+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4x7p | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of apo S. aureus TarM | |||||||||
要素 | TarM | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / Glycosyltransferase GT-B Retaining Wall teichoic acid | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 poly(ribitol-phosphate) alpha-N-acetylglucosaminyltransferase / poly(ribitol-phosphate) N-acetylglucosaminyltransferase activity / teichoic acid biosynthetic process / cell wall organization / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus subsp. aureus 21178 (黄色ブドウ球菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Worrall, L.J. / Sobhanifar, S. / Gruninger, R.J. / Strynadka, N.C. | |||||||||
資金援助 | カナダ, 米国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015 タイトル: Structure and mechanism of Staphylococcus aureus TarM, the wall teichoic acid alpha-glycosyltransferase. 著者: Sobhanifar, S. / Worrall, L.J. / Gruninger, R.J. / Wasney, G.A. / Blaukopf, M. / Baumann, L. / Lameignere, E. / Solomonson, M. / Brown, E.D. / Withers, S.G. / Strynadka, N.C. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4x7p.cif.gz | 408.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4x7p.ent.gz | 341.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4x7p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4x7p_validation.pdf.gz | 453.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 4x7p_full_validation.pdf.gz | 471.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4x7p_validation.xml.gz | 34.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4x7p_validation.cif.gz | 46.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/4x7p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/4x7p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57363.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus 21178 (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: SA21178_0837 / プラスミド: pET41b / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H0AM96, UniProt: A0A0H2WWV6*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.39 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 200 mM Na/K tartrate, 100 mM tri-sodium citrate pH 6.5 and 2.1 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.978 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月1日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.4→72.33 Å / Num. obs: 59887 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11 % / Net I/σ(I): 8.8 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
---|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.4→72.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9281 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9123 / SU R Cruickshank DPI: 0.567 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.504 / SU Rfree Blow DPI: 0.27 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.281
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 268.27 Å2 / Biso mean: 101.17 Å2 / Biso min: 20.24 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.4→72.33 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3.4→3.49 Å / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|