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- PDB-4x56: Structure of the class D Beta-Lactamase OXA-160 V130D in Acyl-Enz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x56
タイトルStructure of the class D Beta-Lactamase OXA-160 V130D in Acyl-Enzyme Complex with Ceftazidime
要素Class D beta-lactamase OXA-160
キーワードHYDROLASE / Carbapenemase / Antibiotic
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / cell wall organization / beta-lactamase
類似検索 - 分子機能
: / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACYLATED CEFTAZIDIME / beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Clasman, J.R. / June, C.M. / Powers, R.A. / Leonard, D.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R15AI082416-02 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R15AI094489 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Structural Basis of Activity against Aztreonam and Extended Spectrum Cephalosporins for Two Carbapenem-Hydrolyzing Class D beta-Lactamases from Acinetobacter baumannii.
著者: Mitchell, J.M. / Clasman, J.R. / June, C.M. / Kaitany, K.C. / LaFleur, J.R. / Taracila, M.A. / Klinger, N.V. / Bonomo, R.A. / Wymore, T. / Szarecka, A. / Powers, R.A. / Leonard, D.A.
履歴
登録2014年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月25日Group: Database references
改定 1.22015年4月1日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Class D beta-lactamase OXA-160
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1502
ポリマ－27,6811
非ポリマー4691
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.307, 102.307, 87.151
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-418-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Class D beta-lactamase OXA-160


分子量: 27680.771 Da / 分子数: 1 / 変異: V130D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: blaOXA-160 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: D2XKK9
#2: 化合物 ChemComp-CAZ / ACYLATED CEFTAZIDIME


分子量: 469.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19N5O7S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES sodium, 2% v/v polyethylene glycol 400, 2.0 M ammonium sulfate, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0782 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0782 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.277→102.307 Å / Num. obs: 20839 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 2.277→2.285 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.627 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化開始モデル: PDB ENTRY 3PAE

3pae


解像度: 2.28→75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 4.569 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21295 1064 5.1 %RANDOM
Rwork0.18062 ---
obs0.1823 19748 95.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.845 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.45 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.45 Å2-0 Å2
3---2.9 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.28→75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1896 0 31 114 2041
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192000
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021893
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8471.9682712
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78334356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3655252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.73925.56888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.75115356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.375157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2295
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02451
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.277→2.336 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 71 -
Rwork0.243 1460 -
obs--97.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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