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- PDB-4x2w: Crystal structure of the Murine Norovirus NS6 protease (inactive ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x2w
タイトルCrystal structure of the Murine Norovirus NS6 protease (inactive C139A mutant) with a C-terminal extension to include residues P1 prime - P2 prime of NS7
要素NS6 Protease
キーワードHYDROLASE / Murine norovirus Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


calicivirin / host cell mitochondrion / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell endosome membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity ...calicivirin / host cell mitochondrion / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell endosome membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Viral polyprotein, Caliciviridae N-terminal / Viral polyprotein N-terminal / Norovirus 3C-like protease (NV 3CLpro) domain profile. / Norovirus peptidase C37 / Southampton virus-type processing peptidase / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Trypsin-like serine proteases ...Viral polyprotein, Caliciviridae N-terminal / Viral polyprotein N-terminal / Norovirus 3C-like protease (NV 3CLpro) domain profile. / Norovirus peptidase C37 / Southampton virus-type processing peptidase / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Fernandes, H. / Leen, E.N. / Curry, S.
引用
ジャーナル: Peerj / 年: 2015
タイトル: Structure determination of Murine Norovirus NS6 proteases with C-terminal extensions designed to probe protease-substrate interactions.
著者: Fernandes, H. / Leen, E.N. / Cromwell, H. / Pfeil, M.P. / Curry, S.
#1: ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2012
タイトル: Structure of a murine norovirus NS6 protease-product complex revealed by adventitious crystallisation.
著者: Leen, E.N. / Baeza, G. / Curry, S.
履歴
登録2014年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22015年3月18日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NS6 Protease
B: NS6 Protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5612
ポリマ－37,5612
非ポリマー00
水00
1
A: NS6 Protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7811
ポリマ－18,7811
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NS6 Protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7811
ポリマ－18,7811
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)135.940, 135.940, 82.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 181 / Label seq-ID: 2 - 179

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 NS6 Protease


分子量: 18780.504 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 997-1175 / 変異: C139A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus / 参照: UniProt: Q80J95

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.95 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15% (v/v) PEG 3350, 0.1 M glycine, 0.1 M Na-citrate pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→117.85 Å / Num. obs: 8555 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 3.1→3.31 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.915 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ASH

4ash


解像度: 2.7→117.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 67.36 / SU ML: 0.534 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.487 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3025 469 4.9 %Random selection
Rwork0.2536 9071 --
obs0.256 8555 74.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 212.26 Å2 / Biso mean: 87.171 Å2 / Biso min: 42.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.99 Å20.49 Å20 Å2
2--0.99 Å20 Å2
3----3.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→117.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2562 0 0 0 2562
残基数----346
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0192622
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.022520
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6081.9373565
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.12935785
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.675342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.31722.96791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.73115400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.351512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2410
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212958
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02594
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1782.4651379
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1782.4641378
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1663.6881718
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8802 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.17 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 11 -
Rwork0.395 139 -
all-150 -
obs--16.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.41181.3608-0.67245.8139-0.14967.8662-0.3530.1345-0.01390.18250.1922-0.26960.5666-0.39470.16080.6323-0.1315-0.08490.0463-0.0090.3524-9.292695.097387.4157
24.1189-0.49092.04577.6535-0.19247.97470.08410.4669-0.01650.03550.08260.7932-0.5622-1.0079-0.16670.8080.21410.03570.28980.06640.6194-22.0722114.9208107.103
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 181
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 181

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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