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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4x5m | ||||||
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タイトル | Crystal structure of SemiSWEET in the inward-open conformation | ||||||
![]() | Uncharacterized protein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / SWEET / PQLC / membrane protein / sugar transporter | ||||||
機能・相同性 | ![]() sugar transmembrane transporter activity / carbohydrate transport / membrane => GO:0016020 / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lee, Y. / Nishizawa, T. / Yamashita, K. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the facilitative diffusion mechanism by SemiSWEET transporter 著者: Lee, Y. / Nishizawa, T. / Yamashita, K. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 73.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 11233.304 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: G925_04926 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 83分子 ![](data/chem/img/OLA.gif)
![](data/chem/img/OLB.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/OLC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/OLB.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/OLC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-OLA / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.69 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8 詳細: 28% PEG550MME, 100 mM Tris-HCl (pH 8.0), 350 mM MgSO4, 3% galactose |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 22575 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.53 % / Net I/σ(I): 17.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 18.01 % / Rmerge(I) obs: 0.01809 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→47.515 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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