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万見
- PDB-4x29: Structural basis for the enhancement of virulence by entomopoxvir... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x29
タイトルStructural basis for the enhancement of virulence by entomopoxvirus fusolin and its in vivo crystallization into viral spindles (complex with Zinc)
要素Fusolin
キーワードVIRAL PROTEIN / Chitin-binding / LMPO / fibronectin type III fold
機能・相同性Cellulose/chitin-binding protein, N-terminal / Lytic polysaccharide mono-oxygenase, cellulose-degrading / Immunoglobulin E-set / metal ion binding / Fusolin
機能・相同性情報
生物種Entomopoxvirinae (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.405 Å
データ登録者Aizel, K. / Boudes, M. / Coulibaly, F.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
ARC Discovery Project120104039 オーストラリア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structural basis for the enhancement of virulence by viral spindles and their in vivo crystallization.
著者: Chiu, E. / Hijnen, M. / Bunker, R.D. / Boudes, M. / Rajendran, C. / Aizel, K. / Olieric, V. / Schulze-Briese, C. / Mitsuhashi, W. / Young, V. / Ward, V.K. / Bergoin, M. / Metcalf, P. / Coulibaly, F.
履歴
登録2014年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月1日Group: Database references
改定 1.22015年4月8日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_nat / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusolin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8963
ポリマ－43,7651
非ポリマー1312
水3,261181
1
A: Fusolin
ヘテロ分子

A: Fusolin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,7926
ポリマ－87,5302
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area7550 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area29300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.790, 71.790, 129.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Fusolin


分子量: 43764.977 Da / 分子数: 1 / 断片: Chitin-binding domain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Entomopoxvirinae (ウイルス) / 参照: UniProt: Q83389*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.52 %
結晶化温度: 301.15 K / 手法: in cell / 詳細: In vivo crystals, grown directly in insects / PH範囲: 10-11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.93219 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月17日
放射モノクロメーター: Fixed-exit LN2 cooled Double Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93219 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.405→27.31 Å / Num. obs: 13267 / % possible obs: 96.23 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 22.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1192 / Χ2: 1.427 / Net I/σ(I): 6.21 / Num. measured all: 41467
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.405-2.4911.80.37672.3213291.47989.19
2.49-2.5930.57913221.69498.7
2.59-2.73.10.52713211.59598.3
2.7-2.853.10.41413371.66198.4
2.85-3.023.10.34713331.30697.7
3.02-3.263.20.27613361.47697.7
3.26-3.583.20.18513451.3497.1
3.58-4.13.20.1313351.31796.5
4.1-5.163.20.08813551.2895.2
5.16-3030.07414151.15692.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER-TNT2.1精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
BUSTER位相決定
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OW5

4ow5


解像度: 2.405→27.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9403 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8888 / SU R Cruickshank DPI: 0.374 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.513 / SU Rfree Blow DPI: 0.25 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.241
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2229 1342 10.12 %RANDOM
Rwork0.1555 ---
obs0.1622 13267 95.73 %-
原子変位パラメータBiso max: 96.11 Å2 / Biso mean: 15.96 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.069 Å20 Å20 Å2
2---1.069 Å20 Å2
3---2.138 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.231 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.405→27.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2456 0 2 181 2639
Biso mean--58.48 22.48 -
残基数----306
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1113SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes72HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes369HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2540HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion330SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3075SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2540HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3476HARMONIC21.03
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.5
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.78
LS精密化 シェル解像度: 2.405→2.59 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2627 281 11.05 %
Rwork0.1762 2263 -
all0.1858 2544 -
obs--95.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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