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万見
- PDB-4x3i: The crystal structure of Arc N-lobe complexed with CAMK2A fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x3i
タイトルThe crystal structure of Arc N-lobe complexed with CAMK2A fragment
要素
  • Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
  • CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II SUBUNIT ALPHA
キーワードSIGNALING PROTEIN / ENDOCYTOSIS MEDIATOR
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic endosome / regulation of synaptic vesicle docking / glutamatergic postsynaptic density / HSF1-dependent transactivation / Interferon gamma signaling / Ion transport by P-type ATPases / vesicle-mediated intercellular transport / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / peptidyl-threonine autophosphorylation / Trafficking of AMPA receptors ...postsynaptic endosome / regulation of synaptic vesicle docking / glutamatergic postsynaptic density / HSF1-dependent transactivation / Interferon gamma signaling / Ion transport by P-type ATPases / vesicle-mediated intercellular transport / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / peptidyl-threonine autophosphorylation / Trafficking of AMPA receptors / RAF activation / regulation of endocannabinoid signaling pathway / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane / neuronal ribonucleoprotein granule / : / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / Ca2+ pathway / RAF/MAP kinase cascade / regulation of neuron migration / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / regulation of neurotransmitter secretion / clathrin-coated vesicle membrane / dendritic spine development / calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / endoderm development / Ion homeostasis / regulation of dendritic spine morphogenesis / positive regulation of calcium ion transport / presynaptic cytosol / negative regulation of hydrolase activity / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / regulation of cell morphogenesis / response to morphine / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / postsynaptic specialization membrane / GTPase activating protein binding / regulation of long-term synaptic potentiation / positive regulation of AMPA receptor activity / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / dendrite morphogenesis / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / postsynaptic cytosol / anterior/posterior pattern specification / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / regulation of long-term synaptic depression / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / regulation of neuronal synaptic plasticity / mRNA transport / cellular response to interferon-beta / regulation of protein localization to plasma membrane / glutamate receptor binding / long-term memory / cytoskeleton organization / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / dendrite cytoplasm / acrosomal vesicle / learning / response to ischemia / postsynaptic density membrane / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Schaffer collateral - CA1 synapse / modulation of chemical synaptic transmission / protein homooligomerization / G1/S transition of mitotic cell cycle / endocytosis / calcium ion transport / extracellular vesicle / cell migration / actin cytoskeleton / cell cortex / early endosome membrane / peptidyl-serine phosphorylation / response to ethanol / dendritic spine / postsynaptic density / calmodulin binding / neuron projection / membrane raft / axon / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / mRNA binding / neuronal cell body / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein, capsid domain / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein, N-terminal domain / Arc MA domain / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein, C-terminal domain / Arc C-lobe / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / NTF2-like domain superfamily ...: / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein, capsid domain / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein, N-terminal domain / Arc MA domain / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein, C-terminal domain / Arc C-lobe / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / NTF2-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit alpha / Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zhang, W. / Ward, M. / Leahy, D. / Worley, P.
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2015
タイトル: Structural basis of arc binding to synaptic proteins: implications for cognitive disease.
著者: Zhang, W. / Wu, J. / Ward, M.D. / Yang, S. / Chuang, Y.A. / Xiao, M. / Li, R. / Leahy, D.J. / Worley, P.F.
履歴
登録2014年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / diffrn_detector ...citation / diffrn_detector / entity_src_gen / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Activity-regulated cytoskeleton-associated protein
B: CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II SUBUNIT ALPHA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1462
ポリマ－10,1462
非ポリマー00
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area5000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.527, 51.527, 69.929
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Activity-regulated cytoskeleton-associated protein / ARC/ARG3.1 / Activity-regulated gene 3.1 protein / Arg3.1


分子量: 9393.229 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 207-277 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Arc / プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q63053
#2: タンパク質・ペプチド CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE II SUBUNIT ALPHA / CAM KINASE II SUBUNIT ALPHA / CAMK-II SUBUNIT ALPHA


分子量: 752.797 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 309-315 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: CAMK2A / プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P11798*PLUS, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2M AMMONIUM SULFATE AND 0.1 M TRIS, PH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K
PH範囲: 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→25.763 Å / Num. obs: 9807 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.7 % / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル最高解像度: 1.8 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.2_1309)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→25.76 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 25.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.204 471 4.8 %
Rwork0.194 --
obs0.195 9807 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数670 0 0 70 740
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007701
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.993946
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.652257
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07287
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004124
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7999-2.06030.23681550.18693098X-RAY DIFFRACTION100
2.0603-2.59540.23131510.20663111X-RAY DIFFRACTION100
2.5954-25.76610.18791650.19033127X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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