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- PDB-4x4b: RADIATION DAMAGE TO THE NUCLEOPROTEIN COMPLEX C.Esp1396I: DOSE (D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x4b
タイトルRADIATION DAMAGE TO THE NUCLEOPROTEIN COMPLEX C.Esp1396I: DOSE (DWD) 2.1 MGy
要素
  • (35-MER DNA) x 2
  • Regulatory protein
キーワードGENE REGULATION / protein-DNA complex / radiation damage
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter sp. RFL1396 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Bury, C.S. / McGeehan, J.E. / Garman, E.F.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research Council 英国
引用
ジャーナル: J.Synchrotron Radiat. / 年: 2015
タイトル: Radiation damage to nucleoprotein complexes in macromolecular crystallography.
著者: Bury, C. / Garman, E.F. / Ginn, H.M. / Ravelli, R.B. / Carmichael, I. / Kneale, G. / McGeehan, J.E.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2008
タイトル: Structural analysis of the genetic switch that regulates the expression of restriction-modification genes
著者: McGeehan, J.E. / Streeter, S.D. / Thresh, S.J. / Ball, N. / Ravelli, R.B.G. / Kneale, G.G.
履歴
登録2014年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_conn / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein
B: Regulatory protein
C: Regulatory protein
D: Regulatory protein
E: 35-MER DNA
F: 35-MER DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6648
ポリマ－59,6166
非ポリマー492
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13360 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area22590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.310, 104.310, 139.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D
12chain E
22chain F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLULYSLYSchain AAA2 - 775 - 80
21GLUGLUHISHISchain BBB2 - 785 - 81
31GLUGLUHISHISchain CCC2 - 785 - 81
41GLUGLULYSLYSchain DDD2 - 775 - 80
12DADADTDTchain EEE1 - 351 - 35
22DADADTDTchain FFF1 - 351 - 35

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質
Regulatory protein / Controller protein


分子量: 9521.175 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter sp. RFL1396 (バクテリア)
遺伝子: esp1396IC / プラスミド: pET23 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: Q8GGH0
#2: DNA鎖 35-MER DNA


分子量: 10791.966 Da / 分子数: 1 / Fragment: Operator DNA / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesised DNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 35-MER DNA


分子量: 10738.960 Da / 分子数: 1 / Fragment: Operator DNA / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesised DNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / Fragment: MAGNESIUM ION / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.44 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: MES, MPD, MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9322 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月29日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9322 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→69.59 Å / Num. obs: 21172 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 55.92 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 24 / Num. measured all: 128219 / Scaling rejects: 175
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.8-2.996.20.335.52375338400.950.145100
7.92-69.595.70.02155.352959350.990.0196.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
MOSFLMデータ削減
Aimless0.2.8データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CLC

3clc


解像度: 2.8→19.028 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 30.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2616 1072 5.09 %5% random selection
Rwork0.2045 19996 --
obs0.2075 21068 99.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 158.91 Å2 / Biso mean: 62.1817 Å2 / Biso min: 20.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→19.028 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2496 1429 2 5 3932
Biso mean--39.89 30.38 -
残基数----376
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114120
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3385823
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062680
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005474
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.2571686
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1496X-RAY DIFFRACTION17.228TORSIONAL
12B1496X-RAY DIFFRACTION17.228TORSIONAL
13C1496X-RAY DIFFRACTION17.228TORSIONAL
14D1496X-RAY DIFFRACTION17.228TORSIONAL
21E498X-RAY DIFFRACTION17.228TORSIONAL
22F498X-RAY DIFFRACTION17.228TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.92710.41681400.338924882628100
2.9271-3.08080.36551570.296924682625100
3.0808-3.27290.31691060.252825292635100
3.2729-3.52410.25291250.235925012626100
3.5241-3.8760.33651320.216625042636100
3.876-4.43070.27031530.18524612614100
4.4307-5.55910.23231300.166425282658100
5.5591-19.02810.15221290.15612517264699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0927-0.09320.06780.2011-0.10110.0731-0.38270.2067-0.18590.1380.3834-0.52210.03540.0233-0.0589-0.2638-0.3077-0.11680.7102-0.23060.3745-16.249623.0336-5.5475
20.1067-0.04350.10480.11130.0210.182-0.070.1766-0.0571-0.05060.35010.3765-0.18320.29630.27250.147-0.09980.0010.5508-0.00270.3411-34.254223.2155-16.344
30.06990.09840.07990.25590.02670.1228-0.059-0.2149-0.03920.03990.2123-0.3851-0.1222-0.15540.14510.1780.10450.00430.49850.02480.3622-69.980723.231-6.9145
40.07780.07090.06290.20110.1030.0648-0.2214-0.1589-0.3348-0.23020.24850.3808-0.0534-0.0008-0.0491-0.10890.2821-0.14770.75180.23980.3464-88.070223.1106-17.6196
50.87110.0222-0.23340.5296-0.37950.33350.1963-0.05490.3663-0.08490.2918-0.1353-0.4055-0.09640.62290.23910.0760.00050.8721-0.03530.467-52.147527.1457-11.9055
60.8978-0.0642-0.29020.530.33410.42620.2650.04810.31290.0890.21080.0896-0.37110.14840.57290.2049-0.06870.04310.81610.03690.4742-52.112727.1443-11.2024
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 2:77)A2 - 77
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 2:78)B2 - 78
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 2:78)C2 - 78
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resseq 2:77)D2 - 77
5X-RAY DIFFRACTION5(chain E and resseq 1:36)E1 - 36
6X-RAY DIFFRACTION6(chain F and resseq 1:36)F1 - 36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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