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- PDB-4x6l: Crystal structure of S. aureus TarM in complex with UDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x6l
タイトルCrystal structure of S. aureus TarM in complex with UDP
要素TarM
キーワードTRANSFERASE / Glycosyltransferase GT-B Retaining Wall teichoic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


poly(ribitol-phosphate) alpha-N-acetylglucosaminyltransferase / poly(ribitol-phosphate) N-acetylglucosaminyltransferase activity / teichoic acid biosynthetic process / cell wall organization / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Poly(ribitol-phosphate) alpha-N-acetylglucosaminyltransferase / :
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus 21178 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Worrall, L.J. / Sobhanifar, S. / Gruninger, R.J. / Strynadka, N.C.
資金援助 カナダ, 米国, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structure and mechanism of Staphylococcus aureus TarM, the wall teichoic acid alpha-glycosyltransferase.
著者: Sobhanifar, S. / Worrall, L.J. / Gruninger, R.J. / Wasney, G.A. / Blaukopf, M. / Baumann, L. / Lameignere, E. / Solomonson, M. / Brown, E.D. / Withers, S.G. / Strynadka, N.C.
履歴
登録2014年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TarM
B: TarM
C: TarM
D: TarM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,6677
ポリマ－229,4554
非ポリマー1,2123
水00
1
A: TarM
ヘテロ分子

A: TarM
ヘテロ分子

A: TarM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,3046
ポリマ－172,0913
非ポリマー1,2123
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area6890 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area62660 Å2
手法PISA
2
B: TarM
ヘテロ分子

B: TarM
ヘテロ分子

B: TarM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,3046
ポリマ－172,0913
非ポリマー1,2123
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area6790 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area62850 Å2
手法PISA
3
C: TarM
ヘテロ分子

C: TarM
ヘテロ分子

C: TarM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,3046
ポリマ－172,0913
非ポリマー1,2123
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area6830 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area62910 Å2
手法PISA
4
D: TarM

D: TarM

D: TarM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,0913
ポリマ－172,0913
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area4500 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area63830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.289, 162.289, 228.024
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C3 (3回回転対称))
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質
TarM


分子量: 57363.695 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus 21178 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: SA21178_0837 / プラスミド: pET41b / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H0AM96, UniProt: A0A0H2WWV6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 8-10% w/v PEG 3350, 200 mM NaCl, 200 mM sodium acetate (pH 8.0), 100 mM HEPES (pH 7.0) and 20 % ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月1日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.19→66.11 Å / Num. obs: 55989 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 6.7 % / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 3.19→3.26 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.271 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
BUSTER-TNT精密化
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.19→66.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9514 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9399 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.31
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1907 2869 5.08 %RANDOM
Rwork0.1653 ---
obs0.1666 55989 99.98 %-
原子変位パラメータBiso max: 281.7 Å2 / Biso mean: 120.78 Å2 / Biso min: 49.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.3538 Å20 Å20 Å2
2---6.3538 Å20 Å2
3---12.7076 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.698 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.19→66.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16132 0 75 0 16207
Biso mean--123.1 --
残基数----1972
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6093SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes484HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2327HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it16518HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2156SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact18471SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d16518HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg22184HARMONIC21.19
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.51
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.39
LS精密化 シェル解像度: 3.19→3.27 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2642 214 5.14 %
Rwork0.2365 3946 -
all0.2379 4160 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5432-0.327-0.64881.25590.25070.9950.1186-0.40420.11320.15360.0878-0.5015-0.00220.4849-0.2064-0.1766-0.0461-0.23640.0709-0.0565-0.175535.744290.927-41.7045
20.84410.4679-0.70971.3824-0.67242.0673-0.0002-0.0430.19620.20.1005-0.0888-0.49150.1291-0.1003-0.0348-0.0973-0.1178-0.1508-0.0758-0.130715.184732.3585-4.3393
31.36220.0373-0.95350.4854-0.16871.98730.15270.00720.29070.0570.0178-0.0907-0.45630.4424-0.1704-0.1401-0.1672-0.0631-0.0636-0.0248-0.050829.672120.27-61.328
43.60290.1622-0.69481.83120.06391.7956-0.09610.5059-1.1397-0.34050.001-0.75980.50770.39740.095-0.25660.16760.0743-0.2625-0.15780.019329.603271.9231-97.4041
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 493
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 493
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C1 - 493
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1 - 493

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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