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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4x6b | ||||||
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Title | BK6 TCR apo structure | ||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / T cell receptor / CD1a / Autoimmunity / lipid antigen | ||||||
Function / homology | ![]() alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / response to bacterium / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway ...alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / response to bacterium / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / immune response / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Birkinshaw, R.W. / Rossjohn, J. | ||||||
![]() | ![]() Title: alpha beta T cell antigen receptor recognition of CD1a presenting self lipid ligands. Authors: Birkinshaw, R.W. / Pellicci, D.G. / Cheng, T.Y. / Keller, A.N. / Sandoval-Romero, M. / Gras, S. / de Jong, A. / Uldrich, A.P. / Moody, D.B. / Godfrey, D.I. / Rossjohn, J. | ||||||
History |
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Remark 0 | : statistics at the very beginning when nothing is done yet |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 363.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 295.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4x6cC ![]() 4x6dC ![]() 4x6eC ![]() 4x6fC ![]() 4pj5S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 22998.301 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 27597.977 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.82 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / Details: 0.1 M bicine, 20% PEG 6000 / PH range: 9 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Dec 12, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→48.9 Å / Num. obs: 58406 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 35.63 Å2 / Net I/σ(I): 8.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 4PJ5 Resolution: 2.1→48.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9443 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9232 / SU R Cruickshank DPI: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.21 / SU Rfree Blow DPI: 0.174 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.171
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Displacement parameters | Biso mean: 39.18 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.289 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.1→48.9 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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