[日本語] English
- PDB-4x6k: Crystal structure of the intramolecular trans-sialidase from Rumi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x6k
タイトルCrystal structure of the intramolecular trans-sialidase from Ruminococcus gnavus in complex with Siastatin B
要素Anhydrosialidase
キーワードHYDROLASE / intramolecular / trans-sialidase / sialidase / neuraminidase / Siastatin B / inhibitor / complex / Anhydrosialidase
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Intramolecular trans-sialidase; domain 3 / Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 / Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Trans-sialidase, domain 3 / Sialidase, N-terminal domain / BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily ...Intramolecular trans-sialidase; domain 3 / Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 / Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Trans-sialidase, domain 3 / Sialidase, N-terminal domain / BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3XR / ACETYL GROUP / Anhydrosialidase
類似検索 - 構成要素
生物種Ruminococcus gnavus CC55_001C (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Owen, C.D. / Tailford, L.E. / Taylor, G.L. / Juge, N.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J004529/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L008602/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2015
タイトル: Discovery of intramolecular trans-sialidases in human gut microbiota suggests novel mechanisms of mucosal adaptation.
著者: Tailford, L.E. / Owen, C.D. / Walshaw, J. / Crost, E.H. / Hardy-Goddard, J. / Le Gall, G. / de Vos, W.M. / Taylor, G.L. / Juge, N.
履歴
登録2014年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年8月30日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_distant_solvent_atoms / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Anhydrosialidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9973
ポリマ-53,7331
非ポリマー2632
8,377465
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area18100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.109, 99.109, 131.708
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

#1: タンパク質 Anhydrosialidase


分子量: 53733.281 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 243-723 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruminococcus gnavus CC55_001C (バクテリア)
遺伝子: HMPREF1201_01421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V8BWT1
#2: 化合物 ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド


分子量: 44.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C2H4O
#3: 化合物 ChemComp-3XR / (2S,3R,4S,5S)-2-(acetylamino)-5-carboxy-3,4-dihydroxypiperidinium


分子量: 219.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C8H15N2O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: microseeding into 1.2 M NaH2PO4, 0.8 M K2HPO4, 0.1 M CAPS pH 10.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.1 % / : 108083 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 2.13 / D res high: 1.94 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 34757 / % possible obs: 98.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.265010.0322.1273.3
4.185.2610.031.9453
3.654.1810.0342.1133
3.323.6510.042.2713.2
3.083.3210.0472.1093.2
2.93.0810.0642.1863.2
2.752.910.0872.2523.1
2.632.7510.1112.1963
2.532.6310.1272.1553
2.442.5310.1492.2333
2.372.4410.1722.2073
2.32.3710.1852.1423
2.242.310.1832.0273.2
2.182.2410.1862.1173.2
2.142.1810.2232.0553.2
2.092.1410.2222.1273.2
2.052.0910.2392.0953.2
2.012.0510.2672.0523.2
1.972.0110.3342.0623.1
1.941.9710.4582.1293
反射解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 34757 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 2.13 / Net I/av σ(I): 25.298 / Net I/σ(I): 14.5 / Num. measured all: 108083
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.94-1.9730.45816782.12997.7
1.97-2.013.10.33417532.06297.9
2.01-2.053.20.26717212.05298.2
2.05-2.093.20.23917152.09598.2
2.09-2.143.20.22217592.12798.8
2.14-2.183.20.22317602.05598.3
2.18-2.243.20.18617412.11799
2.24-2.33.20.18317382.02798.5
2.3-2.3730.18517202.14298.5
2.37-2.4430.17217452.20797.6
2.44-2.5330.14917502.23398.1
2.53-2.6330.12717292.15597.7
2.63-2.7530.11117642.19699
2.75-2.93.10.08717492.25298.9
2.9-3.083.20.06417502.18699.7
3.08-3.323.20.04717422.10999.9
3.32-3.653.20.0417912.27199.4
3.65-4.1830.03417202.11397.4
4.18-5.2630.0317371.94598
5.26-503.30.03216952.12795.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.87 Å16.9 Å
Translation5.87 Å16.9 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2sli
解像度: 1.94→71.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 4.097 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 1586 4.6 %RANDOM
Rwork0.177 32952 --
obs0.1793 -97.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 81.27 Å2 / Biso mean: 27.04 Å2 / Biso min: 13.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.54 Å20.27 Å20 Å2
2--0.54 Å20 Å2
3----1.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.94→71.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3778 0 18 465 4261
Biso mean--20.7 35.35 -
残基数----485
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.023900
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023647
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8981.9545293
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.873.0038291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4915487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.06825.333180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.52415636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5471511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214491
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02878
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2342.511949
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2342.5111950
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8793.7462435
LS精密化 シェル解像度: 1.945→1.995 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 92 -
Rwork0.218 2358 -
all-2450 -
obs--94.41 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る