1.475	2120
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.073	1.475	2120
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.705	2.167	3114
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.827	12.407	5199
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.54	11.555	4952
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.434 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.359	153	-
R_work	0.342	2874	-
obs	-	-	35.68 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0881	0.2931	0.0476	2.4403	-0.7852	0.6632	-0.0033	-0.0468	0.0218	0.1355	0.0078	0.0952	-0.0596	-0.119	-0.0046	0.0833	0.0056	-0.0053	0.0761	-0.0046	0.0068	22.8109	-4.4055	127.1502
2	0.2342	0.3629	0.3059	1.3762	0.2678	0.515	-0.0264	-0.0347	0.0355	-0.0011	0.0065	0.0889	0.0152	-0.0555	0.0199	0.061	0.0005	-0.0172	0.0656	-0.0094	0.012	24.0761	-3.0993	133.3634
3	0.3089	-0.2211	0.2246	0.4632	0.0255	0.3474	-0.0577	0.0253	0.0337	-0.0433	0.011	0.0085	-0.0477	0.0735	0.0467	0.0751	-0.0078	-0.0119	0.0598	0.0034	0.0076	36.7534	6.1479	131.4114
4	0.4316	-0.1355	0.3943	0.5804	-0.4524	3.3852	0.0625	-0.0123	-0.0217	-0.0283	0.0362	-0.0025	0.0943	-0.007	-0.0987	0.0615	0.0094	-0.007	0.0173	-0.0008	0.0135	38.4685	-16.4263	144.4591
5	0.3801	-0.1945	0.3965	0.4667	0.2238	0.9272	0.0127	0.0787	0.0211	-0.0425	0.0069	-0.0458	-0.0044	0.1522	-0.0195	0.0452	-0.0071	0.0052	0.0864	-0.0029	0.0046	43.8738	-0.7595	131.2824
6	0.3864	0.1588	0.1503	0.5664	-0.3499	0.4044	-0.0217	-0.0677	0.0255	-0.003	-0.0002	-0.0103	-0.0181	-0.0285	0.0219	0.0501	0.0069	-0.0068	0.0701	-0.0225	0.0086	36.4908	1.4816	145.8096
7	1.2263	0.3922	0.3383	0.1595	0.0267	1.0496	-0.0305	-0.1495	0.055	-0.0144	-0.0029	-0.0009	-0.0307	-0.0991	0.0334	0.0314	0.0169	-0.0088	0.0935	-0.0403	0.0177	30.3707	3.5829	150.9319
8	0.1935	-0.2648	0.0738	2.1227	0.833	0.5426	-0.046	0.0541	0.0202	-0.0506	0.0731	-0.1127	-0.0623	0.0845	-0.027	0.0715	-0.0097	0.0006	0.066	-0.0094	0.0144	28.348	-5.1416	112.2633
9	0.3657	-0.3764	0.1447	1.0023	-0.3177	0.3952	-0.0104	0.0112	0.0502	0.0006	-0.0153	-0.0766	0.0188	0.0319	0.0257	0.0518	0.0035	-0.0053	0.0608	0.0056	0.0086	26.841	-4.5441	105.902
10	0.2454	-0.0116	0.2053	0.5264	-0.0508	0.3306	-0.0562	-0.0326	0.0204	0.0605	0.037	-0.039	-0.0482	-0.0922	0.0192	0.0632	0.0169	-0.0003	0.0576	0.001	0.0082	14.2115	4.95	107.2885
11	0.2268	-0.0446	0.8802	1.1427	-0.0844	3.8361	0.0429	-0.0281	-0.0198	-0.1221	-0.0108	0.0889	0.1874	0.0088	-0.032	0.0695	-0.0089	-0.013	0.042	0.0128	0.0154	11.9071	-18.7246	96.5772
12	0.5821	0.0485	0.2343	0.4219	-0.1628	0.7602	0.0063	-0.0521	-0.0064	0.0843	0.0266	0.0554	-0.017	-0.1579	-0.0329	0.0307	0.0098	0.0114	0.0814	0.0072	0.0077	7.0634	-1.9115	108.3159
13	0.401	-0.1201	0.0569	0.3093	0.2105	0.3933	0.0466	0.0439	0.0169	-0.0176	-0.0302	-0.0149	0.0034	-0.0258	-0.0165	0.051	0.0088	0.0028	0.0699	0.0169	0.0046	13.927	-1.1504	93.3695
14	1.0744	-0.2446	0.3567	0.103	-0.0606	0.9846	0.0303	0.1103	0.028	-0.0019	-0.021	-0.0227	-0.0057	0.0297	-0.0093	0.0346	0.0038	0.0043	0.0729	0.0243	0.0157	19.8677	0.5115	87.9115

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 36
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	37 - 72
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	73 - 115
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	116 - 145
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	146 - 182
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	183 - 223
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	224 - 253
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	4 - 36
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	37 - 72
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	73 - 115
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	116 - 145
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	146 - 182
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	183 - 223
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	224 - 253

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)