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万見
- PDB-4x2k: Selection of fragments for kinase inhibitor design: decoration is key -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x2k
タイトルSelection of fragments for kinase inhibitor design: decoration is key
要素TGF-beta receptor type-1
キーワードTRANSFERASE / PROTEIN KINASE / INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular structure organization / epicardium morphogenesis / parathyroid gland development / transforming growth factor beta ligand-receptor complex / regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of tight junction disassembly / myofibroblast differentiation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / transforming growth factor beta receptor activity ...extracellular structure organization / epicardium morphogenesis / parathyroid gland development / transforming growth factor beta ligand-receptor complex / regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of tight junction disassembly / myofibroblast differentiation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / transforming growth factor beta receptor activity / positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / ventricular compact myocardium morphogenesis / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / positive regulation of vasculature development / regulation of epithelial to mesenchymal transition / activin receptor activity, type I / cardiac epithelial to mesenchymal transition / mesenchymal cell differentiation / transforming growth factor beta receptor activity, type I / activin receptor complex / neuron fate commitment / positive regulation of extracellular matrix assembly / type II transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / receptor protein serine/threonine kinase / germ cell migration / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / pharyngeal system development / activin binding / coronary artery morphogenesis / activin receptor signaling pathway / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / filopodium assembly / transforming growth factor beta binding / response to cholesterol / embryonic cranial skeleton morphogenesis / I-SMAD binding / collagen fibril organization / negative regulation of chondrocyte differentiation / endothelial cell activation / skeletal system morphogenesis / endothelial cell proliferation / lens development in camera-type eye / positive regulation of filopodium assembly / anterior/posterior pattern specification / artery morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / roof of mouth development / SMAD binding / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / negative regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of SMAD protein signal transduction / blastocyst development / regulation of protein ubiquitination / endothelial cell migration / bicellular tight junction / epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of stress fiber assembly / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of endothelial cell proliferation / negative regulation of cell migration / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / post-embryonic development / thymus development / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / kidney development / skeletal system development / cell motility / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of apoptotic signaling pathway / wound healing / cellular response to growth factor stimulus / UCH proteinases / male gonad development / nervous system development / heart development / positive regulation of cell growth / regulation of gene expression / peptidyl-serine phosphorylation / in utero embryonic development / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / Ub-specific processing proteases / regulation of cell cycle / protein kinase activity / intracellular signal transduction / endosome / positive regulation of cell migration / membrane raft / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 ...GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3WO / TGF-beta receptor type-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Czodrowski, P. / Hoelzemann, G. / Barnickel, G. / Greiner, H. / Musil, D.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Selection of fragments for kinase inhibitor design: decoration is key.
著者: Czodrowski, P. / Holzemann, G. / Barnickel, G. / Greiner, H. / Musil, D.
履歴
登録2014年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月21日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TGF-beta receptor type-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2313
ポリマ－34,8821
非ポリマー3492
水4,504250
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • MONOMERIC
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area14490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.310, 77.510, 90.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TGF-beta receptor type-1 / TGFR-1 / Activin A receptor type II-like protein kinase of 53kD / Activin receptor-like kinase 5 / ...TGFR-1 / Activin A receptor type II-like protein kinase of 53kD / Activin receptor-like kinase 5 / ALK5 / Serine/threonine-protein kinase receptor R4 / SKR4 / TGF-beta type I receptor / Transforming growth factor-beta receptor type I / TbetaR-I


分子量: 34882.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFBR1, ALK5, SKR4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P36897, receptor protein serine/threonine kinase
#2: 化合物 ChemComp-3WO / 4-[(3-aminophenyl)amino]pyrido[2,3-d]pyrimidin-5(6H)-one


分子量: 253.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H11N5O
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 240 mM Li2SO4, 24% PEG 4000, pH 7.5 / PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→44.54 Å / Num. obs: 32921 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 17.15 Å2 / Net I/σ(I): 19

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化解像度: 1.69→22.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9549 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9452 / SU R Cruickshank DPI: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.097 / SU Rfree Blow DPI: 0.093 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.09
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1842 14356 43.22 %RANDOM
Rwork0.1535 ---
obs0.1668 33214 97.79 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5565 Å20 Å20 Å2
2---2.9037 Å20 Å2
3---2.3472 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.177 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.69→22.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2475 0 24 250 2749
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012566HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.023477HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d921SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes61HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes380HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2566HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.6
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.17
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion328SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3264SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.69→1.74 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2224 1029 44.33 %
Rwork0.1562 1292 -
all0.1851 2321 -
obs--97.79 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.107 Å / Origin y: 76.5297 Å / Origin z: 12.1773 Å
111213212223313233
T-0.0324 Å20.0011 Å2-0.0007 Å2--0.0347 Å20.0004 Å2---0.019 Å2
L0.2852 °20.2185 °20.1731 °2-0.5007 °20.3986 °2--0.661 °2
S-0.0188 Å °-0.0097 Å °0.0458 Å °-0.0414 Å °0.0009 Å °0.0252 Å °-0.0842 Å °0.0038 Å °0.0179 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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