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- PDB-4x57: Structure of an Arabidopsis E2 / Membrane-anchored Ubiquitin-fold... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x57
タイトルStructure of an Arabidopsis E2 / Membrane-anchored Ubiquitin-fold Protein Complex
要素
  • Membrane-anchored ubiquitin-fold protein 3
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 8
キーワードligase/protein binding / Ubiquitin / Ubconjugating (E2) enzymes / Membrane anchored / Ubiquitin-fold protein 3 / MUB3 / E1:E2 Complex / ligase-protein binding complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endosperm development / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Membrane-anchored ubiquitin-fold protein / UBL3-like, ubiquitin domain / UBL3-like / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme ...Membrane-anchored ubiquitin-fold protein / UBL3-like, ubiquitin domain / UBL3-like / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 8 / Membrane-anchored ubiquitin-fold protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Korolev, S. / Koroleva, O. / Lu, X. / Downes, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM096279 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of an Arabidopsis E2 / Membrane-anchored Ubiquitin-fold ProteinComplex
著者: Korolev, S. / Koroleva, O. / Lu, X. / Downes, B.
履歴
登録2014年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 8
B: Membrane-anchored ubiquitin-fold protein 3
C: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 8
D: Membrane-anchored ubiquitin-fold protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,26910
ポリマ－69,6924
非ポリマー5766
水00
1
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 8
B: Membrane-anchored ubiquitin-fold protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9423
ポリマ－34,8462
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area11700 Å2
手法PISA
2
C: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 8
D: Membrane-anchored ubiquitin-fold protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3267
ポリマ－34,8462
非ポリマー4805
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area11690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.716, 135.716, 202.134
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRMETMETAA0 - 14731 - 178
21THRTHRMETMETCC0 - 14731 - 178
12GLUGLUPROPROBB4 - 9324 - 113
22GLUGLUPROPRODD4 - 9324 - 113

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 8 / UBCAT4A / Ubiquitin carrier protein 8 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-17 kDa 8 / Ubiquitin-protein ligase 8


分子量: 19819.713 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: UBC8, UBC4A, At5g41700, MBK23.24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35131, ubiquitin-protein ligase
#2: タンパク質 Membrane-anchored ubiquitin-fold protein 3 / Membrane-anchored ub-fold protein 3 / ATGP4


分子量: 15026.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: MUB3, At4g24990, F13M23.130 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SW27
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.1 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 3.0 M (NH4)2SO4 / PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 27721 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 30
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY ID 3NOB, 1QCQ

3nob

1qcq


解像度: 2.8→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 13.175 / SU ML: 0.248 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.38 / ESU R Free: 0.283 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25682 1346 5 %RANDOM
Rwork0.22119 ---
obs0.22301 25543 96.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 75.553 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20.13 Å20 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3----0.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3720 0 30 0 3750
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193842
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023683
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5441.9745226
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81338544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9385478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.67724.406143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.19415639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5941514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2591
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214200
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02794
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.2287.1391924
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.2267.1361923
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.86710.6842398
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.86610.6882399
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.9567.8461916
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.7767.7881892
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other11.42311.3722792
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.73257.0374157
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.73257.0254155
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1441MEDIUM POSITIONAL0.040.5
1A866TIGHT THERMAL9.090.5
1A1441MEDIUM THERMAL102
2B809MEDIUM POSITIONAL0.040.5
2B502TIGHT THERMAL10.790.5
2B809MEDIUM THERMAL11.722
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.867 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 88 -
Rwork0.391 1736 -
obs--98.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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