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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4x4f | ||||||
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タイトル | RADIATION DAMAGE TO THE NUCLEOPROTEIN COMPLEX C.Esp1396I: DOSE (DWD) 20.6 MGy | ||||||
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![]() | GENE REGULATION / protein-DNA complex / radiation damage | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bury, C.S. / McGeehan, J.E. / Garman, E.F. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Radiation damage to nucleoprotein complexes in macromolecular crystallography. 著者: Bury, C. / Garman, E.F. / Ginn, H.M. / Ravelli, R.B. / Carmichael, I. / Kneale, G. / McGeehan, J.E. #1: ![]() タイトル: Structural analysis of the genetic switch that regulates the expression of restriction-modification genes. 著者: McGeehan, J.E. / Streeter, S.D. / Thresh, S.J. / Ball, N. / Ravelli, R.B. / Kneale, G.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 83.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 461.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 469.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1
NCSアンサンブル:
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詳細 | biological unit is the same as asym. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9521.175 Da / 分子数: 4 / 断片: Controller protein / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: esp1396IC / プラスミド: pET23 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: DNA鎖 | | 分子量: 10791.966 Da / 分子数: 1 / 断片: Operator DNA / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesised DNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: DNA鎖 | | 分子量: 10738.960 Da / 分子数: 1 / 断片: Operator DNA / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesised DNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.51 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: MES, MPD, MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月29日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9322 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.8→69.59 Å / Num. obs: 21207 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 65.34 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 22.6 / Num. measured all: 128476 / Scaling rejects: 132 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3CLC 解像度: 2.8→19.039 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.29 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 143.48 Å2 / Biso mean: 66.4485 Å2 / Biso min: 31.63 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.8→19.039 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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