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- PDB-4x28: Crystal structure of the ChsE4-ChsE5 complex from Mycobacterium t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x28
タイトルCrystal structure of the ChsE4-ChsE5 complex from Mycobacterium tuberculosis
要素(Acyl-CoA dehydrogenase) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; その他の電子受容体を用いる / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / acyl-CoA dehydrogenase activity / cholesterol catabolic process / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain ...: / Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Up-down Bundle / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / Acyl-CoA dehydrogenase FadE27 / Acyl-CoA dehydrogenase FadE26
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Guja, K.E. / Yang, M. / Sampson, N. / Garcia-Diaz, M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM100021 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)F30-ES022930 米国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2015
タイトル: Unraveling Cholesterol Catabolism in Mycobacterium tuberculosis: ChsE4-ChsE5 alpha 2 beta 2 Acyl-CoA Dehydrogenase Initiates beta-Oxidation of 3-Oxo-cholest-4-en-26-oyl CoA.
著者: Yang, M. / Lu, R. / Guja, K.E. / Wipperman, M.F. / St Clair, J.R. / Bonds, A.C. / Garcia-Diaz, M. / Sampson, N.S.
履歴
登録2014年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-CoA dehydrogenase
B: Acyl-CoA dehydrogenase
D: Acyl-CoA dehydrogenase
C: Acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,5536
ポリマ－166,9784
非ポリマー1,5752
水16,195899
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19780 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area53040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.745, 108.095, 82.019
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.04, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-432-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12D
22C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA1 - 3981 - 398
21BB1 - 3981 - 398
12DC1 - 3731 - 373
22CD1 - 3731 - 373

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Acyl-CoA dehydrogenase / Acyl-CoA dehydrogenase FadE26 / Probable acyl-CoA dehydrogenase FadE26


分子量: 44301.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv
遺伝子: fadE26, Rv3504, RVBD_3504, LH57_19105, P425_03646
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I6YCA3
#2: タンパク質 Acyl-CoA dehydrogenase / Acyl-CoA dehydrogenase FadE27 / Probable acyl-CoA dehydrogenase FadE27


分子量: 39187.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv
遺伝子: fadE27, Rv3505, RVBD_3505, LH57_19110, P425_03647
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I6Y3Q0
#3: 化合物 ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH2


分子量: 787.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 899 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25% PEG MME 550, 50 mM MgCl2, 50 mM HEPES sodium pH 7.0
PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→46.4 Å / Num. all: 739658 / Num. obs: 109767 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 19.9 / Phase calculation details: SAD
反射 シェル解像度: 1.99→2 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.624 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.99→46.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 3.844 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18615 5476 5 %RANDOM
Rwork0.15079 ---
obs0.15261 -99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.384 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å20 Å2-1.71 Å2
2--3.89 Å20 Å2
3----3.13 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.99→46.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11213 0 106 899 12218
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.01911573
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0210969
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7011.9715770
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.154325055
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7551492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.11323.055491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.849151678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.04715101
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.21794
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02113303
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022692
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0923.4525977
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0873.4525976
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0745.1537454
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.0765.1537455
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1333.7895596
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1333.7895597
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.9215.5418313
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.33828.96614299
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.33928.95314292
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A215460.1
12B215460.1
21D204760.08
22C204760.08
LS精密化 シェル解像度: 1.996→2.047 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 414 -
Rwork0.249 7657 -
obs--99.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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