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- PDB-4x6b: BK6 TCR apo structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x6b
タイトルBK6 TCR apo structure
要素
  • TCR alpha
  • TCR beta
キーワードIMMUNE SYSTEM / T cell receptor / CD1a / Autoimmunity / lipid antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / response to bacterium / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway ...alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / response to bacterium / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / immune response / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...: / T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / : / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor alpha chain constant / T cell receptor beta constant 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Birkinshaw, R.W. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2015
タイトル: alpha beta T cell antigen receptor recognition of CD1a presenting self lipid ligands.
著者: Birkinshaw, R.W. / Pellicci, D.G. / Cheng, T.Y. / Keller, A.N. / Sandoval-Romero, M. / Gras, S. / de Jong, A. / Uldrich, A.P. / Moody, D.B. / Godfrey, D.I. / Rossjohn, J.
履歴
登録2014年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月18日Group: Database references
改定 1.22015年2月25日Group: Database references
改定 1.32015年3月4日Group: Structure summary
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
Remark 0 : statistics at the very beginning when nothing is done yet

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TCR alpha
B: TCR beta
C: TCR alpha
D: TCR beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,1934
ポリマ－101,1934
非ポリマー00
水12,755708
1
A: TCR alpha
B: TCR beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5962
ポリマ－50,5962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20530 Å2
手法PISA
2
C: TCR alpha
D: TCR beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5962
ポリマ－50,5962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area20040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.320, 78.998, 89.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 TCR alpha


分子量: 22998.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01848*PLUS
#2: タンパク質 TCR beta


分子量: 27597.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01850*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 708 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M bicine, 20% PEG 6000 / PH範囲: 9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.9 Å / Num. obs: 58406 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 35.63 Å2 / Net I/σ(I): 8.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4PJ5

4pj5


解像度: 2.1→48.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9443 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9232 / SU R Cruickshank DPI: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.21 / SU Rfree Blow DPI: 0.174 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.171
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2292 2947 5.05 %RANDOM
Rwork0.1875 ---
obs0.1897 58326 99.89 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9421 Å20 Å21.3021 Å2
2---4.2072 Å20 Å2
3---5.1493 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.289 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→48.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6705 0 0 708 7413
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016887HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.089382HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2243SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes170HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1005HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6887HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.52
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.36
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion891SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7521SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 196 4.56 %
Rwork0.219 4100 -
all0.2213 4296 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6921-0.3174-0.41941.10630.27893.7850.17590.2623-0.0297-0.1587-0.04980.0016-0.3306-0.0463-0.1261-0.0154-0.00820.0089-0.00060.0117-0.1477-18.830315.790412.5557
23.9925-0.0110.38980.787-1.43291.77410.04710.6885-0.0478-0.0693-0.10630.1291-0.06260.4510.0592-0.0569-0.19420.0510.1957-0.1471-0.290710.48429.442816.437
31.75190.41350.53352.4358-0.04587.0735-0.11890.52970.0743-0.17680.0072-0.0277-0.10280.4950.1117-0.0318-0.16880.03320.2497-0.0768-0.122613.8827.576417.2063
41.8997-0.15680.29952.8548-0.24371.58280.04350.04440.02490.0074-0.08230.0371-0.1277-0.12920.0388-0.0524-0.01340.0072-0.0613-0.0099-0.0778-24.53418.047433.052
51.8785-0.71552.29530-1.63532.0680.05780.0115-0.20790.07410.07980.04120.2247-0.0504-0.1377-0.0679-0.01970.0165-0.13890.02860.0108-6.9704-4.931737.7617
60.5611-0.32450.38491.71330.46082.2947-0.26710.37060.0271-0.49780.29830.0701-0.34630.503-0.03110.0025-0.1295-0.0156-0.00320.0046-0.07568.54739.810930.3302
73.08962.3886-0.02033.46460.0012.3166-0.0234-0.1954-0.17140.0889-0.0209-0.0555-0.1060.37350.0443-0.0802-0.0141-0.0088-0.0640.0012-0.05845.26625.620343.1162
82.35110.1619-1.23751.070.03643.44470.22330.1311-0.073-0.0163-0.040.0563-0.3256-0.32-0.1833-0.0167-0.01750.05020.052-0.0105-0.18815.8769-24.06638.9477
94.367-0.7380.95530.0003-0.12452.1476-0.09460.5341-0.2657-0.01210.1217-0.16340.28310.212-0.0271-0.02-0.0467-0.0159-0.0428-0.1066-0.130936.5868-25.614112.4847
103.70630.5459-0.55422.89370.19865.1755-0.15230.3155-0.174-0.16440.0013-0.10630.37070.22520.151-0.0217-0.034-0.02660.0063-0.067-0.070939.9233-27.049914.3004
112.0607-0.36820.24452.8909-0.7781.6334-0.08740.1737-0.16540.0579-0.00290.0548-0.0564-0.2840.0903-0.0254-0.02010.0491-0.0092-0.0253-0.10361.6833-31.046629.6015
121.40210.81942.66810.0427-0.93171.3960.04030.0568-0.09430.12280.0765-0.1250.0946-0.048-0.1168-0.0236-0.05940.0711-0.1199-0.0046-0.00721.2262-42.061234.5111
131.55230.1417-0.81271.7833-0.37292.4516-0.18790.2063-0.1871-0.14420.12350.02590.1764-0.04220.0644-0.0629-0.0512-0.0149-0.1101-0.0351-0.088534.8384-25.847826.5155
142.63931.66570.07865.438-0.34262.43350.0377-0.1156-0.45010.38390.0099-0.12140.1704-0.1454-0.04760.0105-0.0171-0.0294-0.08450.0054-0.033732.4333-29.53139.4376
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|2 - 105}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|106 - 157}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|158 - 202}
4X-RAY DIFFRACTION4{B|3 - 109}
5X-RAY DIFFRACTION5{B|110 - 124}
6X-RAY DIFFRACTION6{B|125 - 203}
7X-RAY DIFFRACTION7{B|204 - 244}
8X-RAY DIFFRACTION8{C|2 - 105}
9X-RAY DIFFRACTION9{C|106 - 153}
10X-RAY DIFFRACTION10{C|154 - 202}
11X-RAY DIFFRACTION11{D|3 - 109}
12X-RAY DIFFRACTION12{D|110 - 124}
13X-RAY DIFFRACTION13{D|125 - 203}
14X-RAY DIFFRACTION14{D|204 - 244}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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