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- PDB-4x68: Crystal Structure of OP0595 complexed with AmpC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x68
タイトルCrystal Structure of OP0595 complexed with AmpC
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Chem-OP0 / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Yamada, M. / Watanabe, T.
引用ジャーナル: J.Antimicrob.Chemother. / 年: 2015
タイトル: OP0595, a new diazabicyclooctane: mode of action as a serine beta-lactamase inhibitor, antibiotic and beta-lactam 'enhancer'
著者: Morinaka, A. / Tsutsumi, Y. / Yamada, M. / Suzuki, K. / Watanabe, T. / Abe, T. / Furuuchi, T. / Inamura, S. / Sakamaki, Y. / Mitsuhashi, N. / Ida, T. / Livermore, D.M.
履歴
登録2014年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2956
ポリマ－78,5252
非ポリマー7704
水4,360242
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2070 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area27100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.027, 54.781, 75.667
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.800, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase / Cephalosporinase


分子量: 39262.348 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 32-387 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: ampC, PA4110 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P24735, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-OP0 / (2S,5R)-N-(2-aminoethoxy)-1-formyl-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide


分子量: 326.327 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H18N4O7S
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 2000 monomethylether, NiCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月9日
放射モノクロメーター: Rotated-inclined double-crystal monochromator , Si (111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→50 Å / Num. obs: 67982 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 2.343 / Net I/av σ(I): 27.056 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 246153
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.68-1.7430.56463481.29292.5
1.74-1.813.40.44566421.34296.9
1.81-1.893.60.33567361.43797.6
1.89-1.993.60.22967571.52698.2
1.99-2.123.70.16268361.72999
2.12-2.283.70.12468441.99399.5
2.28-2.513.80.10468782.39599.7
2.51-2.873.80.09869363.65999.9
2.87-3.623.80.06969434.094100
3.62-503.70.0470623.20199.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACrefmac_5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WZX

2wzx


解像度: 1.68→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 2.801 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2478 3308 4.9 %RANDOM
Rwork0.2117 64640 --
obs0.2134 67948 98.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 77.31 Å2 / Biso mean: 22.89 Å2 / Biso min: 11.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.09 Å20 Å2-0.24 Å2
2---1.53 Å20 Å2
3---0.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.68→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5546 0 44 242 5832
Biso mean--34.19 26.94 -
残基数----714
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0225728
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1651.9827792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7725712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.70523.333264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.7615894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3681548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2832
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214480
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5451.53562
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.01325672
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.52532166
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5694.52120
LS精密化 シェル解像度: 1.68→1.724 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 211 -
Rwork0.319 4308 -
all-4519 -
obs--88.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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