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- PDB-4x7g: CobK precorrin-6A reductase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x7g
タイトルCobK precorrin-6A reductase
要素Precorrin-6A reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADP binding
機能・相同性precorrin-6A reductase / precorrin-6A reductase activity / Precorrin-6x reductase / Precorrin-6x reductase CbiJ/CobK / Precorrin-6x reductase domain profile. / cobalamin biosynthetic process / Chem-3Y8 / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Precorrin-6A reductase
機能・相同性情報
生物種Rhodobacter capsulatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.22 Å
データ登録者Gu, S. / Deery, E. / Warren, M.J. / Pickersgill, R.W.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/I013334/1 英国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of CobK reveals strand-swapping between Rossmann-fold domains and molecular basis of the reduced precorrin product trap.
著者: Gu, S. / Sushko, O. / Deery, E. / Warren, M.J. / Pickersgill, R.W.
履歴
登録2014年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Precorrin-6A reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8743
ポリマ－26,2181
非ポリマー1,6562
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area10990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.090, 60.280, 76.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Precorrin-6A reductase / Precorrin-6X reductase


分子量: 26217.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter capsulatus (strain ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003) (バクテリア)
遺伝子: cobK, RCAP_rcc02043
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: O68098, precorrin-6A reductase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-3Y8 / 3-[(1R,2S,3S,7S,11S,16S,17R,18R,19R)-2,7,12,18-tetrakis(2-hydroxy-2-oxoethyl)-3,13-bis(3-hydroxy-3-oxopropyl)-1,2,5,7,11,17-hexamethyl-17-(3-oxidanyl-3-oxidanylidene-prop-1-enyl)-3,6,8,10,15,16,18,19,21,24-decahydrocorrin-8-yl]propanoic acid


分子量: 912.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H60N4O16
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 18% w/v PEG 3350, 0.2 M NH4 Cl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.22→47.3 Å / Num. obs: 73880 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.09 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 16.254
反射 シェル解像度: 1→1.22 Å / Rmerge(I) obs: 0.596 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
Aimlessデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.22→47.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 0.719 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.043 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19702 3676 5 %RANDOM
Rwork0.1771 ---
obs0.17809 69845 98.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 16.163 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å2-0 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.22→47.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1836 0 113 186 2135
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0192043
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.021948
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.8312.0252826
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4513.014467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6155262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.05222.26775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.98215268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5411518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3110.2323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.0212311
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02452
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4871.4171018
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4421.4161017
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0612.1321275
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0612.1331276
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.191.6571025
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1921.6571023
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9552.3991546
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.53212.8142416
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.53112.8152417
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.215→1.247 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 269 -
Rwork0.289 5115 -
obs--99.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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