[日本語] English
- PDB-4x2c: Clostridium difficile Fic protein_0569 mutant S31A, E35A -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x2c
タイトルClostridium difficile Fic protein_0569 mutant S31A, E35A
要素Fic family protein putative filamentation induced by cAMP protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Fic protein / a-helical / SE/AA mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fido domain-containing protein / Fido-like domain / Fic-like fold / Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Fic family protein putative filamentation induced by cAMP protein
類似検索 - 構成要素
生物種Peptoclostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Jorgensen, R. / Dedic, E.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号
Danish Council for Independent Research11-104831/FSS デンマーク
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Clostridium difficile Fic_0569 S31A, E35A mutant at 1.8 Angstroms resolution
著者: Jorgensen, R. / Dedic, E. / Alsarraf, H. / Welner, D. / Leeuwen, H.C. / Oestergaard, O.
履歴
登録2014年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fic family protein putative filamentation induced by cAMP protein
B: Fic family protein putative filamentation induced by cAMP protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3869
ポリマ-54,5922
非ポリマー7947
3,783210
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area20250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.370, 67.290, 139.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Fic family protein putative filamentation induced by cAMP protein


分子量: 27296.156 Da / 分子数: 2 / 変異: S31A, E35A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Peptoclostridium difficile (バクテリア)
: R20291 / 遺伝子: CDR20291_0569
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: C9YJ22
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M MgCl2-6xH2O 25.0 % (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.03841 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月11日
詳細: Multilayer mirror, curved to focus in the vertical (R = 400 m)
放射モノクロメーター: Bent Si (111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→19.12 Å / Num. obs: 46011 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 26.25 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 0.911 / Net I/σ(I): 19.04 / Num. measured all: 301559
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.8-1.90.7790.8812.343614685666630.95797.2
1.9-20.8950.5164.0836420557154830.5698.4
2-2.20.960.2857.354717835182400.3198.7
2.2-2.50.990.13714.5753202811480420.14999.1
2.5-2.80.9960.0822.2732842498549610.08799.5
2.8-30.9980.05827.4615220231923120.06399.7
3-40.9990.03840.2238452592759100.04199.7
4-50.9990.02756.9113579214021370.0399.9
5-60.9990.02754.3259869639620.02999.9
6-100.9990.02458.026335108210610.02798.1
100.9990.02258.2811923422400.02470.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å19.12 Å
Translation2.5 Å19.12 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
PHASER2.3.0位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3cuc
解像度: 1.8→19.1 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2182 1378 3 %Random selection
Rwork0.1812 44575 --
obs0.1823 45953 98.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 153.91 Å2 / Biso mean: 37.758 Å2 / Biso min: 12.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→19.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3395 0 50 216 3661
Biso mean--62.29 40.66 -
残基数----410
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083598
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9994877
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04544
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005612
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1241335
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8004-1.86470.36181330.29664306443997
1.8647-1.93930.27911360.24384364450098
1.9393-2.02740.26551350.22434388452399
2.0274-2.13420.26971370.19274414455199
2.1342-2.26770.22351370.17754418455599
2.2677-2.44250.21531360.16844454459099
2.4425-2.68770.18711390.16914473461299
2.6877-3.07520.20231390.166745094648100
3.0752-3.86910.19121420.161445564698100
3.8691-19.10060.21661440.18344693483799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.47623.6259-5.32544.0792-5.72198.27320.1030.8875-0.4461-0.6273-0.1354-0.71840.79690.41150.04310.460.1073-0.01870.4267-0.03820.370945.048649.246137.0752
24.1064-1.6379-1.00363.18753.20595.06350.14760.26390.1056-0.2451-0.0093-0.1666-0.14740.0159-0.11590.1922-0.0314-0.02720.21450.0420.250142.273558.872941.6549
31.56562.0457-1.78965.1360.47116.440.04250.07030.16790.1084-0.05870.3406-0.1795-0.38590.01460.13460.0087-0.02220.22330.01880.235838.351966.813751.5483
40.7444-1.0567-0.9173.79184.48577.15940.13440.06180.3268-0.60530.0979-0.1674-0.2218-0.0757-0.19390.1574-0.01190.00280.2786-0.01720.295145.695972.971347.2163
52.1121-0.49490.05187.57144.84234.91710.1558-0.06450.07080.34330.0556-0.6870.1810.2393-0.25830.2011-0.021-0.05170.25660.05270.246748.975361.235252.6569
63.3132-4.7484-0.74066.92441.68423.39740.50150.176-1.0785-0.17740.1565-0.44261.65930.2938-0.54920.54710.0397-0.11790.31550.06040.656250.118341.880754.1669
72.26241.86950.03822.2916-1.212.12130.023-0.3668-0.68280.8824-0.3379-0.53460.38010.45390.46380.40170.0404-0.08790.34710.06460.45852.612348.854961.1584
83.30613.2725-0.30463.3569-0.2072.08270.126-0.58220.59650.73320.032-0.8890.06530.6224-0.14990.3050.0148-0.05550.36490.03770.423253.16262.195860.8197
96.35441.834-1.87552.46032.25064.59590.2334-0.9112-0.43670.66760.62740.27941.2157-0.6767-1.09510.7589-0.0318-0.10260.80460.21880.923746.988647.253476.4177
107.92254.12122.62094.48525.86179.49150.2616-0.9875-1.21750.78490.37-0.03290.86970.2087-0.46810.4964-0.0303-0.14480.3860.16780.489144.111839.787566.5842
114.4641-3.1010.23492.6295-1.01631.5580.12090.0178-0.46530.15830.0530.49160.3694-0.4571-0.19570.5282-0.167-0.13850.34960.07820.539838.183436.708256.3017
123.6577-0.34150.09442.8659-0.83764.31220.078-0.2535-0.3640.31530.03560.08930.3579-0.3681-0.10460.4332-0.1095-0.04830.30130.08780.247538.084747.318764.4444
133.127-3.71193.80935.2811-2.75788.374-0.4869-0.5120.68620.9598-0.3854-0.3234-0.95190.3780.78280.4839-0.0795-0.08460.31850.01410.314845.135357.410264.8093
142.5502-0.9312-1.24248.24094.37498.52990.10390.0144-0.25140.5113-0.00190.03550.9491-0.3668-0.11570.2932-0.0425-0.06930.19580.03350.24241.197947.980652.6489
151.3225-1.22450.85847.98466.26948.3530.0403-0.02960.13830.6431-0.02650.45330.0241-0.56950.02480.3256-0.09530.09480.32410.05520.304630.950256.214951.9944
168.4292-4.3121-1.01424.3578-2.36316.95310.5066-0.71511.23851.2742-0.57070.666-0.4031-0.37490.01310.4022-0.16410.1280.4699-0.10290.498128.946456.864762.176
175.75930.8327-1.56014.5057-1.07470.59190.0031-1.102-0.69840.43920.25120.35920.7128-0.9191-0.25440.5544-0.25540.01890.71830.13890.417227.732145.988364.41
189.7865-4.1924-4.50312.13182.02372.0974-0.02660.37-0.30310.0957-0.04820.38090.9934-1.5238-0.09510.3436-0.20690.00670.44420.01010.336526.967650.808351.0504
198.8568-4.32450.97763.80461.14425.00320.1990.2161-0.04830.1277-0.25740.35490.815-0.84430.09630.2948-0.101-0.03630.3194-0.02050.181132.230551.896539.8558
204.0485-4.558-1.86346.26713.29875.19580.0489-0.1118-0.48810.0438-0.26340.23270.2476-0.82880.13780.2403-0.0556-0.07040.31460.01260.246835.177250.729831.6214
219.742-2.34432.07493.6211-3.66183.7139-1.0727-1.18460.14431.09190.39090.03250.41580.51130.53881.0867-0.16360.03850.6983-0.07680.322768.252194.095870.5797
226.80351.6507-5.06696.4663-0.67337.34680.4779-0.9785-0.17420.8439-0.18790.32090.33320.1001-0.1161.1948-0.05080.38771.17470.54161.001660.94488.141472.8246
234.2307-2.09874.26191.6109-1.47397.70110.2128-0.6650.27890.9962-0.07160.7031-0.7513-0.4448-0.1690.5542-0.13620.17750.3478-0.02810.35959.064590.469661.0786
247.72557.7961-0.45058.87020.90599.45970.12190.29960.1344-0.19520.06690.3603-0.0633-0.2326-0.22440.1855-0.0037-0.00040.17140.0160.224758.616485.641647.6265
254.20380.0975-1.34488.9576-1.63698.52620.7531-0.17791.33270.4902-0.29570.7713-1.17130.122-0.31730.3088-0.04180.11210.2453-0.04710.450850.437586.535355.2067
265.89483.21272.03459.14071.36432.1070.3415-0.36610.57950.4451-0.22330.2535-0.46730.2433-0.17840.2506-0.01910.04880.2564-0.03810.292348.824880.638857.3142
276.51712.27512.95853.37030.53383.61960.312-0.3838-0.43460.611-0.2153-0.0786-0.1394-0.0073-0.10690.2617-0.06220.00210.22030.06710.229360.200978.638855.8301
283.7917-0.5672-0.23373.14474.2965.9510.2437-0.8225-0.62041.4989-0.0593-0.65670.81180.2534-0.17850.6222-0.1737-0.14230.61230.03680.370575.190384.203866.1736
298.5497-0.25750.5795.42291.86023.53320.75620.0853-1.05090.7739-0.4075-0.85480.46710.417-0.43450.3733-0.0805-0.20790.51960.150.523679.982478.540158.2227
307.6186-0.92590.83341.6478-0.26095.2380.43170.0871-1.31230.5117-0.3446-0.4620.33320.2707-0.02940.2713-0.0149-0.10850.21820.07950.419867.700173.113353.4475
314.59254.79974.00767.00263.48013.78250.1780.7297-0.27330.15-0.205-0.82660.64311.23980.04870.25360.0743-0.04260.42130.07450.483985.398677.437746.8386
323.670.20130.71630.5025-0.07780.69560.0106-0.29810.05150.27330.0208-0.4261-0.50250.5657-0.0740.2007-0.3689-0.33430.58270.13960.427186.829589.14254.8258
334.9325-1.06320.44350.3791-0.24052.93250.1987-0.09960.14290.2722-0.2991-0.4215-0.50230.53840.00820.2425-0.1142-0.04460.28690.06570.220778.748889.15947.9697
344.2175-3.5069-2.99963.36791.87963.02730.14790.2433-1.3064-0.2732-0.46090.81920.4287-0.69510.25050.2282-0.0386-0.05360.2883-0.01170.414970.976376.623845.6494
354.94590.07282.96634.17492.03819.10210.4289-0.3055-0.21180.4549-0.1616-0.242-0.46960.0694-0.27230.2541-0.0889-0.00240.24630.05420.209970.718887.251954.5044
365.8512-0.15534.31544.16172.03335.1719-0.0887-0.46890.4720.3146-0.15580.2499-0.97220.01860.37360.391-0.1860.02180.32330.00750.161568.535895.629655.3304
376.7463-0.1171-1.43113.7426-0.26333.24350.27860.31070.305-0.0192-0.2464-0.1097-0.64830.2833-0.02470.33-0.05250.00540.23560.05560.173372.869495.610141.6237
387.5958-0.0556-3.16934.79542.29742.81831.0839-0.43190.56370.409-0.3529-0.0073-1.61220.3109-0.7090.6259-0.12790.08590.2685-0.02550.340468.0671101.456252.5421
390.7072-0.20760.06621.36451.09641.10270.0044-0.16190.28740.33210.3697-0.411-0.09280.3980.00651.179-0.19350.18570.2288-0.34330.318363.9259100.981661.9034
404.4849-4.76-2.53435.05522.5396.5089-0.1672-0.47720.33260.2914-0.21480.14970.0711-0.5240.42721.3579-0.26860.32120.4738-0.20960.552162.6845102.335868.5406
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 4:14)A4 - 14
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 15:28)A15 - 28
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 29:45)A29 - 45
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 46:56)A46 - 56
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 57:79)A57 - 79
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 80:84)A80 - 84
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 85:91)A85 - 91
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 92:100)A92 - 100
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 126:131)A126 - 131
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 132:140)A132 - 140
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 141:150)A141 - 150
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 151:164)A151 - 164
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 165:171)A165 - 171
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 172:185)A172 - 185
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 186:196)A186 - 196
16X-RAY DIFFRACTION16(chain A and resid 197:204)A197 - 204
17X-RAY DIFFRACTION17(chain A and resid 205:215)A205 - 215
18X-RAY DIFFRACTION18(chain A and resid 216:223)A216 - 223
19X-RAY DIFFRACTION19(chain A and resid 224:228)A224 - 228
20X-RAY DIFFRACTION20(chain A and resid 229:235)A229 - 235
21X-RAY DIFFRACTION21(chain B and resid 4:10)B4 - 10
22X-RAY DIFFRACTION22(chain B and resid 11:15)B11 - 15
23X-RAY DIFFRACTION23(chain B and resid 16:30)B16 - 30
24X-RAY DIFFRACTION24(chain B and resid 31:38)B31 - 38
25X-RAY DIFFRACTION25(chain B and resid 39:46)B39 - 46
26X-RAY DIFFRACTION26(chain B and resid 47:56)B47 - 56
27X-RAY DIFFRACTION27(chain B and resid 57:76)B57 - 76
28X-RAY DIFFRACTION28(chain B and resid 77:81)B77 - 81
29X-RAY DIFFRACTION29(chain B and resid 82:87)B82 - 87
30X-RAY DIFFRACTION30(chain B and resid 88:100)B88 - 100
31X-RAY DIFFRACTION31(chain B and resid 129:135)B129 - 135
32X-RAY DIFFRACTION32(chain B and resid 136:146)B136 - 146
33X-RAY DIFFRACTION33(chain B and resid 147:164)B147 - 164
34X-RAY DIFFRACTION34(chain B and resid 165:169)B165 - 169
35X-RAY DIFFRACTION35(chain B and resid 170:182)B170 - 182
36X-RAY DIFFRACTION36(chain B and resid 183:194)B183 - 194
37X-RAY DIFFRACTION37(chain B and resid 195:217)B195 - 217
38X-RAY DIFFRACTION38(chain B and resid 218:223)B218 - 223
39X-RAY DIFFRACTION39(chain B and resid 224:228)B224 - 228
40X-RAY DIFFRACTION40(chain B and resid 229:233)B229 - 233

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る