PDB-4x54: Crystal structure of an oxidoreductase (short chain dehydrogenase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4x54

タイトル

Crystal structure of an oxidoreductase (short chain dehydrogenase/reductase) from Brucella ovis

要素

Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella ovis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of an oxidoreductase/ short chain dehydrogenase from Brucella ovis
著者: Lukacs, C.M. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.D.

履歴

登録	2014年12月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.pdbx_keywords

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4x54.cif.gz	100.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4x54.ent.gz	75.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4x54.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4x54_validation.pdf.gz	432 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4x54_full_validation.pdf.gz	433.1 KB	表示
XML形式データ	4x54_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	4x54_validation.cif.gz	16.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/4x54 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/4x54	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3lo7-1 5v00-d 5z9o-2 5c1s-2 6ys9-3 2d43-d 1s8e-2 4dyv-2 4x0e-d 5z9o-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BrovA.01365.b

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

ヘテロ分子

30.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

ヘテロ分子

A: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.190, 100.880, 101.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family 分子量: 29888.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella ovis (バクテリア) / 株: ATCC 25840 / 63/290 / NCTC 10512 / 遺伝子: BOV_0113 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5VN57, UniProt: A0A0H3AQ75*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: JSCG+h5 45% MPD, 0.2M Ammonium Acetate, 0.1M Bis-Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→35.76 Å / Num. obs: 48379 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 1.45→1.49 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.575 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: dev_1839)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.45→35.76 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.173	1997	4.13 %
R_work	0.1551	-	-
obs	0.1558	48378	99.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→35.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1559	0	16	180	1755

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	1682
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.629	2298
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.715	595
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.091	270
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	298

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.4863	0.3156	147	0.2443	3289	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4863-1.5265	0.2256	138	0.2081	3291	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5265-1.5714	0.1962	141	0.1896	3259	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5714-1.6221	0.1824	144	0.1775	3306	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6221-1.6801	0.1785	135	0.1692	3274	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6801-1.7474	0.1806	142	0.1636	3304	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7474-1.8269	0.1721	140	0.1567	3302	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8269-1.9232	0.1854	141	0.1515	3302	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9232-2.0437	0.1579	144	0.1484	3322	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0437-2.2015	0.1868	142	0.1436	3322	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2015-2.423	0.1736	143	0.1409	3333	X-RAY DIFFRACTION	100
2.423-2.7734	0.1837	146	0.1466	3329	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7734-3.4938	0.1512	143	0.1477	3353	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4938-35.7707	0.1584	151	0.1533	3395	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0656	1.6986	1.0168	3.8448	1.9379	2.6348	-0.0058	-0.1309	-0.1165	0.3475	0.0881	-0.1902	0.2137	0.2869	-0.0788	0.1456	0.0295	-0.0163	0.145	-0.0033	0.1237	10.8677	111.9392	123.5679
2	0.6957	-0.1996	-0.1916	1.0465	0.4313	2.9054	-0.0188	-0.0327	0.1181	0.004	-0.0081	-0.0573	-0.1385	0.1636	0.025	0.0777	-0.0135	-0.0142	0.0935	-0.0098	0.1235	5.2514	117.9297	109.4218
3	3.6509	-1.079	1.4972	2.4215	-0.0178	3.475	-0.0449	-0.1028	0.45	0.0258	-0.0339	-0.1307	-0.4747	0.2683	0.0667	0.234	-0.0484	-0.0271	0.1378	-0.0401	0.2319	7.034	130.0258	119.1243

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 26:99 )	A	26 - 99
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 100:235 )	A	100 - 235
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 236:263 )	A	236 - 263

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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