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- PDB-4x5m: Crystal structure of SemiSWEET in the inward-open conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x5m
タイトルCrystal structure of SemiSWEET in the inward-open conformation
要素Uncharacterized protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SWEET / PQLC / membrane protein / sugar transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


sugar transmembrane transporter activity / carbohydrate transport / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Monooxygenase - #290 / : / PQ-loop repeat / PQ loop repeat / Monooxygenase / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
OLEIC ACID / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Sugar transporter SemiSWEET / Sugar transporter SemiSWEET
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli UMEA 3162-1 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lee, Y. / Nishizawa, T. / Yamashita, K. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structural basis for the facilitative diffusion mechanism by SemiSWEET transporter
著者: Lee, Y. / Nishizawa, T. / Yamashita, K. / Ishitani, R. / Nureki, O.
履歴
登録2014年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,42520
ポリマ－33,7003
非ポリマー4,72517
水1,18966
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,87410
ポリマ－22,4672
非ポリマー2,4088
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area11340 Å2
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,98815
ポリマ－22,4672
非ポリマー3,52113
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6770 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area11040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.680, 102.120, 58.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 11233.304 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli UMEA 3162-1 (大腸菌)
遺伝子: G925_04926 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: T8UDF6, UniProt: P0DMV3*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 83分子

#2: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID


分子量: 282.461 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#3: 化合物 ChemComp-OLB / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8
詳細: 28% PEG550MME, 100 mM Tris-HCl (pH 8.0), 350 mM MgSO4, 3% galactose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 22575 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.53 % / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 18.01 % / Rmerge(I) obs: 0.01809 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→47.515 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2238 2260 10.02 %
Rwork0.1965 --
obs0.1992 22564 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.515 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2077 0 259 66 2402
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022360
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6393133
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.314898
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.021381
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004360
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.04350.33861370.27391251X-RAY DIFFRACTION100
2.0435-2.09110.25841390.26031253X-RAY DIFFRACTION100
2.0911-2.14340.27081370.22221248X-RAY DIFFRACTION100
2.1434-2.20130.22611390.21011235X-RAY DIFFRACTION100
2.2013-2.26610.25771410.20721259X-RAY DIFFRACTION100
2.2661-2.33920.25871370.20761247X-RAY DIFFRACTION100
2.3392-2.42290.25061550.20631232X-RAY DIFFRACTION100
2.4229-2.51990.21211370.19141249X-RAY DIFFRACTION100
2.5199-2.63450.1991350.18821255X-RAY DIFFRACTION100
2.6345-2.77340.23421380.19451266X-RAY DIFFRACTION100
2.7734-2.94720.25511400.19921293X-RAY DIFFRACTION100
2.9472-3.17470.21951390.20691267X-RAY DIFFRACTION100
3.1747-3.4940.19891450.20011272X-RAY DIFFRACTION100
3.494-3.99940.1931420.18111288X-RAY DIFFRACTION100
3.9994-5.0380.19961490.16541303X-RAY DIFFRACTION100
5.038-47.52870.2471500.20711386X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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