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- PDB-4x7k: Co-crystal Structure of PERK bound to 4-{2-amino-3-[5-fluoro-2-(m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x7k
タイトルCo-crystal Structure of PERK bound to 4-{2-amino-3-[5-fluoro-2-(methylamino)quinazolin-6-yl]-4-methylbenzoyl}-1-methyl-2,5-diphenyl-1,2-dihydro-3H-pyrazol-3-one inhibitor
要素Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 3,Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 3
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / CATALYTIC DOMAIN / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR / COMPLEX / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of endoplasmic reticulum stress-induced eIF2 alpha phosphorylation / negative regulation of translation in response to stress / regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of translational initiation by eIF2 alpha phosphorylation / eiF2alpha phosphorylation in response to endoplasmic reticulum stress / chondrocyte development / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / response to manganese-induced endoplasmic reticulum stress / negative regulation of translational initiation in response to stress / PERK-mediated unfolded protein response ...regulation of endoplasmic reticulum stress-induced eIF2 alpha phosphorylation / negative regulation of translation in response to stress / regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of translational initiation by eIF2 alpha phosphorylation / eiF2alpha phosphorylation in response to endoplasmic reticulum stress / chondrocyte development / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / response to manganese-induced endoplasmic reticulum stress / negative regulation of translational initiation in response to stress / PERK-mediated unfolded protein response / PERK regulates gene expression / negative regulation of myelination / endocrine pancreas development / ALK mutants bind TKIs / endoplasmic reticulum organization / cellular response to cold / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / ER overload response / bone mineralization / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / cellular response to glucose starvation / endoplasmic reticulum unfolded protein response / negative regulation of translational initiation / cellular response to amino acid starvation / response to endoplasmic reticulum stress / ossification / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / skeletal system development / calcium-mediated signaling / Hsp90 protein binding / positive regulation of protein localization to nucleus / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / KEAP1-NFE2L2 pathway / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / peptidyl-serine phosphorylation / protein phosphatase binding / angiogenesis / protein autophosphorylation / negative regulation of translation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / endoplasmic reticulum / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3Z3 / L(+)-TARTARIC ACID / Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Shaffer, P.L. / Long, A.M. / Chen, H.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Discovery of 1H-Pyrazol-3(2H)-ones as Potent and Selective Inhibitors of Protein Kinase R-like Endoplasmic Reticulum Kinase (PERK).
著者: Smith, A.L. / Andrews, K.L. / Beckmann, H. / Bellon, S.F. / Beltran, P.J. / Booker, S. / Chen, H. / Chung, Y.A. / D'Angelo, N.D. / Dao, J. / Dellamaggiore, K.R. / Jaeckel, P. / Kendall, R. / ...著者: Smith, A.L. / Andrews, K.L. / Beckmann, H. / Bellon, S.F. / Beltran, P.J. / Booker, S. / Chen, H. / Chung, Y.A. / D'Angelo, N.D. / Dao, J. / Dellamaggiore, K.R. / Jaeckel, P. / Kendall, R. / Labitzke, K. / Long, A.M. / Materna-Reichelt, S. / Mitchell, P. / Norman, M.H. / Powers, D. / Rose, M. / Shaffer, P.L. / Wu, M.M. / Lipford, J.R.
履歴
登録2014年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 3,Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6174
ポリマ－36,8161
非ポリマー8013
水4,720262
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area510 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area13900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.757, 81.757, 128.621
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1231-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 3,Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 3 / PRKR-like endoplasmic reticulum kinase / Pancreatic eIF2-alpha kinase / HsPEK


分子量: 36816.363 Da / 分子数: 1 / 変異: D937N, Deletion of 670-874 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2AK3, PEK, PERK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NZJ5, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-3Z3 / 4-{2-amino-3-[5-fluoro-2-(methylamino)quinazolin-6-yl]-4-methylbenzoyl}-1-methyl-2,5-diphenyl-1,2-dihydro-3H-pyrazol-3-one


分子量: 558.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H27FN6O2
#3: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.86 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.18M Na/K Tartrate, 5% PEG-3350, 0.1M HEPES pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 41166 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 1.112 / Net I/av σ(I): 26.78 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 426553
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _ / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2
1.8-1.8610.50.95440530.727
1.86-1.9410.50.68240230.783
1.94-2.0310.50.43940510.841
2.03-2.1310.50.29240490.932
2.13-2.2710.50.20940821.08
2.27-2.4410.50.15440501.113
2.44-2.6910.40.11841161.073
2.69-3.0810.40.09941221.209
3.08-3.8810.20.10141971.84
3.88-509.70.0644231.515

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4X7J

4x7j


解像度: 1.8→40.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 3.976 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1957 2082 5.1 %RANDOM
Rwork0.1762 38762 --
obs0.1771 41048 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 68.41 Å2 / Biso mean: 30.17 Å2 / Biso min: 9.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å20 Å20 Å2
2--0.37 Å20 Å2
3----0.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→40.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2121 0 58 262 2441
Biso mean--24.84 29.64 -
残基数----260
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222261
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0571.9993065
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7185267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.81623.551107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.4215398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5991517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211728
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8221.51315
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.49122140
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3623946
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6934.5920
LS精密化 シェル解像度: 1.801→1.848 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 161 -
Rwork0.286 2757 -
all-2918 -
obs--98.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9176-0.22990.16251.5715-0.8943.73210.1019-0.0472-0.2639-0.10810.00530.07060.3878-0.1153-0.10720.0457-0.0185-0.02740.02570.01930.053419.66956.69313.3167
22.2566-0.2415-0.55531.2428-0.04443.69140.0339-0.17290.01560.0445-0.037-0.17390.01010.29270.00310.0108-0.0113-0.01020.04170.01240.033245.076715.4096.6765
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A585 - 889
2X-RAY DIFFRACTION2A890 - 1085

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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