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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4x7g | ||||||
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タイトル | CobK precorrin-6A reductase | ||||||
![]() | Precorrin-6A reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / NADP binding | ||||||
機能・相同性 | precorrin-6A reductase / precorrin-6A reductase activity / Precorrin-6x reductase / Precorrin-6x reductase CbiJ/CobK / Precorrin-6x reductase domain profile. / cobalamin biosynthetic process / Chem-3Y8 / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Precorrin-6A reductase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gu, S. / Deery, E. / Warren, M.J. / Pickersgill, R.W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of CobK reveals strand-swapping between Rossmann-fold domains and molecular basis of the reduced precorrin product trap. 著者: Gu, S. / Sushko, O. / Deery, E. / Warren, M.J. / Pickersgill, R.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 64.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26217.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: cobK, RCAP_rcc02043 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O68098, precorrin-6A reductase |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#3: 化合物 | ChemComp-3Y8 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.16 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 18% w/v PEG 3350, 0.2 M NH4 Cl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.22→47.3 Å / Num. obs: 73880 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.09 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 16.254 |
反射 シェル | 解像度: 1→1.22 Å / Rmerge(I) obs: 0.596 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / % possible all: 99.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.163 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.22→47.29 Å
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拘束条件 |
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